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- 一种基于双分支网络预测转录因子结合位点的方法
- 本发明公开了一种基于双分支网络预测转录因子结合位点的方法，包括：将DNA序列转换为K‑mer标记的序列；将K‑mer标记的序列依次输入至基于BERT架构的预训练模型、循环神经网络BiLSTM中、CNN模块中、双分支Dua...
- 何嘉章于鹏李天甲范文馨张永清朱桂全刘宇航周治淦李天豪
- 基于双路TCN的长短距离融合学习转录因子结合位点预测
- 2025年
- 准确预测DNA与转录因子的结合位点对深入理解基因表达及调控机理具有重要意义。卷积神经网络(CNN)和长短时记忆网络(LSTM)已成功应用于DNA-转录因子结合位点预测任务,准确性相比传统机器学习方法提升明显。然而,CNN仅擅长学习局部空间信息,无法建模DNA序列中的长距离依赖关系;LSTM网络的顺序处理特性无法实现并行运算,计算效率偏低。为此,提出一种结合双路时间卷积网络(TCN)和长短距离融合学习机制的模型解决上述问题。在网络结构层面,使用时间卷积网络作为序列特征提取器,兼具长距离建模和并行处理的优势,而且双路结构使模型能分离学习DNA互补特征,一定程度上提升了模型的稳定性;在特征学习层面,充分利用时间卷积网络不同层的上下文信息建模能力设计了长短距离融合学习策略,增强了预测特征的表示能力。在165个ChIP-seq数据集上的实验结果表明,该方法的各项指标结果优于当前流行的基于深度学习的方法。通过利用具有不同距离依赖信息的时序特征,可为转录因子结合位点预测提供一个有价值的框架。
- 吴志强宋佳智姜静清罗蕊
- 关键词：转录因子结合位点
- 一种基于多网络融合的转录因子结合位点识别方法
- 本发明公开了一种基于多网络融合的转录因子结合位点识别方法，涉及核苷酸检测技术领域，包括步骤：通过独热编码对样本DNA序列进行数字矩阵转换；通过记录测序短片段落在样本DNA序列各核苷酸上的次数实现对应核苷酸结合强度的计算；...
- 张钦虎王思果鲍文正
- 转录因子结合位点的预测方法及装置
- 本说明书实施例提供转录因子结合位点的预测方法及装置，其中所述转录因子结合位点的预测方法包括：接收针对待检测细胞的转录因子结合位点的预测请求；响应于所述预测请求，获取所述待检测细胞的待检测细胞基因序列和目标组蛋白修饰信息；...
- 杨梓琨顾斐
- 一种基于容错编码及多尺度密集连接网络的转录因子结合位点预测方法及系统
- 本发明公开了一种基于容错编码及多尺度密集连接网络的转录因子结合位点预测方法及系统，包括：在特征表示阶段引入容错机制，将原始DNA序列和其二阶容错序列结合并转换为特征向量；构建基于多尺度密集连接的深度神经网络；将全局数据集...
- 殷宇航申龙晨姜元昊高尚於东军
- 一种转录因子结合位点搜索方法、系统、存储介质、终端
- 本发明属于高通量测序技术领域，公开了一种转录因子结合位点搜索方法、系统、存储介质、终端，基于位置权值矩阵的TFBS搜索方法扫描序列第一集合，将找到的TFBS信息添加到TFBS集合中，将没有找到TFBS的序列存入序列第二集...
- 于强胡雅娜张晓张瑞燊
- 一种转录因子结合位点的预测方法、装置、设备及介质
- 本发明公开了一种转录因子结合位点的预测方法、装置、设备及介质。该方法包括步骤：首先获取与待预测转录因子结合位点的第一DNA特征序列和第二DNA特征序列；所述第一DNA特征序列是原始DNA序列采用Hu编码方式进行编码得到的...
- 宋汝群曹莹
- 一种转录因子结合位点预测方法及系统
- 本发明提供一种转录因子结合位点预测方法及系统，方法包括：在不同DNA序列上应用滑动窗口来生成丰富的序列特征，接着对这些特征进行综合处理和编码，以形成详细的特征表示。最后，通过运用多尺度卷积神经网络CNN和conforme...
- 孙战里程志军
- 基于分裂注意力机制的DNA转录因子结合位点预测被引量：1
- 2024年
- 准确识别DNA序列中的转录因子结合位点对于基因表达解析和药物设计等具有重要意义。基于深度学习的各种预测方法已被应用于转录因子结合位点任务中,但预测性能尚有提升空间。为此,提出一种新的深度学习方法ResNest-TFBS,用于预测690个ChIP-seq数据集上的转录因子结合位点。该方法首先在序列One-hot编码的基础上通过引入DNA的分子动力学特征与静电势能特征提取DNA的空间结构特性;其次利用分裂注意力机制与残差结构组成ResNest模型进行训练,从而将通道注意力机制应用于不同通道分支,以捕获其在全局数据集上学习到的特征间交互与多通道表示;最后将上述先验知识迁移至690个ChIP-seq数据集上,并进行广泛测试。实验结果表明,ResNest-TFBS性能优异,平均AUC为0.929。此外,通过SHAP工具验证不同特征在该任务中的贡献程度,证实所引入的特征为转录因子结合位点预测提供了更具价值的生物学线索。
- 姜博文冯子健黄伟鸿
- 关键词：DNA转录因子结合位点
- 一种基于大语言模型的转录因子结合位点预测方法及装置
- 本发明涉及一种基于大语言模型的转录因子结合位点预测方法及装置，属于生物信息技术领域。包括：获取待预测DNA序列，对待预测DNA序列进行预处理得到目标输入序列；将目标输入序列输入大语言模型中，输出全局特征矩阵；将全局特征矩...
- 王锴曾炫周景文刘飞栾小丽王兴隆
