高继海 作品数:49 被引量:188 H指数:8 供职机构: 成都中医药大学药学院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家科技支撑计划 四川省中医管理局科研基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 农业科学 轻工技术与工程 更多>>
基于Pacbio第三代测序技术的厚朴基因组测序分析 被引量:4 2021年 厚朴为著名的传统药用植物,归于木兰科、木兰属,于我国广泛种植,其树皮、根皮、枝皮、叶片、花、果实均能入药或食用。为获取厚朴全基因组序列信息,该文以厚朴叶片DNA为材料,采用Pacbio Sequel第三代测序技术构建厚朴全基因组数据库,并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能注释以及进化分析研究。结果表明:(1)原始测序数据过滤后获得140.91 Gb三代数据,Read N50约为13784 bp,经过组装得到厚朴基因组大小为1.68 Gb,Contig N50约为222069 bp,单拷贝基因完整性为81.0%。(2)组装后的序列通过与NR、KOG、KEGG等功能数据库比对,共有98.40%的基因得到了功能注释,其中KOG功能注释结果发现厚朴的蛋白功能主要集中在一般功能预测、翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣以及信号转导机制;GO功能分类表明厚朴的基因集中在细胞组分及生物学过程;KEGG分析发现厚朴参与代谢通路的基因占主要地位。(3)通过与葡萄、拟南芥、水稻、杨树、银杏、无油樟、茶树及牛樟基因组的比对分析,发现厚朴23424个基因中有20801个基因可以分类到12129个家族,其中有515个基因家族为厚朴所特有,而厚朴与牛樟(樟科)亲缘关系较近,两者的分化时间约在122.5百万年前(mya)。该研究首次利用第三代测序技术对厚朴全基因组解析,有利于对其进一步进行深入的开发与利用,也为研究其他药用植物全基因组奠定了基础。 尹彦棚 丁乔娇 罗加伟 林新娜 张敏 彭成 高继海关键词:厚朴 基因组 基因注释 药用植物 2种附子栽培叶型的转录组比较分析 被引量:8 2020年 该文针对附子不同栽培叶型间的农业性状存在较大差异的现状,选取大花叶和艾叶附子栽培型,以其子根为对象,采用Illumina Hiseq高通量测序平台进行转录组测序、组装与注释,筛选表达活性显著差异的发育相关基因、转录通路与功能富集,解析其与附子农业性状与品质形成的相关性,为揭示附子品质形成及差异的分子生物学机制奠定基础。研究结果如下:完成大花叶、艾叶共6株附子的转录组测序、组装,获得52.23 Gb核苷酸,组装得到52 471条单基因,功能注释获得28 765条匹配结果。2种附子表达量相差2倍以上的转录本有1 052条,808条可注释,GO,COG分析发现它们主要富集于代谢过程、细胞过程、催化过程、转运过程、连接等功能。KEGG分析显示262个差异基因富集在78个代谢通路中,如淀粉和蔗糖代谢、植物激素信号传递、碳化合物转运等。关键差异基因与通路分析表明,大花叶附子的诸多基因调控淀粉等向蔗糖、葡萄糖、麦芽糖等小分子转化,另一些基因又调控氨基酸积累,这可能是2种叶型附子品质与抗病性差异形成的重要生物学原理。本研究为附子优良品种的选育研究提供了参考。 钟莎 尹彦棚 贺亚男 李曼嘉 张敏 李思凝 彭成 张定堃 高继海关键词:附子 栽培型 转录组 抗病性 楠木总RNA提取方法的比较研究 楠木叶片中富含脂类、多酚和多糖类物质.比较了多种常规裂解试剂Tris-SDS、CTAB、异硫氰酸胍和多种Trizol试剂) 和改良方法对楠木叶片总RNA的提取效果.结果发现CTAB和多种Trizol试剂 (Invitro... 庄国庆 高继海 郭洪英 梁颇 王泽亮 刘青 吴斌关键词:楠木 总RNA 异硫氰酸胍 文献传递 一种厚朴枝干为原料的香菇培养基及制备方法 本发明涉及一种厚朴枝干为原料的香菇培养基及制备方法,属于培养基制备领域。香菇培养基的制备方法,具体为:a、取厚朴枝干,去除树皮,采用微波干燥,再制成木屑颗粒,木屑颗粒的长为4.5~5.5cm,宽为1~1.5cm,厚度为0... 侯飞侠 高继海 庄国庆 王丽文献传递 不同类型天麻的品质比较 被引量:7 2018年 通过比较不同类型小天麻中天麻素、对羟基苯甲醇、多糖、蛋白质含量的差异,为筛选培育高品质的天麻及开发天麻产品提供有效参考。采用HPLC法和紫外分光光度法测定天麻素、对羟基苯甲醇、蛋白质、多糖的含量,并简要探讨不同类型天麻成分含量的差异关系。该批次天麻样品中天麻素、对羟基苯甲醇、蛋白质和多糖含量范围分别为:0.010 8%~0.046 3%,0.617 1%~0.824 6%,0.224 1%~0.496 1%和11.233 1%~16.692 1%;不同类型天麻各类成分含量有所差异,其中红乌杂交天麻的天麻素、多糖、蛋白质含量最高,乌红杂交天麻对羟基苯甲醇含量最高。该批次四种类型天麻中,以红乌杂交天麻的品质最好,大力发展红乌杂交天麻有利于进一步推动天麻资源开发利用。 王伟 文欢 张大燕 汪颀浩 彭成 高继海关键词:天麻 天麻素 蛋白质 多糖 干旱胁迫对厚朴幼苗生理生化影响的研究 被引量:8 2013年 以1年生厚朴幼苗为材料,研究在聚乙二醇(PEG 6000)胁迫下厚朴幼苗的生理生化特性。结果表明:随着干旱胁迫时间的延长,厚朴叶片相对含水量(RWC)和叶绿素含量明显减少,叶片的相对电导率和丙二醛(MDA)含量呈上升趋势;其中MDA含量在处理36 h后增幅较大,超氧化物歧化酶(SOD)活性先上升后下降,胁迫期间其活性高于对照,说明厚朴幼苗在干旱胁迫下可以保持一定的抗渗透胁迫能力和清除活性氧能力。 庄国庆 陈万才 李锐 高继海 罗成荣关键词:厚朴 干旱胁迫 生理生化指标 乌头的植物和分子系统学——兼论中国附子药用起源的生物学基础 被引量:3 2021年 乌头为毛茛科乌头属植物,子根干燥加工品为典型的道地药材——附子。乌头种质资源的遗传成因是中药附子道地性现代化研究的重要方向,但至今未有明确结论。本文从系统中药思维出发,综述了乌头种质资源所在的科、族、属及物种的植物系统学演化,结合资源地理分布、环境影响因素,进一步论述乌头所在属和物种的分子系统学研究成果,最后阐明基于系统学方法技术,以乌头的遗传多倍化事件为切入点,应该是研究和解决药用植物乌头的生物学起源和中药附子遗传道地性形成的最有效途径。 高继海 李曼嘉 张定堃 裴瑾 马云桐 彭成关键词:乌头 附子 种质资源 道地性 基于转录组测序的天冬块根膨大相关基因的筛选与分析 2025年 目的为探知天冬Asparagus cochinchinensis块根生长膨大的分子机制,对不同膨大期的天冬进行转录组测序,挖掘促使块根生长膨大的关键基因。方法以不同膨大期的天冬为材料,采用Illumina HiSeq高通量测序平台进行转录组测序,组装与注释后进行差异表达基因(differential gene,DEGs)筛选。结果转录组测序共获得59.20 Gb clean data,Q30均不小于94.23%,共得到99930条Unigene,其中47857条被注释。3种不同膨大状态的天冬中的DEGs有1429个,GO富集结果表明,3种不同膨大期天冬的DEGs主要富集于细胞过程、代谢过程、结合力与催化活性等功能,同源蛋白簇(clusters of orthologous groups,COG)富集结果表明,3种不同膨大期的天冬中DEGs主要富集于信号转导机制、碳水化合物转运代谢以及细胞壁/膜/被膜的生物合成。京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析显示,与根膨大相关的通路[植物激素信号传导、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases,MAPK)信号通路、淀粉与蔗糖代谢以及苯丙烷生物合成]为DEGs代表性富集通路。结合差异基因的注释信息以及表达量情况分析表明,多种酶类(SAUR、XTH、LRR-RLPK、SPP、EG、BGLU、TPP、AMY、BAMY、PAL、PER)参与天冬块根膨大,其中XTH可能是影响天冬块根的膨大发育过程的最主要的酶类。结论通过对不同膨大状态天冬的高通量转录组测序,揭示了天冬块根生长膨大的关键酶基因,可为天冬根系生长膨大的生物学机制提供参考。 李端阳 袁鑫怡 晏飞利 高继海 侯飞侠关键词:块根 膨大 转录组 中国与黑山传统医药交流历史与展望 2021年 黑山处于古丝绸之路的西部末端、古代传统医药发源地,也是现代“中国-中东欧”联通欧洲腹地的桥头堡。而中国也拥有独特的中药卫生资源、潜力巨大的中药经济资源,具有原创优势的中药科技资源、优秀的中药文化资源和重要的中药生态资源。在中医药“一带一路”的倡议下,中黑两国开启了传统医药交流合作的新时代。现分析黑山在国际医药合作中的优势,对黑山药用植物资源的古代开发、中黑医药交流合作历史与现状进行梳理,并对两国后续合作进行展望,希望对中医药在黑山及欧洲的传播与推广提供参考。 李曼嘉 于希 尹彦棚 黄史乐 马云桐 曹小玉 彭成 高继海关键词:一带一路 药用植物 中药资源 国家中药种质资源库的建设思路与发展策略 被引量:9 2021年 中药种质资源是国家战略资源,是中药资源可持续发展体系的重要组成部分。国家中药种质资源库在国际国内农业和生物种质资源库的基础上建成,是目前全国规模最大中药种质资源保存库。国家中药种质资源库旨在建立一个完整的中药种质资源保存体系,开展对药用植物野生种、野生近源种、栽培种以及人工创造的新品种等开展广泛收集,不断积累种子贮藏生物学特性的基础研究数据,探索中药贮藏劣变过程的分子机制,制定种子安全保存期和更新繁殖的策略,为保护珍稀濒危药用植物搭建平台,为中药良种选育提供物质基础,为优质中药的生产与供应提供科学依据,为中药产业健康可持续发展奠定基石。 闫婕 彭成 裴瑾 马云桐 高继海 陈江关键词:种质资源库 生物学特性