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单增李斯特菌、格氏李斯特菌或威尔斯李斯特菌侵染果蝇S2细胞后的转录分析: 2025年; 【目的】利用果蝇作为宿主比较单增李斯特菌Listeria monocytogenes、格氏李斯特菌L. grayi以及威尔斯李斯特菌L. welshimeri侵染后触发果蝇S2细胞基因表达模式的异同,为探究宿主的先天免疫防御机制以及不同种李斯特菌的致病差异机制提供一定的研究基础。【方法】单增李斯特菌、格氏李斯特菌以及威尔斯李斯特菌分别侵染果蝇S2细胞3 h后,利用转录组测序技术检测果蝇S2细胞中的mRNA表达谱,并利用生物信息学方法筛选出差异表达基因(DEGs),然后对这些基因进行GO注释和KEGG分析,最后采用qRT-PCR技术验证5个Toll和Imd通路相关的抗菌肽基因的转录水平。【结果】单增李斯特菌、格氏李斯特菌和威尔斯李斯特菌侵染3 h后果蝇S2细胞中共有18个DEGs,特有DEGs分别为104、28和33个。3种李斯特菌侵染组共有的DEGs被注释到代谢过程、细胞过程、细胞器、对刺激反应和免疫系统过程等共有的GO条目;此外,单增李斯特菌侵染组特有的DEGs被注释到生物黏附、参与化学突触传递的突触前过程、生物过程的负调节、核酸结合转录因子活性和信号转导器活性等特有GO条目;格氏李斯特菌侵染组特有的DEGs被注释到多个生物体过程、细胞外区域等特有GO条目;威尔斯李斯特菌侵染组特有的DEGs则被注释到发育过程及膜包裹腔等特有GO条目。KEGG分析结果显示,3种李斯特菌侵染组的DEGs均富集到了Toll/Imd信号通路。qRT-PCR验证5个Toll和Imd通路相关的抗菌肽基因转录水平,定量结果与测序结果基本吻合。【结论】3种不同李斯特菌侵染后触发S2细胞的转录表达模式具有一定的相似性,但同时也存在不同之处,这些差异存在的信号通路可能与3种李斯特菌在S2细胞中的致病力强弱存在相关性。; 邓健浩刘力舒婵吴坤吴坤钟姚兵华李康田铃黄志君; 关键词：单增李斯特菌转录组测序

家蚕小茧突变体sc生长发育相关通路差异表达基因转录分析: 2025年; 【目的】航天蚕Bombyx mori后代小茧突变体sc的幼虫发育缓慢,食桑量少,推测其生长发育相关通路基因受到基因突变的影响。前期研究表明,sc突变受一对位于家蚕第3连锁群的隐性基因控制,但其控制基因并未被鉴定。本研究拟通过比较分析sc与航天蚕后代正常茧品系TG的转录组数据,为sc突变体相应基因的鉴定及分子机制的解析提供参考。【方法】分别取sc和TG 5龄第4天幼虫的头部和中肠组织进行转录组测序(RNA-seq),并通过比较转录组分析获得差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行GO注释和KEGG富集分析。利用qRT-PCR验证随机选取的DEGs在sc和TG中的表达量。此外,利用qRT-PCR调查感兴趣基因在sc中的表达量。【结果】TG vs sc比较组头部检测到1528个DEGs,其中820个上调表达,708个下调表达;TG vs sc比较组中肠检测到1401个DEGs,其中683个上调表达,718个下调表达。GO分析表明头部和中肠DEGs在生物学过程中,大多数DEGs参与细胞过程、代谢过程、生物调节和刺激反应等;在分子功能中,大多数DEGs参与结合、催化活性、结构分子活性、转运蛋白活性和ATP依赖活性等。头部和中肠DEGs均涉及Hippo,Insulin和mTOR等与家蚕生长发育相关的信号通路。qRT-PCR分析显示,基因的表达趋势与转录组测序结果一致;与TG相比,sc中生长发育相关通路中BMSK0008105,BMSK0009907,BMSK0002689,BMSK0000286,BMSK0012340和BMSK00083629等关键基因差异表达。【结论】sc和TG中生长发育相关的信号通路关键基因的差异表达,通过影响生长发育过程中的能量代谢、器官发生和细胞生长、增殖及凋亡等生理过程,进而影响小茧突变体sc的体型发育。研究结果有助于阐明sc突变体形成的分子机制,并为家蚕体型调控研究积累实验数据。; 吴赛王闪闪赵巧玲赵巧玲王梅仙朱娟沈兴家; 关键词：家蚕差异表达基因功能注释

桃蚜浓核病毒MpDV2基因组扩增、转录分析及植物对其传播的影响: 在寄主植物-昆虫-病原微生物的三级营养系统中,植物在调节昆虫与其致病病毒的互作方面发挥着重要作用。目前,关于寄主植物影响昆虫病毒传播的研究主要集中在大分子DNA杆状病毒和一些RNA病毒上,而植物对其他昆虫病毒的影响尚不清...; 杨炀; 关键词：桃蚜浓核病毒转录分析

抗精神病药物所致体质量增加患者灰质体积变化的神经影像-转录分析: 2024年; 目的探索抗精神病药物所致体质量增加的患者脑灰质体积变化及神经机制。方法收集2019年10月至2021年12月上海市精神卫生中心收治的首发未用药精神分裂症患者129例,根据抗精神病药物治疗8周后体质量变化分为体质量增加组(weight gain,WG)(体质量较基线增加≥7%)和体质量稳定组(weight stable,WS)(体质量较基线变化<3%)。在治疗前后评估患者体质量并采集大脑MRI结构像。应用艾伦人脑图谱进行灰质体积改变与基因表达水平的空间相关分析,并进行基因注释分析。结果纳入33例体质量增加患者和27例体质量稳定患者。与基线比较,WG组治疗后右侧海马、左侧基底节、右侧顶下小叶等脑区灰质体积减小,双侧丘脑灰质体积增加(P<0.05);WS组治疗后双侧眶回、双侧额下回和双侧海马等脑区灰质体积较基线减小(P<0.05),未发现灰质体积增加的脑区。神经影像-转录分析显示354个与WG组灰质体积改变相关的基因,这些基因特异性富集在库欣综合征、神经炎症和谷氨酸信号等通路,特异性表达在表达孤咖啡肽前体的神经元。结论抗精神病药物所致体质量增加患者丘脑灰质体积增加,且与库欣综合征、表达孤咖啡肽前体的神经元等有关,这为抗精神病药所致体质量增加神经机制提供了新的线索。; 张素贞蒯新平高天昊李旋卓恺明项琼刘登堂; 关键词：体质量增加丘脑

白三叶类黄酮合成基因TrCHI的克隆及转录分析: 2023年; 为研究白三叶类黄酮合成途径的关键基因TrCHI在白三叶(Trifolium repens)花色形成中的作用,以白三叶野生型和红花突变体为材料,通过同源克隆得到TrCHI基因并进行转录分析和CHI酶活性测定。结果表明,白三叶野生型TrCHI基因开放阅读框长660 bp,编码219个氨基酸,其红花突变体TrCHI开放阅读框长度为669 bp,编码222个氨基酸。7处氨基酸突变包括:第13号位的谷氨酸突变成天冬氨酸,第75号位的谷氨酸突变成谷氨酰胺,第154号位的丝氨酸突变成苏氨酸,第218号位的赖氨酸突变成精氨酸,并在末尾增加了甘氨酸、蛋氨酸和赖氨酸。进化分析发现,CHI基因进化具有物种保守性,Tr CHI属于Ⅱ型CHI。花瓣、根和叶柄中,红花突变体TrCHI转录水平显著高于野生型;但在茎、叶和花梗中,红花突变体TrCHI基因转录水平低于野生型。突变体花瓣中CHI酶活性极显著高于野生型(P<0.001)。推测白三叶突变体的红花表型与TrCHI基因突变并对白三叶中的类黄酮化合物的合成调控有关。本研究为进一步研究TrCHI在白三叶上的潜在功能提供了一定的价值。; 张婷婷刘洋张鹤山许本波; 关键词：错义突变开放阅读框

小豆五出复叶pcl突变基因的精细定位和转录分析: 2023年; 为探究小豆复叶发育调控机理,本研究以电子束辐射小豆栽培品种京农6号获得的一个稳定遗传的五出复叶突变体pcl(pentafoliate compound leaf)为材料,进行了主要农艺性状调查、遗传分析、基因定位和转录组分析。结果表明,五出复叶小豆个体的株高、茎粗、单株荚数、荚宽、单荚粒数、单株产量和百粒重较三出复叶个体均显著增加。遗传分析结果表明,五出复叶由一对隐性基因控制。将突变基因定位于5号染色体末端上物理距离约为500 kb的区间内,区间内共注释出27个基因。染色体步行结果发现,VaTMK3基因启动子区域TATA-box中存在碱基突变,该突变位点分析与性状共分离。转录组和实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析结果显示,参与生长素信号转导和细胞扩增和增殖调控基因VaTMK3表达显著上调。同时生长素跨膜转运载体蛋白编码基因VaPIN1a、VaPIN1b、VaLAX1、VaLAX3、VaLAX5表达量均增加。由此初步确定五出复叶突变候选基因为VaTMK3,且VaTMK3影响了叶片中生长素的转运,从而影响了复叶发育。本研究为进一步解析小豆复叶发育调控分子机制提供了理论依据,为后续小豆复叶发育调控网路的建立奠定了研究基础。; 刘震邓勇赵超绮星君宜万平杨凯; 关键词：小豆基因定位

甜瓜CmVDAC基因家族的鉴定及转录分析: 2023年; 电压依赖性阴离子通道蛋白(VDAC)是线粒体的“开关”,决定线粒体的命运,对甜瓜VDAC家族成员进行鉴定,对基因结构、进化、亚细胞定位及转录模式进行了分析。结果表明,甜瓜全基因组共鉴定出7个VDAC家族成员,命名为CmVDAC1~7,分别分布在6条染色体上,含有5~10个内含子。该家族编码的蛋白质大多为弱碱性、亲水性氨基酸,氨基酸数量为276~380 aa。系统进化分析结果表明,CmVDAC蛋白成员分为4个亚族,且亚细胞定位预测显示,除Cm VDAC7蛋白外,其他CmVDAC家族蛋白均定位到线粒体。启动子序列分析发现,CmVDAC启动子序列包含了调控植物生长发育和逆境胁迫响应两个方面的顺式作用元件,说明Cm VDAC基因可能参与植物生长发育和逆境胁迫响应。组织特异性表达分析显示,CmVDAC基因在甜瓜的根、叶、果实、雌花和雄花都有不同程度的表达,表明CmVDAC基因可能与植物生长发育有关,且在不同组织部位发挥不同的生物学功能。枯萎病菌胁迫下的基因转录模式表明,CmVDAC可以响应甜瓜枯萎病菌的侵染;对CmVDAC4基因进行荧光定量PCR,结果表明CmVDAC4可以响应白粉病菌的侵染,且在抗病甜瓜材料的表达量显著高于其在感病甜瓜材料的表达。本研究为CmVDAC基因在甜瓜生长发育和逆境胁迫的功能提供参考,同时也为抗病育种提供理论指导。; 任凯丽孔维萍唐桃霞程鸿杨永岗苏永全赵晓琴; 关键词：甜瓜基因家族生物信息学基因表达

棉铃虫载脂蛋白受体基因克隆及转录分析: 2023年; 载脂蛋白受体(lipophorin receptor, LpR)在昆虫体内脂质转运中发挥重要作用。为了明确棉铃虫载脂蛋白受体基因在其卵巢发育及饥饿胁迫中的功能,本研究克隆了棉铃虫HaLpR基因的cDNA序列(GenBank登录号KU355886.1),全长3 117 bp,开放阅读框为2 643 bp,编码880个氨基酸;其氨基酸序列包含典型的低密度脂蛋白受体结构域,与其他鳞翅目昆虫的LpR相似度>80%。荧光定量PCR检测结果显示,HaLpR在雌蛾的卵巢和脂肪体组织中相对转录水平最高;在雌蛾卵子发生期均有转录,在雌蛾羽化后3 d表达量达到最高峰;饥饿处理会抑制HaLpR在雌蛾卵巢和脂肪体中的转录。研究结果有助于解析HaLpR参与棉铃虫卵巢发育过程中的脂质转运以及应对饥饿胁迫的作用。; 刘香亚杨蕊弘张晶彭英传肖海军张万娜; 关键词：棉铃虫卵巢脂肪体

高温胁迫下景宁木兰淀粉与蔗糖代谢途径转录分析被引量：2: 2023年; 【目的】从分子生物学角度探究景宁木兰Magnolia sinostellata能否适应城市高温环境,为木兰属Magnolia植物城市推广应用和胁迫分子研究奠定基础。【方法】采取人工控制实验,对景宁木兰幼苗进行40℃极端高温处理,测定果糖、葡萄糖、蔗糖、淀粉碳同化产物,以及果糖磷酸酶、蔗糖磷酸合成酶,进行了转录组测序。【结果】随着胁迫时间的延长,景宁木兰叶片果糖、葡萄糖、蔗糖、淀粉质量分数发生一定的变化,但是差异不显著(P>0.05),果糖合成酶活性呈现显著下降趋势(P<0.05),蔗糖合成酶变化不显著(P>0.05)。转录组数据进一步揭示了在高温胁迫下,相比于24 h,48 h时景宁木兰叶片调节淀粉合成的SS(Unigene 40295)、Glc-1-pa(Unigene 38453)、GBE(CL4668.contig3)基因的表达量增加,随着高温胁迫的加深,调节蔗糖合成的SPS基因呈现下降趋势,并通过荧光定量验证了以上结果。【结论】景宁木兰对极端高温(40℃)有一定的短时耐受性,为应对高温胁迫,不但碳同化产物发生显著变化,调控淀粉与蔗糖代谢途径的关键基因表达也发生了变化,进一步证明了高温会导致景宁木兰叶片内蔗糖和淀粉的相互转化。; 郑晨璐王倩颖陆丹迎申亚梅马晶晶刘璐王云; 关键词：高温代谢途径关键基因

黄瓜DME基因家族的全基因组鉴别及转录分析被引量：3: 2023年; DEMETER (DME)是DNA去甲基化所需要的一种糖基化酶,对植物生长发育和逆境响应具有重要的调控作用。本文对黄瓜CsDME家族成员的基因结构、进化特征及转录模式进行了分析。结果表明,在黄瓜基因组中共鉴别了8个CsDMEs基因,命名为CsDME1~8。系统进化树分析将黄瓜CsDMEs家族成员划分为4个亚族,且黄瓜CsDME与西瓜ClDME的进化关系较近。顺式作用元件分析发现, CsDMEs启动子序列含有光、植物激素、胁迫响应和生长发育相关调控元件,说明CsDMEs可能参与了植物生长发育和逆境胁迫响应。组织特异性表达分析显示, CsDMEs与植物生长发育有关,且在不同的组织部位发挥的生物学功能不同。低温和NaCl胁迫下基因转录模式表明, CsDMEs可能受到低温和NaCl胁迫调控。该结果为深入研究CsDMEs在黄瓜生长发育及响应非生物胁迫中的生物学功能提供了参考。; 赵振翔敖文红王新法卢琳罗未蓉孙涌栋; 关键词：黄瓜非生物胁迫

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