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一种基于联邦学习的蛋白质磷酸化位点预测方法: 本发明公开了一种基于联邦学习的蛋白质磷酸化位点预测方法，涉及生物信息学分析技术领域，包括：每个参与联邦学习的客户端对其蛋白质序列数据进行预处理，建立各自的训练集和测试集；每个客户端利用本地数据集进行模型训练，并向委员会输...; 吴浪董毅王萌王灿吴秋新

一种用于蛋白质磷酸化和棕榈酰化修饰同时筛选的Janus材料的制备方法: 本发明提供一种用于蛋白质磷酸化和棕榈酰化修饰同时筛选的Janus材料的制备方法，属于磁性材料合成技术领域。该方法先制备MCeO2；将MCeO2、十六烷基三甲基溴化铵和氨水混合，...; 郑海娇贾琼仰俊伟赵亚明李松芮王子瑞

基于深度学习的蛋白质磷酸化位点预测: 蛋白质是组成生命的主要生物大分子之一，也是生命活动的主要承担者。蛋白质翻译后修饰是发生在蛋白质翻译后的共价加工过程。其中，磷酸化是最为常见的一种，是生命科学中一项重要的研究内容。磷酸化位点的确定对于指导细胞功能研究、疾病...; 王泽宇; 关键词：蛋白质

基于深度学习的蛋白质磷酸化修饰位点预测研究: 蛋白质磷酸化修饰在理解和揭示各类生物学现象中有着不可或缺的作用,而磷酸化异常也是许多疾病发生的关键因素,因此研究蛋白质磷酸化修饰具有重要现实意义。研究的关键在于准确识别蛋白质上的磷酸化位点。高通量筛选等传统生物实验方法虽...; 余紫媛; 关键词：蛋白质翻译后修饰

一种深度神经网络框架预测蛋白质磷酸化的方法: 本发明公开了一种深度神经网络框架预测蛋白质磷酸化的方法，包括(1)搭建集成深度神经网络框架：由ACNet和多尺度CapsNet两种网络集成得到深度神将网络框架；(2)数据集的选取：磷酸化数据集PhosphoData1训练...; 李重周赳王世洋

蛋白质磷酸化修饰及其在细胞周期调控中的作用研究进展被引量：7: 2024年; 细胞周期是真核生物实现细胞分裂与增殖、从母代向子代传递遗传信息的连续过程.真核细胞通过蛋白质水平的周期性调控完成细胞的分裂与增殖,细胞周期的紊乱常与肿瘤等疾病密切相关.蛋白质磷酸化修饰是细胞周期进程中一种主要的调控方式,可以改变蛋白质的分子结构,影响其与其他分子间的相互作用,从而调节相关分子的生物学活性及功能.细胞周期相关蛋白的磷酸化与非磷酸化状态的改变犹如“分子开关”,精细地控制着周期进程和细胞分裂系列事件.周期相关蛋白质的多位点磷酸化机制研究是磷酸化研究的一个热点.本文综合评述细胞周期调控进程中部分重要蛋白的磷酸化修饰机制,总结了近年来细胞周期领域中蛋白质磷酸化修饰方面的新发现、新突破,为进一步深入理解蛋白质磷酸化及细胞周期调控机制提供参考.; 谭锬谭锬梁前进; 关键词：蛋白质磷酸化蛋白激酶细胞周期蛋白磷酸酶

基于内积自注意力神经网络的蛋白质磷酸化位点预测方法: 一种基于内积自注意力神经网络的蛋白质磷酸化位点预测方法，首先输入氨基酸残基数目为L待进行磷酸化位点预测的蛋白质序列，利用20种常见氨基酸的one‑hot编码表示形式将蛋白质序列转换为一个L×20的特征矩阵Mfe...; 胡俊贾宁欣曾文武殷文杰董明张贵军

基于门控单元的农作物蛋白质磷酸化预测模型研究: 2024年; 针对目前农作物蛋白质磷酸化位点预测成本高、效率低等问题,提出了一种基于深度学习的计算方法。在编码器中加入门控单元,引入蛋白质内在无序性得分作为特征并优化了训练样本采样方式。相较于基于Transformer的方法,该方法具有相同的精度,并且计算量显著减少,展现出高效的计算性能;与DeepIPs、TabNet、TransPhos等现有方法相比,也表现出卓越性能,并且在五倍交叉验证下的AUC提升2%以上。此外,该方法使用的特征可以仅从序列中提取,简化了操作,同时提高了预测效果,为农作物蛋白质磷酸化的研究提供了重要的参考。; 段旭福李重; 关键词：生物信息学蛋白质磷酸化计算生物学

蛋白质磷酸化和亚硝基化互作对宰后羊肉嫩度的影响: 2024年; 以宰后羊背最长肌为研究对象,利用磷酸酶抑制剂、激酶抑制剂、S-亚硝基谷胱甘肽和一氧化氮合成酶抑制剂分别调控肉糜样品的磷酸化和亚硝基化修饰程度,通过分析孵育期间(4℃)样品的磷酸化水平、亚硝基化水平、pH值、肌原纤维小片化指数、肌间线蛋白和肌钙蛋白-T降解程度等指标的变化,探究蛋白质磷酸化和亚硝基化互作对宰后羊肉嫩度的影响。结果表明:在孵育前期(12h)和后期(48~72h),磷酸化处理组样品的磷酸化水平显著高于磷酸化和亚硝基化共同处理组(P<0.05),蛋白质亚硝基化会抑制磷酸化修饰反应。当磷酸化和亚硝基化修饰共同作用时,磷酸化修饰对pH值的影响占主导作用,并且亚硝基化可能会促进磷酸化对pH值的进一步影响;相反,蛋白质亚硝基化对宰后羊背最长肌肌原纤维内部结构的破坏起主要作用。当磷酸化和亚硝基化修饰共同存在时,蛋白质磷酸化抑制蛋白质亚硝基化反应,而蛋白质亚硝基化可能会促进蛋白质磷酸化对肌间线蛋白降解的抑制作用。在宰后孵育过程中,蛋白质磷酸化和蛋白质亚硝基化在不同反应时期调控作用不同,但最终均会使肌钙蛋白-T的降解程度下降。综上所述,蛋白质磷酸化和亚硝基化修饰互作负向影响宰后羊肉嫩度。; 杜曼婷高梦丽游紫燕李可白艳红; 关键词：蛋白质磷酸化嫩度

电针干预对慢性疲劳综合征大鼠海马组织蛋白质磷酸化表达的影响被引量：3: 2024年; 目的:观察电针对慢性疲劳综合征(CFS)大鼠行为学和海马组织蛋白磷酸化的影响,探讨电针治疗CFS的作用机制。方法:将雄性SD大鼠随机分为空白组、模型组和电针组,每组12只。采用多因素慢性复合应激法制备CFS模型。电针组大鼠给予电针“神庭”(透刺“百会”)和“大椎”治疗,每日1次,每次15 min,连续28 d。治疗结束后观察各组大鼠体质量、摄食量和饮水量,采用实验大鼠一般情况半定量评分观察表评价大鼠的疲劳程度,采用旷场实验及Morris水迷宫实验评价大鼠焦虑程度和学习记忆能力。取各组大鼠海马组织进行磷酸化Label-free定量蛋白质组学检测。结果:治疗结束后,与空白组比较,模型组大鼠体质量降低(P<0.01),摄食量减少(P<0.05),一般情况半定量评分升高(P<0.01),旷场实验总穿格次数和进入中央区次数均增多(P<0.01),Morris水迷宫实验逃避潜伏期延长(P<0.01)、穿越原平台次数减少(P<0.01)。与模型组比较,电针组大鼠一般情况半定量评分降低(P<0.01),旷场实验总穿格次数减少(P<0.05),Morris水迷宫实验逃避潜伏期缩短(P<0.01)、穿越原平台次数增加(P<0.01)。与空白组比较,模型组有297个差异表达肽段,对应255个蛋白,与模型组比较,电针组有245个差异表达肽段,对应198个蛋白,其中共有24个重合蛋白在电针治疗后表达回调。GO分析表明,电针干预的作用在生物学过程方面主要为对蛋白质聚合和细胞骨架组织的调节,在分子功能聚类上表现为对蛋白质聚合的调节,在细胞组分聚类方面表现为对突触功能的影响。KEGG分析结果显示,电针干预对胰岛素分泌、轴突导引、磷脂酰肌醇信号系统及赖氨酸生物合成等对中枢神经系统组织功能有重要作用的信号通路产生了影响。结论:电针可以改善CFS模型大鼠的疲劳状态,缓解焦虑情绪,提高学习记忆能力,其机制可能与调节海马组织蛋白磷酸化�; 杨燕孙忠人李超然冯楚文王玉琳王玉琳屈媛媛郭静石天宇孙闻孙维伯杨添淞; 关键词：电针慢性疲劳综合征磷酸化蛋白质组学液相色谱-质谱海马

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