石秀凡
- 作品数：29 被引量：154H指数：6
- 供职机构：中国科学院昆明动物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划教育部科学技术研究重点项目更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 酵母内含子在基因序列中的分布对基因转录效率的影响被引量：10
- 2003年
- 对酵母中高效转录和低效转录基因内含子序列寡核苷酸使用情况的对照分析 ,显示两类内含子的序列结构有差异 ,并且高效转录基因内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 ,由此推测内含子可能参与基因转录的调控 .这个结论有待更多的数据证实 .对内含子和外显子在两组基因序列中的分布 (长度、位置等 )进行详细比较分析后显示 ,高效转录基因内含子和低效转录基因内含子的长度有比较明显的界限 .两组基因中外显子长度的均值虽然有些差异 ,却没有明显的界限 .基因序列长度与外显子长度的情况相似 .虽然内含子的相对位置在两类基因中都很靠近 5′端 ,但是从实际位置看 ,高效转录基因中比较多的内含子很靠近基因的 5′端 ,有些则位于 5′ UTR区域 .这些结果提示 ,基因的转录效率与内含子的长度有关 ,与外显子及基因序列的长度无关 ,内含子的位置也可能影响转录效率 ,内含子对基因转录的调控可能与基因上游的转录调控有关联 。
- 张静石秀凡杨恒芬
- 关键词：酵母基因序列基因转录
- 细菌视紫红质的构象模拟和视黄醛的顺反异构模型被引量：3
- 1989年
- 本文在细菌视紫红质构象模拟的基础上提出了一个视黄醛顺反异构模型.该模型中视黄醛的C_(13)—C_(14)与Lys—216的C~δ—C^e处于一直线上,这样,顺反异构只涉及视黄醛C_(15)和Lys—216的N~ζ绕此直线为抽的旋转.理论计算表明,这是一种空间障碍最小的模型,并能通过Asp—96和Asp—212传递质子.
- 凌伦奖倪向善陈润生石秀凡
- 关键词：视紫红质构象
- 预测蛋白质二级结构的人工神经元网络方法被引量：4
- 1989年
- 本文独立地建立了用人工神经元网络预测蛋白质二级结构的方法,并通过分析我们提出的分布矩阵(表达每一类构象被预测成所有各类构象的可能性的矩阵),对于这一方法的误差以及造成误差的可能的原因进行了较过去更为深入的分析.并在此基础上提出了一种修正的学习方法,结果对于规则二级结构(α螺旋和β折叠)的预测精度和相关系数均有提高.
- 王化军陈润生倪向善石秀凡凌伦奖
- 关键词：蛋白质结构
- 部分力偏倚蒙特卡罗方法和它在计算相对自由能中的应用
- 1993年
- 提出了一种部分力偏倚蒙特卡罗模拟方法,其中力偏倚仅用于体系中每个分子质心的平动而不用于分子的转动.此方法的总体效益较之先前几种方案为佳,同时报导了该方法在自由能微扰计算中的具体应用.
- 倪向善陈润生石秀凡
- 关键词：蒙特卡罗模拟自由能
- P53蛋白质R175残基替换的分子动力学研究被引量：1
- 2000年
- 利用 p53蛋白质核心区晶体结构作分子动力学研究发现 ,除了生化方面的稳定性之外 ,该区还具有分子动力学上的高度稳定性。在此基础上作的R175残基替换分子动力学研究显示 ,p53蛋白质核心区175位点精氨酸被其他残基替换后能引起 p53蛋白质核心区L2、L3结构域间的密切联系趋于松散 ,正常的空间构象发生改变并使整个核心区结构稳定性受到破坏。这一研究从三维结构变化上 ,直观地解释了R175残基替换造成的p53蛋白质免疫和生化特性改变的结构机制。
- 张彦石秀凡刘次全
- 关键词：P53蛋白质分子动力学
- 用神经网络法预测膜蛋白RH和BR的二级结构被引量：6
- 1990年
- 膜蛋白的结构预测目前还十分困难.本文以两个典型的膜蛋白为选材,用神经网络方法对其二级结构做了预测.预测结果与实验资料的符合率与该方法用于球蛋白时的结果一致,因此是较好的.鉴于目前还没有人将此方法用于膜蛋白的结构预测.我们拟进一步发展此方法.
- 陈润生王化军倪向善石秀凡
- 关键词：膜蛋白RHBR神经网络法
- 人基因中密码子前后碱基使用与蛋白质结构被引量：5
- 2000年
- 对62个人基因中编码蛋白质各类二级结构 (α -螺旋、β-折叠片、无规卷曲和回折 )的密码子前后碱基的使用情况进行统计分析和比较 ,发现多数密码子前后碱基的使用有一定偏向 ,而且这些偏向与蛋白质的二级结构有关联。这同时亦提示 ,同义密码子的选用与蛋白质的二级结构有一些关联。结果对于蛋白质结构预测算法以及基因工程的研究有辅助作用。
- 张静顾宝洪石秀凡柳树群刘次全
- 关键词：蛋白质二级结构MRNA同义密码子
- 不具有3-碱基周期性的编码序列初探被引量：7
- 2002年
- 对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的使用都有一定的关系 .一般地 ,非周期 3序列中A +U含量高于G +C含量 ,周期 3序列的情况则相反 ;非周期 3序列中碱基在密码子三个位点上的分布比周期 3序列中的分布均匀 ;非周期 3序列密码子和氨基酸的使用偏向没有周期 3序列的大 .在利用Fourier分析方法预测DNA序列中的基因和外显子时 。
- 张静石秀凡
- 关键词：FOURIER分析
- 基于从头计算的丙氨酸、缬氨酸两性离子和水分子的相互作用势
- 1991年
- 用理论方法研究生物分子的水溶液时,常要用到水和生物分子的相互作用势。在水和氨基酸的相互作用势方面,关于中性氨基酸的研究目前已有很多,而关于氨基酸两性离子的研究却相对很少。事实上,在水溶液中氨基酸主要以两性离子的形式存在。因此,构造更多的水和氨基酸两性离子的相互作用势是很有意义的。近年来,我们已在这方面做了些工作,先后构造了水和丙氨酸两性离子及缬氨酸两性离子的相互作用势。本文的目的是构造一个同时适合这两种情况的相互作用势,以期提高势函数的普适性。
- 凌伦奖倪向善石秀凡王化军陈润生
- 关键词：从头算相互作用势
- 全文增补中
- 基于从头算的缬氨酸两性离子和水分子的相互作用势
- 1990年
- 本工作分两个阶段,第一阶段用从头算方法计算纳氨酸两性离子同处于160种不同位置的水分子的相互作用能,计算时采用最小基组并进行了基组重叠修正,最后还对计算得的相互作用能用Slater-Kirwood公式作色散能修正.第二阶段是势函数拟合的工作,做法是舍弃12个相互作用能大于5Kcal/mole或原子间距离小于1.68(?)的布点,对其余148个布点进行拟合.拟合结果的标准偏差为SD=0.48Kcal/mole.
- 凌伦奖倪向善王化军陈润生石秀凡
- 关键词：缬氨酸两性离子水分子相互作用
