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布莱克韦尔虫草实时荧光定量逆转录PCR内参基因的筛选
2025年
【背景】实时荧光定量逆转录PCR(real-time quantitative reverse transcription PCR,RT-qPCR)常用于分析基因表达,但选择合适的内参基因,对分析结果的稳定性非常重要。布莱克韦尔虫草是一种具有开发价值的虫草,研究其功能基因表达具有重要意义。【目的】筛选获得布莱克韦尔虫草不同生长阶段(液体发酵菌丝体、小麦粒培养基菌丝体及子实体)最稳定的内参基因。【方法】选取8个候选内参基因(18S rRNA、gapdh、β-tubulin、cyclophilin A、γ-actin、rpl10、tef1α和ubiquitin),采用RT-qPCR技术进行扩增,结合geNorm、NormFinder、BestKeeper、ΔC_(t)等算法,评估这些基因在布莱克韦尔虫草不同生长发育阶段的表达稳定性。【结果】相比其他基因,γ-actin和18S rRNA在不同生长发育阶段的表达稳定性最好,可作为布莱克韦尔虫草基因表达分析的内参基因。【结论】本研究筛选出了布莱克韦尔虫草RT-qPCR的内参基因,为深入研究生长发育过程中的基因表达规律奠定了基础。
李佳妮张姝张永杰
关键词:内参基因RT-QPCR
猫杯状病毒实时荧光定量逆转录PCR检测方法的建立
2024年
为了建立可快速检测猫杯状病毒(FCV)的方法,本试验采用肽核酸(PNA)设计分子信标荧光探针,优化反应体系和条件,建立了FCV实时荧光定量逆转录PCR(RT-qPCR)检测方法,对该方法的敏感性、特异性和重复性进行验证,并进行临床样本检测。结果显示,建立的RT-qPCR检测FCV参考株具有良好的线性关系(R^(2)=0.9995),最低检测限为1×10^(2)TCID_(50)/mL,对其他相关病毒无有效响应,组内变异系数和组间变异系数均小于1%。应用该方法检测33份临床样本,阳性率为51.5%。由此可见,本试验建立的RT-qPCR敏感性、特异性和重复性均良好,可为FCV的早期快速诊断和疫病防控等提供检测手段。
李静怡熊雷黄莉璎刘晓鹏杨盛奋金京勋王弋
双重逆转录PCR检测脊髓灰质炎病毒和肠道病毒被引量:1
2023年
目的 构建双重逆转录PCR对急性弛缓性麻痹(AFP)病例中脊髓灰质炎病毒(PV)和肠道病毒(EV)进行检测和基因分型。方法 从2021年河南省AFP病例中细胞分离得到的36株EV和7株PV粪便标本,利用EV VP4区引物EVP4、OL68-1和PV VP1区引物UG1、UC11构建双重逆转录PCR进行检测,分析特异性和敏感性;以细胞分离培养阳性结果为参照,分析双重逆转录PCR检测的灵敏性。结果 18株EV检测为阳性,4株EV检测为弱阳性,阳性率为61.1%;5株PV检测为阳性,阳性率为71.4%。EV以柯萨奇B组病毒3型为主,PV均为疫苗类似株。结论 本次实验构建的双重逆转录PCR可以作为PV和EV的辅助诊断手段。
张璐豆巧华白祎然杨建辉朱海明吕宛玉郭永豪徐瑾张延炀
关键词:肠道病毒脊髓灰质炎病毒急性弛缓性麻痹疫苗衍生脊髓灰质炎病毒
基于细胞感染的实时定量逆转录PCR检测水痘减毒活疫苗病毒滴度方法的建立被引量:1
2023年
目的建立基于细胞感染的实时定量逆转录PCR(real time quantitative reverse-transcription PCR, RT-qPCR)法, 用于水痘减毒活疫苗感染性病毒滴度检测。方法根据水痘减毒活疫苗毒种V-Oka株的基因序列设计特异性引物及探针。将参考品及待测样品系列稀释后接种MRC-5细胞, 经培养后收获细胞, 提取RNA, 进行一步法RT-qPCR检测, 通过平行线法计算样品滴度, 并将检测结果与中国药典2020年版三部规定的空斑法进行对比。结果感染细胞适宜收获时间为36~48 h, 可检测样品滴度范围为2.8~5.0 lgPFU/ml。与空斑法检测的滴度之间的差异无统计学意义(冻干疫苗组t=1.09, 疫苗原液组t=0.59, P值均>0.05)。结论初步建立了基于细胞感染的RT-qPCR法, 可用于水痘减毒活疫苗病毒滴度检测。
王玉霞徐然毛辉谢蕾王亮陈晓周旭朱为
关键词:水痘减毒活疫苗滴度
极端逆转录PCR
提供用于实施RT‑PCR的方法、试剂盒和混合物,其中RT温育不超过1分钟和PCR循环为每个循环<20秒。
C.T.维特维尔J.F.夸肯布什J.A.豪斯基珀
戊型肝炎病毒实时荧光逆转录PCR检测引物、探针、检测试剂盒和检测方法
本发明公开了戊型肝炎病毒实时荧光逆转录PCR检测引物、探针、检测试剂盒和检测方法。本发明针对戊型肝炎病毒,设计和筛选了特异性引物、探针以及含有该引物和探针的检测试剂盒和利用该检测试剂盒通过实时荧光逆转录PCR扩增,进而确...
孙薇陆敏苏艳丽毕英杰
双重实时逆转录PCR检测G2、G3型轮状病毒方法的建立被引量:2
2020年
目的建立一种双重实时逆转录PCR,用于G2、G3型轮状病毒的快速检测和定量分析。方法采用G2、G3型轮状病毒VP7基因特异性引物/探针和体外转录RNAs,建立双重实时逆转录PCR,在同一反应管中同时检测G2、G3型轮状病毒VP7基因;并对该方法的灵敏度、重复性、有效性进行验证。结果双重实时逆转录PCR标准曲线R^2>0.99,扩增效率在90%~110%之间。灵敏度可达10~1拷贝,不同浓度体外转录RNAs重复性检测CV均≤4.18%。单重和双重实时逆转录PCR均可以对G2、G3型单价样本和混合样本进行有效检测,试验内CV均≤2.08%,试验间CV均≤2.52%。单重和双重实时逆转录PCR检测同一样本时具有良好的一致性,检测结果之间差异无统计学意义(P>0.05),两种方法相关性较好(R^2>0.95)。结论本方法特异、快速、灵敏且重复性好,可以在同一反应管中同时检测两种目的基因,缩短了检测周期,降低了检测成本和污染风险,为轮状病毒的分型和定量提供了更为快速、有效的检测方法。
王云瑾李雄雄王革王名强宋宪铭白慕群傅生芳胡广宏陈汉泉韩平余黎周旭马超
关键词:轮状病毒体外转录
加热灭活对荧光定量逆转录PCR检测新型冠状病毒RNA影响分析被引量:5
2020年
56℃处理30min能有效灭活新型冠状病毒(SARS-CoV-2)。但加热处理对后继的荧光定量RT-PCR检测有无影响尚未见报道。本研究使用已知SARS-CoV-2核酸检测阳性的5个咽拭子标本,各自分为4份:对照组、56℃30min、56℃45min和56℃60min处理组。热处理后提取核酸并使用荧光定量RT-PCR检测病毒RNA相对含量。结果显示,56℃处理30~60min会导致荧光定量RT-PCR检测病毒核酸降低40%左右。56℃30min、56℃45min和56℃60min处理组间检测结果无统计学差异(P>0.05)。本研究提示,SARS-CoV-2标本56℃30min灭活后,再进行核酸提取和荧光定量RT-PCR检测,能更好地保护实验操作过程中人员和环境的安全。加热灭活对荧光定量RT-PCR检测结果的影响有限,但对于结果在临界值附近的标本应慎重使用。
叶慧叶恒平马肖秦义组李涛柴瑜
极端逆转录PCR
提供用于实施RT‑PCR的方法、试剂盒和混合物,其中RT温育不超过1分钟和PCR循环为每个循环<20秒。
C.T.维特维尔J.F.夸肯布什J.A.豪斯基珀
实时逆转录PCR检测G1、G2和G4型轮状病毒方法的建立被引量:6
2018年
目的建立3种用于检测G1、G2和G4型轮状病毒VP7基因的一步法实时逆转录PCR,用于本实验室G1、G2和G4型轮状病毒的快速检测和定量、定性分析。方法设计G1、G2和G4型轮状病毒VP7基因特异性引物和探针,采用G1、G2和G4型轮状病毒特异性体外转录RNAs,建立实时逆转录PCR,特异性检测G1、G2和G4型轮状病毒VP7基因方法。结果 3种实时逆转录PCR标准曲线R^2均大于0.99,扩增效率均在90%~110%之间。不同浓度体外转录RNAs重复性检测结果 CV均<5%,且可以对单拷贝RNAs样本进行检测。结论本检测方法快速、灵敏且重复性好,可以对轮状病毒VP7基因进行特异而有效的检测,为实验室轮状病毒毒株的分型和定量检测提供了特异而有效的检测方法,也为今后多重实时逆转录PCR的建立奠定了试验基础。
王云瑾王名强傅生芳周旭白慕群胡广宏寇桂英包红陈玥如马超
关键词:体外转录

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马红
作品数:210被引量:1,953H指数:21
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