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一种酶切打断建库中人工片段产生的假阳性突变的过滤方
本申请公开了一种酶切打断建库中人工片段产生的假阳性突变的过滤方,属于基因测序领域。该方通过回溯比对数据寻找突变的支持reads,用支持reads的反向互补序列通过位置限定的动态规划局部比对算与突变附近的基因组序列...
骆磊程涛夏艳黄宇陈维之杜波
一种酶切打断建库中人工片段产生的假阳性突变的过滤方
本申请公开了一种酶切打断建库中人工片段产生的假阳性突变的过滤方,属于基因测序领域。该方通过回溯比对数据寻找突变的支持reads,用支持reads的反向互补序列通过位置限定的动态规划局部比对算与突变附近的基因组序列...
骆磊程涛夏艳黄宇陈维之杜波
通过测序平行分析单个细胞的RNA表达和靶向的酶切片段化DNA
本发明涉及联合分析单个细胞中基因表达和基因表达的调节的方。本发明提供了用于获得单核基因表达信息的方,所述方包括从一个或多个核中的基因组DNA中导出DNA文库,并从一个或者多个核的RNA中导出RNA文库,对RNA文库...
任冰朱成煦
一种酶切制备小分子透明质酸的方及所得小分子透明质酸与其应用
本发明提供了一种酶切制备小分子透明质酸的方及所得小分子透明质酸与其应用。本发明使用保藏号CCTCC NO:M 2018452的球形节杆菌HL6发酵制备的透明质酸酶或者如SEQ ID NO:1所示的透明质酸酶对分子量大...
江晓路张京良王鹏
核酸内切酶Surveyor酶切快速检测MTB对吡嗪酰胺耐药性方的建立及评估
2021年
目的建立应用核酸内切酶Surveyor酶切快速检测MTB对吡嗪酰胺(pyrazinamide,PZA)耐药性的方,并对其临床价值进行评估。方选取来自武汉市肺科医院的耐多药(MDR)MTB菌株91株作为研究对象。分别以上游引物∶下游引物为2∶5的比例扩增所有菌株,同时以上游引物∶下游引物为5∶2的比例扩增结核分枝杆菌标准株H37Rv,然后将PCR产物以1∶1的比例混合杂交,应用核酸内切酶Surveyor酶切反应产物后进行电泳。以杂交条带能够被核酸内切酶Surveyor酶切割作为判定pncA基因及其启动子序列存在基因突变的依据。以BACTEC MGIT 960检测MTB对PZA耐药性方和MTB的pncA基因及其启动子区基因序列测定作为对照,评价核酸内切酶Surveyor酶切的应用价值。结果以BACTEC MGIT 960检测PZA耐药性作为对照,核酸内切酶Surveyor酶切检测PZA耐药的敏感度为100.0%(29/29),特异度为87.1%(54/62),准确度为91.2%(83/91)。以MTB的pncA基因及其启动子区的基因测序结果作为对照,核酸内切酶Surveyor酶切检测MTB对PZA耐药的敏感度为100.0%(37/37),特异度为100.0%(54/54),准确度为100.0%(91/91)。结论核酸内切酶Surveyor酶切检测pncA基因及其启动子区突变的性能与基因测序高度一致,可以为没有基因测序条件的地区检测MTB对PZA耐药性提供一种新的思路。
胡严杰龚世伟任易
关键词:分枝杆菌吡嗪酰胺
一种基于化学酶切构建DNA二代测序文库试剂盒
本发明提供一种基于化学酶切构建DNA二代测序文库试剂盒,所述试剂盒自带的模块包括酶切试剂、加A尾、加接头、PCR扩增、杂交试剂、捕获试剂和PCR富集;自行采购的商业试剂有:纯化磁珠‑贝克曼;链霉亲和素磁珠‑thermo...
方小云
一种酶切制备小分子透明质酸的方及所得小分子透明质酸与其应用
本发明提供了一种酶切制备小分子透明质酸的方及所得小分子透明质酸与其应用。本发明使用保藏号CCTCC NO:M 2018452的球形节杆菌HL6发酵制备的透明质酸酶或者如SEQ ID NO:1所示的透明质酸酶对分子量大...
江晓路张京良王鹏
超声酶切随机打断基因组方的比较
2018年
将细菌基因组随机打断,是构建随机文库的第一步,也是构建随机、多样文库的一个重要保障。物理(超声波)和酶切是两种常用的断裂基因组的方。本试验采用超声酶切对马耳他布鲁菌16M株基因组进行随机打断,并比较二者的打断效果,为后续建立布鲁菌基因组随机文库奠定基础。结果表明,用超声(超声条件:输出功率50%,超声3 s,间隔3 s,超生次数10下)随机打断布鲁菌基因组效果最好。
李莹王阔鹏于凌娇刘麒刘倩宏
关键词:超声法酶切法
酶切去除荧光定量聚合酶链反应体系中内源性核酸污染
2018年
目的建立去除荧光定量聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)体系中内源性核酸污染的方,用于降低或排除颅内术后易感染细菌的荧光定量PCR检测出假阳性的概率。方首先去除荧光定量PCR反应体系中的内源性核酸污染;随后利用多重PCR技术,以混合菌DNA作为模板进行革兰菌特异性鉴定;并研究去除污染后的多重PCR技术检测混合细菌DNA的检测限和灵敏度。结果建立的方能够快速有效地去除荧光定量PCR体系内的内源性核酸污染,并对PCR体系中Taq酶的活性以及扩增效率均无影响,最低检测限为102 CFU/m L(金黄色葡萄球菌和绿脓假单胞菌),与培养相同。酶切对PCR体系中酶的活性及扩增效率均无明显影响,且对PCR反应体系及引物特异性没有影响(循环数Ct=32,荧光强度ΔRn=200)。过滤却使PCR扩增效率显著下降(循环数Ct=32,荧光强度ΔRn=150)。结论酶切去除内源性核酸污染对荧光定量PCR检测限及灵敏度均无影响,操作简便快速,降低了PCR检测的假阳性概率,能及时准确地诊断颅内细菌感染。
刘健刚汪求精刘明刚宋昭陈乾
关键词:颅内感染荧光定量聚合酶链反应
酶切构建CRISPR-Cas9载体系统的研究
2018年
目的以pet41a质粒为载体骨架,通过酶切连接构建crispr-cas9载体系统,建立一种简单有效的基因编辑载体,为研究细菌耐药基因的敲除提供方。方选择质粒pet41a、pwt-cas9和pgRNA,分析核酸序列,选择合适酶切位点。使用XhoI和BgiII两种限制性内切酶分别酶切pet41a和pwt-cas9,形成带有相同粘性末端的线性载体片段,回收并用T4DNA连接酶连接,连接产物转化DH5α感受态细胞,转化菌涂布含卡那霉素的固体LB培养基平板进行阳性单克隆筛选并测序,构建的质粒命名为pet41-cas9。使用BgiII和XbaI两种限制性内切酶分别酶切pet41-cas9和pgRNA,经回收纯化、连接和转化后筛选阳性单克隆菌落并测序,重组质粒命名为pet41a-cas9-gRNA。分别将重组质粒pet41-cas9和pet41a-cas9-gRNA转化BL-21(DE3),IPTG诱导后提取蛋白进行SDS-PAGE分析。结果测序证实质粒pet41-cas9、pet41a-cas9-gRNA连接正确,载体构建成功。重组质粒粒转染DE3后经IPTG诱导4h,表达相对分子质量为160×103的重组蛋白,与cas9蛋白理论分子质量相符。结论成功构建CRISPR-Cas9载体系统质粒pet41acas9-gRNA并表达重组cas9蛋白,为细菌基因的编辑研究奠定了实验基础。
杨勇乔霞刘晓明魏军
关键词:限制性内切酶

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李国怀
作品数:105被引量:1,049H指数:20
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杜绍财
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研究主题:丙型肝炎病毒 丙型肝炎 聚合酶链反应 HCV RNA
苏志勇
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