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Construction and analysis of the c DNA subtraction library of yeast and mycelial phases of Sporothrix globosa isolated in China: identification of differentially expressed genes
2015年
Species included in the Sporothrix schenckii complex are temperature-dependent with dimorphic growth and cause sporotrichosis that is characterized by chronic and fatal lymphocutaneous lesions. The putative species included in the Sporothrix complex are S. brasiliensis, S. globosa, S. mexicana, S. pallida, S. schenckii, and S. lurei. S. globosa is the causal agent of sporotrichosis in China, and its pathogenicity appears to be closely related to the di- morphic transition, i.e. from the mycelial to the yeast phase, it adapts to changing environmental conditions. To determine the molecular mechanisms of the switching process that mediates the dimorphic transition of S. globosa, suppression subtractive hybridization (SSH) was used to prepare a complementary DNA (cDNA) subtraction library from the yeast and mycelial phases. Bioinformatics analysis was performed to profile the relationship between dif- ferently expressed genes and the dimorphic transition. Two genes that were expressed at higher levels by the yeast form were selected, and their differential expression levels were verified using a quantitative real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR). It is believed that these differently expressed genes are involved in the pathogenesis of S. globosa infection in China.
Qing-bi HUYu HEXun ZHOU
关键词:DIMORPHISM
感染家蚕微孢子虫后家蚕中肠cDNA消减文库的构建及差异表达基因的功能分析
家蚕微粒子病(Pebrine disease)又称为胡椒病、锈病、班病等,是由家蚕微孢子虫(Microsporidia)寄生引发的一种毁灭性的传染性蚕病。家蚕微孢子虫是专性细胞内寄生的单细胞真核生物,可通过食下水平传染和...
王钰
关键词:家蚕家蚕微孢子虫CDNA消减文库差异基因丝氨酸蛋白酶实时荧光定量PCR
连作地黄cDNA消减文库的构建及其响应基因的筛选
地黄为我国著名的常用大宗药材,因具有调节免疫、抗肿瘤、抗衰老及降血糖等多方面功效,被广泛应用于医疗、保健、食品等领域,年需求量越来越大。然而,地黄生产上存在严重的连作障碍问题,每茬收获后须隔8-10年方可再种,这严重制约...
范华敏
关键词:地黄连作障碍CDNA文库定量PCR
连作地黄cDNA消减文库的构建及分析被引量:11
2011年
目的:通过构建连作地黄cDNA消减文库,探讨地黄连作障碍的分子机制。方法:利用抑制性消减杂交(SSH)技术构建连作地黄的正反消减文库,通过蓝白斑筛选、PCR的方法鉴定出阳性克隆,并对其进行测序和生物信息学分析。结果:连作地黄cDNA消减文库构建成功,正向和反向消减文库均筛选了300个阳性克隆。测序结果表明:正库、反库分别获得232条、214条特异的EST序列;经NCB I数据库分析,正库、反库中分别有200,195条EST序列的基因具有蛋白功能注释;COG基因功能预测结果表明,正库、反库中分别有60,61条EST序列具有相应的的基因功能分类,涉及21个代谢途径。结论:差异表达基因的功能注释表明,连作对地黄体内的基因表达具有深刻的影响。本研究筛选地黄响应连作的关键基因,为揭示地黄连作障碍的分子机制奠定了基础。
张重义范华敏杨艳会李明杰李娟许海霞陈军营陈新建
关键词:地黄连作障碍抑制性消减杂交CDNA文库
申克孢子丝菌酵母相和菌丝相cDNA消减文库的构建
2011年
目的 筛选与申克孢子丝菌酵母相与菌丝相双相转换相关的差异表达基因,为探讨其双相转换的分子的机制奠定基础.方法 应用抑制性消减杂交技术,构建高特异性的申克孢子丝菌菌丝相(mycelium,M)和酵母相(yeast,Y)的正反cDNA消减文库,并对其差异表达的基因进行生物信息学分析.结果 M+Y文库获得751条表达序列标签,平均长度为690.98 bp,经拼接后获得101条非冗余序列.Y+M文库获得875条表达序列标签,平均长度为575.9 bp,拼接获得249条非冗余序列.经BLASTN比对,这些差异表达基因中,某些结构基因和功能不明的细胞分子类基因可能与双相转换有关.结论 成功构建了高特异性的申克孢子丝菌菌丝相和酵母相的正反cDNA 消减文库,为进一步筛选申克孢子丝菌的双相转换基因奠定了基础.
周汛杨致邦郭丽媛肖异珠
关键词:申克孢子丝菌抑制性消减杂交消减文库
申克孢子丝菌菌丝相和酵母相cDNA消减文库的构建及差异表达基因的筛选
2011年
目的构建申克孢子丝菌双相cDNA消减文库,筛选与双相转换相关的差异表达基因。方法运用抑制性消减杂交技术,构建申克孢子丝菌菌丝相(Mycelium,M)和酵母相(Yeast,Y)的正反cDNA消减文库,并对其差异表达的基因进行生物信息学分析。结果 M+Y文库获得751条表达序列标签(Expressed Sequence Tags,ESTs),经拼接后获得101条uni-genes;Y+M文库获得875条ESTs,拼接获得249条unigenes。申克孢子丝菌酵母相菌丝相的转换伴随着不同菌相细胞差异基因的高表达,这些高表达的差异基因可分为结构基因类、代谢酶类、细胞表面分子类及功能不明的细胞分子。结论成功构建了申克孢子丝菌双相转换相关的cDNA消减文库基础上,筛选出部分差异表达基因,为进一步研究申克孢子丝菌致病相关基因奠定了基础。
周汛杨致邦肖异珠
关键词:申克孢子丝菌抑制性消减杂交CDNA消减文库
申克孢子丝菌酵母相和菌丝相cDNA消减文库的构建及差异表达基因的生物信息学分析
申克孢子丝菌(Sporothrix Schenckii,SSchenckii)是孢子丝菌病(Sporotrichosis)的病原菌,该菌遍布世界各地,人类可因皮肤轻微外伤后接触被该菌污染的物质而感染。由申克孢子丝菌引起的...
周汛
关键词:申克孢子丝菌孢子丝菌病差异表达基因
香蕉叶片低温胁迫下差异表达cDNA消减文库的构建被引量:2
2010年
为了解析香蕉寒害的分子机理,应用抑制性消减杂交技术(suppression subtractivehy bridization,SSH)成功构建了香蕉叶片在低温胁迫下与未处理的差异表达的cDNA消减文库,并通过经蓝、白斑筛选,克隆测序及序列分析,以及应用半定量PCR技术对随机选取的No.28基因片段进行表达分析等方法,初步分析了实验所构建的cDNA消减文库。结果表明,实验所构建的cDNA消减文库为低温胁迫特异表达的cDNA消减文库;测序及序列分析的结果暗示可能有相当多的未知功能基因参与了香蕉抗寒的过程;随机选取的No.28的表达分析检测结果证实,通过对构建的cDNA消减文库的全面分析,有可能获得一批低温胁迫诱导特异表达的新基因,尤其对其功能的深入了解,将为全面解析香蕉寒害的分子机理、寒害过程中的信号转导打下理论基础。
祁君凤冯仁军程萍袁克华张丽丽张银东
关键词:香蕉叶片低温胁迫
瓦氏雅罗鱼遗传多样性分析和耐盐碱cDNA消减文库的构建
瓦氏雅罗鱼(Leuciscus waleckii(Dybowski))隶属硬骨纲(Osteichthyes)、鲤形目(Cypriniformes)、鲤科(Cyprinidae)、雅罗鱼属(Leuciscus)。广泛分布于...
池炳杰
慢性肾炎肾阳虚证cDNA消减文库的构建被引量:2
2009年
目的:采用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术构建汉族人慢性肾炎(chronicglomerulonephritis CGN)肾阳虚证cDNA消减文库。方法:选择汉族人CGN且中医辨证为肾阳虚证的患者以及正常人作为其对照组,进行正向和反向消减杂交。采用Trizol一步法提取总RNA,用SMART(Switch Mechanism At 5 end of RNATemplate)技术逆转录并扩增总cDNA,用RsaⅠ酶切基因组cDNA成大小不等的片断,分别与两种不同的接头连接,进行2次消减杂交及两交抑制性PCR,建立抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH),在SSH基础上进行镜像选择(mirror orientation selection,MOS),将PCR产物与U载本连接,经蓝白斑筛选后,再用PCR方法插入片段筛选出阳性重组质粒,构建CGN肾阳虚证消减文库。结果:用SSH方法筛选出了CGN肾阳虚证的差异cDNA片段,得到了443个白色克隆,再经PCR方法快速筛选出阳性重组质粒,从而成功地构建了CGN肾阳虚证的cDNA消减文库。结论:SSH技术能够快速有效地分离差异cDNA片段以构建CGN肾阳虚证cDNA消减文库,为进一步筛选和克隆CGN肾阳虚证相关基因奠定了基础。
李玉萍罗仁赵晓山吴敏
关键词:慢性肾炎肾阳虚证抑制性消减杂交

相关作者

成军
作品数:1,458被引量:5,896H指数:36
供职机构:中国人民解放军
研究主题:乙型肝炎病毒 丙型肝炎病毒 反式激活 HBV 反式激活基因
刘妍
作品数:617被引量:1,598H指数:29
供职机构:吉林大学
研究主题:乙型肝炎病毒 丙型肝炎病毒 反式激活 反式激活基因 HBV
罗仁
作品数:467被引量:2,857H指数:29
供职机构:南方医科大学中医药学院
研究主题:亚健康 亚健康状态 中医体质 糖尿病肾病 肾阴虚证
李玉萍
作品数:39被引量:235H指数:10
供职机构:南方医科大学中医药学院
研究主题:抑制性消减杂交 肾阴虚证 CDNA消减文库 亚健康 亚健康状态
王建军
作品数:174被引量:513H指数:16
供职机构:中国人民解放军
研究主题:丙型肝炎病毒 乙型肝炎病毒 反式激活基因 反式激活 克隆化研究