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一种寡核苷酸探针杂交的结核分枝杆菌间隔寡核苷酸分型方法
本发明公开了一种寡核苷酸探针杂交的结核分枝杆菌间隔寡核苷酸分型方法,包括以下步骤:a、芯片的制作:将单链寡核苷酸探针固定在膜上,烘干即可;b、单链PCR产物的扩增:对DNA模板采用不对称引物浓度扩增即可;c、杂交与显色...
李辉王少华徐莹莹杨华卫
河南省结核分枝杆菌MIRU-VNTR和间隔寡核苷酸分型分析被引量:6
2019年
目的:调查河南省结核分枝杆菌分子流行病学的结构特征。方法:共纳入河南地668株结核分枝杆菌,进行间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)和26位点分枝杆菌散在重复单元-数目可变串联重复序列(MIRU-VNTR)分型分析,评估不同MIRU-VNTR位点组合的分辨效能。结果与结论:北京家族基因型菌株有558(83. 53)株,是河南省最流行的结核分枝杆菌,其中典型北京家族基因型(SIT1)是最具优势的基因型(512株,88. 89%)。26位点MIRU-VNTR可将668株菌分成567种基因型,其中含有38个基因簇和529种独立的基因型。累积Hunter-Gaston分辨力指数表明10个分辨力最强VNTR位点组合的分辨效力接近26位点组合。
石洁郑丹薇朱岩昆马晓光王少华李辉张国龙
关键词:结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型
间隔寡核苷酸分型技术在分枝杆菌菌种快速鉴定中的价值
2019年
目的非结核分枝杆菌(NTM)与结核分枝杆菌感染(MTB)所致的临床症状相似,临床鉴别诊断困难,寻找快速有效地鉴定非结核分枝杆菌和结核分枝杆菌对于疾病的正确诊断、治疗具有重要意义。方法选取495例疑似肺结核患者痰液标本,分别采用间隔寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)技术(简称"Spoligotyping法")与BACTEC MGIT 960结核分枝杆菌快速培养法(简称"MGIT 960培养法")进行检测,比较两种方法对分枝杆菌诊断与菌种鉴定的价值。并且以培养法为参考标准,评估Spoligotyping法诊断的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、符合率和Kappa值。结果培养法检出426例(86.1%,426/495)为结核分枝杆菌,69例(13.9%,69/495)为非结核分枝杆菌;而Spoligotyping法检出结核分枝杆菌420例(84.8%,420/495),非结核分枝杆菌75例(15.2%,75/495)。与MGIT 960培养法相比较,Spoligotyping法诊断的敏感度为96.7%(412/426),特异度为88.4%(61/69),阳性预测值为98.1%(412/420),阴性预测值为81.3%(61/75),诊断符合率为95.6%(473/495),Kappa值为0.821,具有较高的一致性。结论与MGIT 960法相比,间隔寡核苷酸芯片分型技术可以快速、准确地鉴定结核分枝杆菌及非结核分枝杆菌,该方法能为患者及时诊治提供有效结果。
朱晓燕宋华峰陈慧吴敏娟赵妮娜胥萍
关键词:寡核苷酸探针
一种寡核苷酸探针杂交的结核分枝杆菌间隔寡核苷酸分型方法
本发明公开了一种寡核苷酸探针杂交的结核分枝杆菌间隔寡核苷酸分型方法,包括以下步骤:a、芯片的制作:将单链寡核苷酸探针固定在膜上,烘干即可;b、单链PCR产物的扩增:对DNA模板采用不对称引物浓度扩增即可;c、杂交与显色...
李辉王少华徐莹莹杨华卫
24位点可变串联重复序列和间隔寡核苷酸分型对河南省结核分枝杆菌基因型的鉴定被引量:1
2018年
目的了解河南省结核分枝杆菌的基因型别。方法采用经典24位点分枝杆菌散在重复单元-可变串联重复序列(mycobacterium interspersed repetitive unit -variable number of tandem repeat,MIRU-VNTR)和间隔寡核苷酸分型(spoligotyping)对2015年间河南省不同地的668株结核分枝杆菌进行基因分型。结果间隔寡核苷酸分型将668株菌分为11个家族,35个基因型。在558株北京家族基因型中,典型北京家族菌株546株,非典型北京家族菌株12株。在110株非北京家族菌株中,8株为新发现菌株;另102株非北京家族菌株被分为10个家族,其中T家族有76株,包括T1家族59株,T2家族7株,T3家族10株。标准24位点VNTR将668株菌分为550个基因型,有508株菌显示出单一的基因型,另160株菌被分到42个不同的基因簇中。最大簇含有21株菌,其余簇包含2~20株菌。结论河南省结核分枝杆菌主要为北京家族基因型。
石洁郑丹薇朱岩昆赵俊伟马晓光王少华李辉邢进
关键词:分枝杆菌结核间隔区寡核苷酸分型
沧州市结核分枝杆菌间隔寡核苷酸分型研究被引量:1
2016年
目的初步了解沧州市结核分枝杆菌临床分离株的基因多态性和分子流行病学特征,探讨各基因型与表型耐药之间的关系。方法收集结核病患者经临床分离培养得到的结核分枝杆菌菌株及相应病例信息,提取菌株DNA,采用间隔寡核苷酸基因分型法进行基因分型研究,采用BACTECTMMGITTM960液体培养技术进行一线抗结核药物敏感试验。运用Bio Numerics 5.0软件进行聚类分析,运用Graphpad Prism 5.0软件进行数据分析。结果 154例患者中男109例,女45例;初治121例,复治33例;34例有吸烟史,12例合并糖尿病。48株(31.2%)至少对链霉素、异烟肼、利福平、乙胺丁醇中的1种药物耐药。复治患者的耐药率(63.6%)显著高于初治患者耐药率(22.3%)。典型北京型菌株占所有菌株的91.6%,非典型北京型菌株占8.4%。典型北京型与非典型北京型在患者性别、治疗情况、吸烟史、糖尿病史及耐药分布上的差异均无统计学意义。结论沧州市结核分枝杆菌呈现明显的基因多态性。典型北京型菌株是该地的优势菌株,且基因型与耐药性无关。
曹新瑞李雅楠高会霞张志戴二黑
关键词:微生物敏感性试验聚类分析基因分型间隔区寡核苷酸分型
间隔寡核苷酸分型技术用于结核分枝杆菌多重感染的初步研究被引量:2
2015年
目的初步评价间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术在鉴定结核分枝杆菌多重感染中的应用。方法选取结核分枝杆菌临床分离株,5μm孔径滤膜过滤法制备单个细菌菌悬液,平板接种37℃培养,选取生长良好的单个菌落培养增菌,提取基因组DNA,Spoligotyping进行基因分型鉴定,比较临床分离株与相应的单克隆分离株的分型结果。结果共选取32株结核分枝杆菌临床分离株,获得306个单克隆分离株。Spoligotyping分型鉴定结果显示30株结核分枝杆菌临床分离株与相应的单克隆分离株的分型结果一致,2株临床分离株的单克隆分离株呈现了多种基因型,多重感染率为6.25%。结论 Spoligotyping可用于快速,有效地分结核分枝杆菌多重感染。
吴小翠王晓樱魏剑浩刘海灿赵秀芹夏远志楼永良吕建新万康林
关键词:结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型
多重PCR和间隔寡核苷酸分型技术应用于不同流行地的牛结核病研究被引量:7
2015年
目的在牛结核病监测中联合应用菌株的多重PCR鉴定和间隔寡核苷酸分型(spoligotyping),快速鉴定分离菌株并分析不同地流行菌株的特点。方法分别在牛结核病清净地和流行地进行牛型PPD变态反应试验,扑杀阳性牛后进行病理检查,并采集病料分离细菌。获取分离菌株,进行多重PCR鉴定和spoligotyping分型,分析不同地的菌株特征。结果结核病清净地监测到16头牛型PPD阳性牛,扑杀后未见有病变,采集病料分离到4株分枝杆菌,经多重PCR鉴定均为非典型分枝杆菌。流行地监测牛型PPD阳性23头,扑杀后发现14头有病变,采集病料后共有11头分离到疑似菌,经多重PCR鉴定均为牛型分枝杆菌。用spoligotyping分析共分为4个型,其中2个为未见报道的新型,报英国AHVLA牛结核spoligotyping数据库后获取通用编号SB1903和SB1904。结论分离菌株中的优势菌株为首次报道的SB1903,但也检出有国际流行菌株SB0140,证实该地牛结核病的流行是以"独特菌型地域内相互传播为主、输入性感染为辅"为特征。本次监测发现国内有SB0140菌株分布,提示应调查该型菌是否已经传染至我国人间。
张喜悦范承祥杜鹏飞曹瑞呼西旦王淑娟范伟兴
关键词:牛结核多重PCR间隔区寡核苷酸分型
河南省结核分枝杆菌间隔寡核苷酸分型技术的应用研究被引量:4
2014年
目的研究间隔寡核苷酸序列(Spoligotyping)基因分型技术在河南省结核病分枝杆菌基因分型中的应用,了解河南省基因型种类和分布以及北京家族基因型在河南省的分布特征。方法应用2007年在河南省结核病防治机构实验室分离培养的310株结核分枝杆菌,设计引物,应用PCR和间隔寡核苷酸分型(Spoligotyping)技术对结核分枝杆菌进行分型检测分析,基因分型分析经http://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index.faces网站分析,统计学数据经卡方检验。结果对310株结核分枝杆菌临床分离株的Spoligotyping结果显示分为4个基因群(Beijing和Beijing近似群、T群、Manu群、S群),24个基因型,有267株为北京家族基因型,占86.1%,且北京家族基因型与MDR耐药有相关性;河南省较年轻人群(<60岁)感染的结核分枝杆菌中,北京家族基因型所占比例高于年老组(即>60岁组),北京家族基因型与年轻组的联系强于年老组;北京家族基因型的分布在不同的地间有差异。结论河南省结核分枝杆菌以北京家族基因型为主要流行型,且与耐药及年龄、地域有相关性,重点监测北京家族基因型。
邢进赵玉玲
关键词:结核病结核分枝杆菌基因分型北京家族
间隔寡核苷酸分型运用于西藏自治藏族结核分枝杆菌临床分离株的基因多态性分析被引量:4
2014年
目的了解西藏自治藏族结核分枝杆菌的基因多态性,优势流行菌株及相关影响因素。方法采用间隔寡核苷酸分型对577株西藏自治藏族结核分枝杆菌进行分型,应用BioNumerics5.0软件对分型结果进行聚类分析,并与SITVIT2数据库作比对分析。结果577例西藏自治藏族结核病患者中,男329例,女248例。577株结核分枝杆菌可分为23种基因型,基因多态性为3.99%。其中563株(97.57%)表现出12种已知的基因型,分属为北京家族、T家族、cAs家族和MANU2家族,另有14株表现出11种新的基因型。对577株菌株的基因家族进行分析发现,北京家族菌株最多,共522株(90.47%),表现出7种基因型,基因多态性为1.34%。北京家族菌株之间的相似性较高,可聚为一个大的基因群,而在非北京家族菌株中,T家族与MANU2家族的相似性较高,可构成一个基因群,而与CAS家族的相似性较低。北京家族菌株比例最高的地为昌都(97.83%)。北京家族菌株的发生与性别、年龄、卡介苗接种情况和治疗史均不相关(P值分别为1.00、0.36、0.83和1.00)。结论西藏自治藏族结核分枝杆菌的基因多态性低,其中北京家族菌株为主要的流行菌株。
石荔董海燕西洛巴桑
关键词:结核寡核苷酸序列分析

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万康林
作品数:483被引量:1,739H指数:19
供职机构:中国疾病预防控制中心
研究主题:结核分枝杆菌 莱姆病 莱姆病螺旋体 基因分型 分枝杆菌
刘志广
作品数:76被引量:399H指数:11
供职机构:中国疾病预防控制中心传染病预防控制所
研究主题:结核分枝杆菌 基因分型 间隔区寡核苷酸分型 临床分离株 SPOLIGOTYPING
董海燕
作品数:32被引量:176H指数:10
供职机构:中国疾病预防控制中心传染病预防控制所
研究主题:结核分枝杆菌 基因分型 间隔区寡核苷酸分型 临床分离株 SPOLIGOTYPING
吕冰
作品数:104被引量:565H指数:14
供职机构:北京市疾病预防控制中心
研究主题:结核分枝杆菌 基因分型 临床分离株 间隔区寡核苷酸分型 SPOLIGOTYPING
赵秀芹
作品数:122被引量:567H指数:14
供职机构:中国疾病预防控制中心传染病预防控制所
研究主题:结核分枝杆菌 基因分型 临床分离株 分枝杆菌 菌种鉴定