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DNA测序技术被引量：8: 2018年; DNA测序,即基因测序,处于快速发展阶段,全球基因测序行业的市场规模巨大。从1990年人类基因组计划(HGP)正式启动以来,DNA测序应用的壮阔前景开始展现在人类面前。本文介绍了第一代到第三代DNA测序的原理,关注当前DNA测序的应用,并提出对于这一领域发展的看法和前景展望。; 董天宇; 关键词：焦磷酸测序高通量测序

血液循环肿瘤DNA测序技术在卵巢癌诊断中的可行性分析: 2024年; 目的探究卵巢癌(OC)患者肿瘤组织与血液循环肿瘤DNA(ctDNA)驱动基因突变频谱改变的一致性,评估血液ctDNA测序技术在OC诊断中的可行性。方法选取2019年6月至2021年6月于呼和浩特市第一医院明确诊断的30例OC患者作为研究对象,采集所有患者术前外周血及肿瘤组织样本,检测ctDNA基因突变序列,分析肿瘤组织与血浆中ctDNA突变基因检测结果及肿瘤组织与血浆ctDNA驱动基因突变频率一致性。结果30例OC患者,肿瘤组织ctDNA驱动基因突变频率较高的前5位分别为MAP3K1框内缺失突变、DCP1B框内插入突变、AHNAK错义突变、TP53错义突变、ZNF331错义突变;血液ctDNA驱动基因突变频率较高的前5位分别为DCP1B框内插入突变、MAP3K1框内缺失突变、AHNAK错义突变、ZFHX3多重突变、PLEC错义突变。肿瘤组织及血液样本共涉及驱动基因173个,突变频率较高的基因共52个;肿瘤组织与血液样本中DCP1B、MAP3K1、CLTCL1、GRIN3A、ERBB2、MEGF6、MN1、ZFHX3、PLEC等多个基因突变频率高度一致,TP53、RANBP17、PDGFB、FES、TRIP11、TET2等基因在肿瘤组织样本中突变频率较高,而SLC34A2、NFATC2、TFEB、NCOA3等基因在血浆样本中突变频率较高。结论血浆和肿瘤组织样本均可检出ctDNA基因突变,二者可相互补充,且基因突变频谱具有较高一致性,可全面监控OC基因频谱在致病过程中的变化,有助于指导临床及时调整治疗方案。; 张燕邢斌斌任晓敏李银凤王仕超; 关键词：卵巢癌基因

反向限制性位点相关DNA测序技术的研发及FST-seq在Mutator转座子突变体中的应用: 基于二代测序技术发展而来的简化基因组测序技术（Reduced Representation Genome Sequencing,RRGS）因其成本低、可降低基因组复杂度和操作简便等优点,被广泛地应用于大群体遗传分析。本研...; 陈鹏; 关键词：QTL定位侧翼序列

第2代DNA测序技术在肝癌研究中的应用进展: 2021年; DNA测序技术是当前基因研究中的重要方法,其技术发展迅速,已从最初的桑格测序技术发展为更具实用性的第2代DNA测序技术。目前,第二代DNA测序技术已经应用于多种肿瘤的研究工作中并取得了新的发现。现对第二代DNA测序技术的特点及其在肝癌研究中的应用情况进行综述。; 焦扬吴帆; 关键词：肝癌基因突变信号传导通路

实时荧光PCR与DNA测序技术检测手足口病病毒结果分析被引量：2: 2021年; 目的探讨实时荧光PCR与DNA测序技术检测手足口病病原体的临床价值。方法前瞻性选取2017年03月~2019年06月诊治的126例疑似感染手足口病患儿进行研究,经病毒分离培养确诊为手足口病共92例,且予以实时荧光PCR与DNA测序技术检测,对比检测后的阳性预测值、阴性预测值,以及EV、EV-71、CA-16检出率,评估实时荧光PCR与DNA测序技术诊断手足口病病毒的AUC值、敏感度、特异度及约登指数。结果126例疑似感染手足口病患儿经病毒分离培养确诊为手足口病共92例、百分比为73.02%;其中检出EV病毒48例、占52.17%,检出EV-71病毒32例、占34.78%,检出CA-16病毒16例、占17.39%;经实时荧光PCR检测后阳性例数为90例、阳性预测值为96.77%,检出EV病毒47例、占52.22%,检出EV-71病毒31例、占34.44%,检出CA-16病毒12例、占13.33%;与金标准相比,差异无统计学意义(P均>0.05)。经DNA测序技术检测后阳性例数为71例、阳性预测值为83.53%,检出EV病毒38例、占53.52%,检出EV-71病毒20例、占28.17%,检出CA-16病毒13例、占18.31%;低于金标准(P均<0.05);且实时荧光PCR的准确率均高于DNA测序技术,而误诊率、漏诊率低于DNA测序技术(P均<0.05)。ROC曲线分析显示,实时荧光PCR、DNA测序技术诊断手足口病的AUC分别为(0.945、0.680,P<0.05),敏感度分别为97.80%、77.20%,特异度分别为91.20%、58.80%。结论实时荧光PCR与DNA测序技术在手足口病病毒检测结果中,前者更加快捷,灵敏度、特异度更高。; 卢艳玲; 关键词：实时荧光PCR DNA测序技术手足口病病毒

应用限制性酶切位点相关DNA测序技术(RAD-seq)检测白洋淀和微山湖野生莲多样性: 2021年; 采集莲(Nelumbo Adans.)样本共127份,其中:白洋淀野生莲居群样本60份、微山湖居群样本45份、对照样本共22份(黑龙江、吉林、辽宁、内蒙、湖南、四川野生莲样本6份,古代莲样本4份,莲栽培品种样本5份,泰国、印度、越南、澳大利亚的野生莲样本5份,美洲莲、亚美杂交莲样本各1份)。采用限制性酶切位点相关DNA测序技术(RAD-seq)对莲样本单核苷酸多态性(SNP)检测、遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:对116份莲样本简化测序,共得到高质量序列数919915896条、高质量碱基数据128055038010 bp。经单核苷酸多态性检测,共得到535269个单核苷酸多态性标记,构建了邻接法(NJ)系统发育树和群体遗传结构图;系统发育树表明,所有莲样本可分为10个分支,其中48份白洋淀野生莲样本、36份微山湖野生莲样本、6份中国其他地区野生莲样本、4份古代莲样本,泰国、印度等外国野生莲样本共同组成1个伞状分支。遗传结构分析表明,白洋淀和微山湖野生莲居群主体属于同一遗传背景,与系统发育树反映的结果高度一致。说明在大地理范围的外国野生莲作为对照的背景下,白洋淀野生莲居群和微山湖野生莲居群之间未呈现显著遗传分化。; 付彦荣刘凤栾李硕田代科董丽

基于第二代DNA测序技术的肺腺癌相关环状RNA生物信息学分析被引量：1: 2020年; 目的:应用第二代DNA测序技术及生物信息学法分析肺腺癌组织中环状RNA(circular RNA,circRNA)差异表达的情况及可能的作用,以期为肺腺癌患者的精确诊断和治疗提供有价值的分子标志物。方法:收集3例经病理及免疫组织化学检测确诊为肺腺癌患者的肺腺癌及癌旁肺组织,采用第二代DNA测序法检测腺癌及癌旁肺组织中circRNA的表达情况。利用生物信息学的方法,对差异表达的circRNA进行筛选及分层聚类分析,并通过软件预测结合人工搜索公共数据库的方式,构建相应的circRNA-miRNA-mRNA互作关系网。最后随机选取5种差异表达的circRNA(hsa_circ_0072309、hsa_circ_0008234、hsa_circ_0000199、hsa_circ_0008870和hsa_circ_0000097),采用实时荧光定量PCR法检测它们在30对肺腺癌及癌旁肺组织中的表达水平,以验证测序结果的准确性。结果:3对肺腺癌及癌旁肺组织经第二代DNA测序,共检测到38018种circRNA;通过火山图和聚类分析共得到482种具有显著差异的circRNA,其中70种表达水平显著上调,412种表达水平显著下调。通过绘制circRNA-miRNA-mRNA互作图后发现,差异最明显的4种circRNA对应的miRNA或靶基因(如miR-211和RAB22A)已被证实在肺癌等多种癌症的发生和发展中发挥重要作用。实时荧光定量PCR检测结果显示,hsa_circ_0072309、hsa_circ_0008234、hsa_circ_0000199、hsa_circ_0008870和hsa_circ_0000097在30例肺腺癌组织中的表达水平均明显下调(P值均<0.05),与测序结果一致,说明测序数据是准确可信的。结论:通过二代测序结合生物信息学分析的方法,从肺腺癌组织中筛选出了大量差异表达的circRNA,这为进一步研究circRNA对肺腺癌发生和发展的作用机制奠定了基础。; 王阳关键王耀林; 关键词：计算生物学

DNA测序技术发展对动物生产学发展的思考: 2019年; 生物遗传信息的传递是通过基因组的功能实现的,在研究过程中,不断深入分析生物基因组在遗传过程中的变化,在很大程度上能够全面提升生物学的进一步发展,从而在医学以及科技方面实现新的突破。近年来,我国在DNA测序工作与相关技术层面上获得了较大的发展,基于第二代DNA测序技术为主的序列读取技术,逐渐形成了新成本、高通量的发展特性,而其在动物科学方面的应用效果较为广泛,在遗传、分化增殖等方面都有着重要的借鉴作用。; 汪勇张丽; 关键词：DNA测序技术动物科学

基于DNA测序技术的市售地龙类药材基原调查与考证研究被引量：21: 2019年; 目的:进行地龙商品基原调查和本草考证,澄清商品地龙品种情况,提高中药质量。方法:通过随机采集安国、亳州等7大主流药材市场的地龙商品药材,进行DNA提取和COI片段PCR扩增与核酸测序,与建立的地龙参考核酸数据库进行比对;对主流本草进行调查和梳理。结果:我国商品地龙主要来源于34个物种,22%的基原物种为参环毛蚓(参状远盲蚓 Amynthas aspergillum ),22%为通俗环毛蚓(通俗腔蚓 Metaphire vulgaris ),稀见栉盲环毛蚓和威廉环毛蚓(<1%),55%的市售地龙均非2015年版《中华人民共和国药典》规定基原,而以保宁腔蚓 M.magna 为主;各市场主流商品地龙品种具有很大区别,具有显著的地域性特征;本草考证结果表明,历代本草中地龙基原并非一种,而是以具有“白颈”特征的环毛类蚯蚓入药,且历代本草、标准中多有变迁。结论:应建立合理、有效的地龙基原与质量控制方法。; 格小光蒋超田娜魏艺聪黄璐琦袁媛刘小凡金艳赵玉洋; 关键词：分子鉴定 COI 本草考证

DNA测序技术及其拼接算法综述被引量：4: 2018年; DNA测序技术已经历了四代的发展变化,本文对这四代DNA测序技术及相关的读序拼接算法进行综述.介绍了每一代测序技术的特点,详细分析了相关读序拼接算法的主要思想和特点,并对四代测序技术进行了比较.最后分析了目前拼接算法面临的挑战,并指出了读序拼接算法的新研究方向.; 李艳慧张少强; 关键词：DNA测序技术

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