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基于重测序的菠萝基因组InDel标记的开发: 2025年; 【目的】基于菠萝种质的基因组重测序数据研发菠萝InDel分子标记,为菠萝种质资源的创新利用奠定理论基础。【方法】选取4份代表性菠萝种质进行基因组重测序,鉴定插入/缺失长度大于30 bp的InDel位点。根据InDel位点信息设计InDel标记引物,选择扩增条带清晰、分离效果好的引物用于菠萝种质遗传多样性分析。【结果】在4份菠萝种质中鉴定到插入/缺失长度大于30 bp、测序深度大于10×的InDel位点1559个。基于InDel位点的上下游序列信息,在全基因组范围内设计候选InDel标记引物372对,其中264对引物表现出稳定的多态性,多态性比例为70.97%。采用50对多态性高的核心标记引物分析58份菠萝种质的遗传多样性。共检测到等位位点103个;各标记的平均有效等位位点数(Ne)为1.8164个;Shannon's多样性指数(I)的变异范围为0.2728-0.7464,平均值为0.6346;多态性信息含量(PIC)为0.1329-0.4251,平均值为0.3422;Nei’s基因多样性指数(H)变异范围为0.1431-0.5143,平均值为0.4412。通过聚类分析在遗传距离0.75处将58份菠萝种质分为4个类群,其中第Ⅳ类群可进一步分为2个亚群。采用群体结构分析将58份种质划分为2个稳定群体,其中POP-1群体与聚类分析获得的第Ⅳ-2亚群重合,主要由纯种卡因类种质组成。【结论】研发的50个菠萝核心InDel标记能精准区分不同菠萝品种,对于深化菠萝遗传多样性分析、完善遗传图谱构建和加速分子标记辅助育种进程具有重要意义。; 贺涵刘传和喻梦凡袁梦萍魏岳荣杨敏邝瑞彬周陈平吴夏明徐泽; 关键词：菠萝 INDEL标记遗传多样性分析

一种用于金秋砂糖橘鉴定的InDel标记及应用: 本发明涉及分子生物学技术领域，公开了用于金秋砂糖橘鉴定的InDel标记，所述InDel标记位于砂糖橘基因2号染色体上存在InDel缺失片段的位点。其中，所述InDel缺失片段的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发...; 吴巨勋程瀚远伊华林何超

与菜心分枝基因Brbc1连锁的Indel标记及应用: 本发明涉及分子生物学领域，具体涉及一种与菜心分枝基因Brbc1连锁的Indel标记及应用，两个Indel标记A0729和A0749，分别位于Brbc1的两边，开发获得的2对与Brbc1基因连锁的插入缺失多态性Indel标...; 章云周伟娜付硕李浩男郑超李霄宇武超龚圣轩杨君汇余贵兵刘志勇

赣南野生山金柑全基因组InDel标记开发及应用: 2025年; 为探究赣南野生山金柑InDel特征,选取99份赣南野生山金柑进行全基因组重测序,进而筛选InDel变异位点以开发InDel标记。获得590.58 Mb有效片段数据,共检测到211470个InDel,包括98043个插入和113427个缺失。从8760条插入/缺少碱基数大于10的InDel标记中选择出180条在染色体上均匀分布的多态性标记,并开发了58对扩增条带良好的InDel引物。InDel标记聚类与全基因组重测序聚类结果一致,99份赣南野生山金柑分为既存在关联性又具有特异性的4个分支;根据每份种质含有的核心InDel标记位点数和等位基因数,确定了29份赣南野生山金柑为核心种质,基因组覆盖度达99.7%,其中夹湖、余坑和蔡坊是种质核心区域;结合全基因组重测序数据和核心InDel标记构建了种质的DNA指纹图谱,图谱信息包含植株编号、基因型、变异位点和农艺性状数据。研究明确了赣南野生山金柑InDel特征,筛选的InDel标记能够应用在群体结构分析、核心种质筛选以及DNA指纹图谱构建等方面。; 罗嗣芳严翔谢丽芳孙静贤郭紫晶张祖铭陈兆星; 关键词：INDEL标记核心种质 DNA指纹图谱

基于基因组重测序技术开发钟花樱InDel标记: 2025年; 【目的】系统挖掘钟花樱InDel位点,筛选具有多态性的InDel标记,并应用于钟花樱核心种质资源的脱氧核糖核酸(DNA)指纹图谱构建。【方法】以‘湘妍’全基因组序列为参考,利用Illumina平台对18份钟花樱种质资源进行重测序,利用Trimmomatic软件对原始数据进行质量控制,去除低质量数据,应用BWA软件与参考基因组进行对比,然后应用GATK软件检测InDel位点。利用Primer-BLAST设计候选InDel位点的聚合酶链式反应(PCR)引物,分别采用琼脂糖凝胶电泳和凝胶成像系统进行PCR产物检测和分析。【结果】18份不同种源地钟花樱重测序数据经过质检过滤后,数据质控参数Q30平均值达到了91.10%,平均碱基数为11124455100 bp,平均测序深度达到30×以上。共挖掘到InDel位点1048575个,其中插入位点共有583382个,缺失位点共有465193个,100 bp以上的共有2640个。随机筛选了40个InDel位点进行引物设计及验证,结果表明31对引物具有多态性,多态率为77.5%。选用5对多态性好、分辨率高的引物构建了7份钟花樱核心种质资源的DNA指纹图谱,得到汝城1号的DNA指纹图谱代码为1-1-1-1-2,莽山1号为1-2-2-2-1、新宁1号为2-1-2-1-1、东安1号为2-1-1-1-2、龙山1号为2-1-2-1-2、福建1号为2-2-1-2-1、阳明山1号为2-1-1-2-2。【结论】基于基因组重测序技术挖掘钟花樱InDel标记,具有数量多、稳定性强和多态性高等优势,本研究为其他樱亚属植物InDel标记的开发提供了参考依据,促进了樱亚属植物分子标记辅助育种和种质资源保护的发展。; 阳秀玫禹霖李建挥舒东膂严佳文; 关键词：园艺学钟花樱 INDEL标记 DNA指纹图谱

一种美洲狼尾草干物质产量鉴定的indel标记及其应用: 本发明提供一种美洲狼尾草干物质产量鉴定的indel标记及其应用，涉及美洲狼尾草干物质产量相关的变异位点，具体地说是美洲狼尾草干物质产量的SV位点PGLA1534527，核苷酸序列如SEQ ID No:1所示。本发明还提供...; 黄琳凯靳雅荣严海东祝鑫贾纪原杨煜琛杨丹王小珊

杨梅种质资源InDel标记开发及与熟期的关联分析: 2025年; InDel标记已广泛用于果树分子标记辅助育种等研究领域,然而针对我国传统特色果树杨梅的相关研究报道甚少。本研究通过103份杨梅核心种质全基因组重测序及生物信息学分析,共获得了大小分布在1~50 bp范围内的25831个InDel。不同染色体上的InDel变异频率介于1/11297~1/8903;其中,CM025856.1染色体上发生InDel变异频率最高。通过注释分析发现有1312个InDel分布在基因外显子区域,另有21055和6659个InDel分别分布在基因间区和内含子区域。经GO注释,上述InDel生物过程主要涉及细胞过程(Cellular process)和代谢过程(Metabolic process);分子功能主要包括结合(Binding)和催化活性(Catalyticactivity)。经KEGG通路分析发现,InDel所在的基因区域的功能主要为次生代谢、碳代谢和核质运输等。通过全基因组关联分析,获得20个与杨梅果实成熟期性状显著关联的InDel,其功能注释主要涉及线粒体、质体结构基因,三磷酸核苷水解酶和细胞分裂素信号蛋白等。进一步验证显示InDelEP-18标记对杨梅果实成熟期性状鉴定准确率较高,达89.25%;通过基因预测结果发现该位点注释为早期结瘤素家族(Early nodulin)基因。本研究筛选获得的InDel EP-18标记将为杨梅分子辅助育种提供重要的理论依据。; 焦云高中山汪国云陈方永姚小映周超超; 关键词：杨梅 INDEL 成熟期

控制甘蓝幼苗黄绿叶色性状的基因BoYgl-3及其InDel标记: 本发明提供了控制甘蓝幼苗黄绿叶色性状的基因BoYgl‑3及其InDel标记。所述InDel分子标记为15bp核苷酸序列的插入或缺失，核苷酸序列如SEQ ID No.9所示。本发明通过对甘蓝幼叶黄绿突变体522Y进行分析，...; 张扬勇张斌方智远杨丽梅庄木吕红豪王勇季家磊

一种水稻抗穗发芽OsRDR4基因及其InDel标记与应用: 本发明公开了一种水稻抗穗发芽OsRDR4基因及其InDel标记与应用，通过基因编辑的方法获得了水稻抗穗发芽基因OsRDR4，该基因的缺失导致水稻穗发芽率提高。设计OsRDR4基因紧密连锁引物ZIRDR4用于水稻抗穗发芽分...; 官华忠陈志伟毛大梅

一种鉴定中国樱桃和欧洲甜樱桃种质的InDel标记及其应用: 本发明涉及樱桃分子标记辅助种质资源鉴别与育种技术领域，具体为一种鉴定中国樱桃和欧洲甜樱桃种质的InDel标记及其应用，适用于鉴别中国樱桃和欧洲甜樱桃两个物种及其种间杂种的樱桃资源。本发明利用樱桃基因组Cp2_359329...; 王小蓉张静韩筠王燕王浩吴志伟陈涛何文陈清刘涛

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