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融合药分子图结构和细胞基因表达谱的协同药物预测方法: 本发明公开了一种融合药分子图结构和细胞基因表达谱的协同药物预测方法，属于药物协同组合预测技术领域。该方法包括如下步骤：将细胞的基因特征作为节点嵌入药物的分子结构图中，得到融合后的结构图；通过拓扑自适应图卷积网络和多层感知...; 闫仕宇于钢杨娇星陈灵娜

基于单细胞RNA测序技术的肝癌手术前后外周血B细胞基因表达谱研究: 2024年; 目的探索肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者手术前后外周血B细胞基因表达谱的变化。方法收集2022年9月在广西医科大学附属肿瘤医院行肝切除术治疗的3例HCC患者手术前及手术后的外周血样本,提取外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell,PBMC)并进行单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)。根据测序数据进行B细胞数量分析、上下调基因差异分析、KEGG分析、GSEA-KEGG及GSEA-GO分析和细胞通讯分析,比较手术前后B细胞的动态改变。结果PBMC经scRNA-seq分析识别出了标记基因为MS4A1、CD79A的细胞簇,即B细胞群。B细胞群重新聚类分析后可分为记忆B(memory B)细胞、初始B(naive B)细胞和浆母细胞(plasmablasts)共3个细胞亚群。与术前组相比,术后组naive B和plasmablasts细胞占比升高,memory B细胞占比降低。手术前后B细胞中共筛选出285个显著差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),其中S100A8、S100A9、IL1R2、MALAT1等152个基因在手术后显著上调(P<0.05),RPS27A、RPS3A、RPS12、RPS3等133个基因在手术后显著下调(P<0.05)。KEGG分析发现手术后B细胞中显著下调的DEGs主要富集到核糖体、抗原处理和提呈通路。GSEA-KEGG分析发现手术后B细胞中表达上调的基因集显著富集于癌症中的转录失调、P53信号通路,表达下调的基因集显著富集于核糖体、抗原处理和提呈通路;GSEA-GO分析发现手术后B细胞中表达上调的基因集显著富集于环氧化酶P450途径、信号模式识别受体活性,表达下调的基因集显著富集于免疫球蛋白复合物、T细胞受体复合物。手术后B细胞与T细胞之间的通讯增强,且手术后配体-受体对CD22-PTPRC在B细胞与B细胞、B细胞与Mono细胞之间的通讯概率上调(P<0.01)。无论是手术前还是手术后,CD22信号通路对B细胞与T细胞之间的通讯均具有较强调控能力。结论HCC患者外周血B细胞基因表达谱在手术前; 梁思盛勇红刘顺刘美良杨钰雷蕾巫丽丽曾小云; 关键词：B细胞基因表达谱

不同平台单细胞基因表达谱数据的处理方法及装置: 本公开公开了不同平台单细胞基因表达谱数据的处理方法及装置、电子设备和存储介质，将不同平台的单细胞基因表达谱数据转换为单个样本的基因表达矩阵文件，其中，基因表达矩阵文件中的第一列为基因名称读取单个样本的基因表达矩阵文件，并...; 刘传军方晓东梅俊谱陈柔汐

低氧环境下卵巢癌细胞基因表达谱变化分析: 研究背景卵巢癌死亡率高居妇科恶性肿瘤之首,其标准治疗方案为肿瘤细胞减灭术联合以铂类为基础的化疗,但超过70%的患者在进行了标准治疗后,对一线化疗敏感性下降而出现耐药,严重影响患者预后。随着对肿瘤认识的加深,肿瘤微环境逐渐...; 李晶; 关键词：卵巢癌低氧细胞耐药

Th2倾向型典型哮喘与咳嗽变异性哮喘外周血单个核细胞基因表达谱的差异性研究被引量：1: 2023年; 目的揭示Th2倾向型典型哮喘(classical asthma,CA)与咳嗽变异性哮喘(cough variant asthma,CVA)在基因表达水平上的差异,以便进一步研究哮喘的发病机制。方法收集2018年6月1日—2019年12月31日在四川省人民医院呼吸与危重症学科门诊就诊的哮喘患者,健康对照(healthy control,HC)为体检中心的健康成人。收集临床数据,用全长转录组测序方法检测CA组、CVA组和HC组中外周血单个核细胞基因表达情况。通过GO、KEGG分析和蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析筛选差异基因。通过Cytoscape软件对互作网络分析结果进行可视化处理。最后通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time polymerase chain reaction,RT-PCR)对候选基因进行验证。结果研究共纳入31例哮喘患者,其中CA组20例,CVA组11例。根据血清总IgE>60 IU/mL和呼出气一氧化氮分数>40 ppb为筛选条件,筛选出Th2倾向型CA 9例、Th2倾向型CVA 5例进行分析。基因表达分析显示,在Th2倾向型CA组和Th2倾向型CVA组之间共有差异基因300个,其中155个基因相对上调,145个基因相对下调。GO富集分析表明,差异基因主要富集在药物反应、氮化合物生物合成、细胞质基质、蛋白质结合、ATP结合等方面。KEGG通路分析显示,差异基因主要富集在2-氧羧酸代谢和自然杀伤细胞介导的细胞毒信号通路中。PPI分析显示不同基因之间存在广泛的蛋白互作。筛选了10个候选基因并进行RT-PCR验证,最终发现CLU、GZMB、PPBP、PRF1、PTGS1、TMSB4X在Th2倾向型CA组和Th2倾向型CVA组间存在显著性差异表达。结论哮喘的发生是众多基因和通路相互作用的结果,CLU、GZMB、PPBP、PRF1、PTGS1、TMSB4X基因可能在Th2倾向型CVA向Th2倾向型CA的发展过程中起着重要作用。; 杜敏魏维周光红黄静王玉霞龙怀聪; 关键词：典型哮喘咳嗽变异性哮喘差异表达基因

Th2型典型哮喘和咳嗽变异性哮喘外周血单个核细胞基因表达谱的差异性研究: 目的:支气管哮喘(Branchial asthma)是一种慢性呼吸道疾病,其病理生理机制十分复杂。咳嗽变异性哮喘(Cough variant asthma,CVA)是哮喘常见的一种表型,主要表现为气道高反应性(Bronc...; 杜敏; 关键词：典型哮喘咳嗽变异性哮喘

女性骨关节炎患者外周血单个核细胞基因表达谱的生物信息学分析: 2022年; 目的通过生物信息学方法分析中老年女性骨关节炎(osteoarthritis,OA)患者与正常人(NC)外周血单个核细胞(PBMCs)基因表达谱差异,探索血液中OA的诊疗靶点。方法从GEO数据库中下载GSE48556数据集。用R语言筛选出OA和NC之间的差异表达基因。利用基因集合富集分析(GSEA)获取目的基因子集;通过DAVID对其进行GO和KEGG通路分析。用STRING和Cytoscape软件构建PPI网络,Mcode和centiscape插件进行模块分析,Cytohubba筛选出关键基因。结果GSEA分析及P.adjust<0.05&|log2FC|>0.2筛选出292个目的基因,其中上调81个,下调211个,对其进行GO富集分析主要集中在“NIK/NF-κB的调节”、“单核细胞增殖”、“凋亡信号通路的调控”、“TNF介导的信号通路”、“Wnt信号通路的调控”、“MAP激酶活性的调节”和“自噬的调节”等生物功能上;KEGG主要富集在以下4条通路:自然杀伤细胞介导的细胞毒性、TNF信号通路、MAPK信号通路和细胞凋亡。利用PPI网络及相关插件筛选出MAPK1、I L10、PTGS2、IL18、GSK3B、NFKBIA、TNFRSF1A、EGR1八个核心基因与OA炎症和细胞凋亡高度相关。结论通过生物信息学分析发现OA和NC的PBMCs基因表达差异集中在细胞凋亡和炎症反应,使其成为OA的诊疗靶点。; 杨威袁普卫杜龙龙韩清民; 关键词：骨关节炎外周血单个核细胞炎症

3种新烟碱类杀虫剂对人间充质干细胞基因表达谱的影响被引量：3: 2022年; 啮齿类动物毒理学的初步研究结果提示新烟碱类化学品暴露可能对人体健康造成危害,但健康效应、毒性机制和分子毒理学靶标尚不清楚.选用人骨髓间充质干细胞体外模型,将其暴露于吡虫啉(IMI)、烯啶虫胺(NIT)和啶虫脒(ACE)3种典型新烟碱类杀虫剂,利用基因加权共表达网络分析细胞基因表达谱的变化.基因加权共表达网络分析将基因分为7个模块,其中5个模块基因表达模式与对照组有显著差异(p<0.05).从上述5个模块中共富集出57条通路与236个生物学过程,主要涉及脂肪酸代谢、葡萄糖代谢、凋亡及神经系统.从各模块中筛选出连通性最高的20个关键基因,其中,Blue及Red模块中关键基因主要包括神经生长因子(NGF)、丝氨酸蛋白酶抑制剂家族B成员2(SERPINB2)及酰基辅酶A脱氢酶中链(ACADM).本研究提示了新烟碱类杀虫剂对人体健康的潜在敏感靶标,可为该类化学品的健康风险评价提供科学依据.; 张疆雨李明翰李泽昌周春艳罗芳潘一帆刘薇; 关键词：新烟碱类杀虫剂人骨髓间充质干细胞脂肪酸代谢

基因芯片分析孤儿核受体NURR1上调表达对前列腺癌LNCaP细胞基因表达谱的影响被引量：1: 2022年; 目的探讨孤儿核受体NURR1表达上调对前列腺癌细胞基因表达谱的影响。方法构建NURR1过表达载体,通过慢病毒感染方式上调前列腺癌LNCaP细胞中NURR1的表达水平。通过免疫细胞化学染色检测NURR1蛋白的表达,通过基因表达谱芯片分析NURR1过表达组和对照组LNCaP细胞的mRNA、lncRNA表达水平的变化。通过KEEG和GO分析探讨NURR1过表达对相关信号通路和功能的影响。结果NURR1基因在LNCaP细胞过表达,与对照组比较共有515个基因发生差异表达,其中上调的mRNA238个,下调的mRNA195个;上调的lncRNA54个,下调的lncRNA28个。差异表达的mRNA和lncRNA主要在于细胞分子功能的改变,其中视网膜结合功能、铁离子结合能力、神经轴突调控以及氧化还原过程、细胞外区域的细胞学组成改变最为显著。细胞因子与细胞因子受体的相互作用以及调节干细胞多能性的有关信号通路都发生显著性改变。结论NURR1基因的上调表达对前列腺癌细胞mRNA以及lncRNA表达谱显著改变,可能与其促进前列腺癌进展的功能有关。; 孙睿梁辉张颖邓琼胡七一张圣平张建文王铸; 关键词：孤儿核受体 NURR1 前列腺癌基因表达谱

PM_(2.5)处理后的小鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞基因表达谱变化及其功能与信号通路分析被引量：1: 2022年; 目的应用转录组测序技术分析PM_(2.5)处理后小鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞的基因表达谱变化及其功能与信号通路。方法小鼠肺泡Ⅱ型上皮细胞MLE-12分为对照组(无处理)和PM_(2.5)组(100μg/mL PM_(2.5)处理),分别处理24 h后提取两组细胞RNA进行转录组测序。所得序列经质控后,利用差异分析软件edgeR筛选出差异表达基因,使用clusterProfile软件进行差异表达基因的GO功能富集和KEGG通路富集分析。选择KEGG富集分析中化学致癌通路的10个较感兴趣的差异表达基因,采用q-PCR法检测其mRNA表达,分别计算各差异表达基因通过q-PCR法、转录组测序得到的PM_(2.5)组/对照组比值,对比q-PCR法测出的基因表达变化是否与转录组测序测出的基因表达变化一致,以验证测序的准确性。结果共筛选到1151个差异表达基因,其中下调基因688个,上调基因483个。GO功能与KEGG信号通路富集分析结果显示,差异基因主要富集在胆固醇代谢、调节趋化作用、细胞黏附、谷胱甘肽转移酶活性等功能及化学致癌性、细胞外基质—受体交互、类固醇生物合成、谷胱甘肽代谢等通路上。选择Gstt1、Gsta1、Gstm1、Gstm7、Gsta3、Gstp2、Ptgs2、Gsta4、Aldh3b1、Aldh3b2进行差异表达基因验证,其中Gsta1、Gsta3、Gsta4、Gstm1、Gstm7、Gstt1、Gstp2属于谷胱甘肽S-转移酶(GST)家族;q-PCR法检测结果与转录组测序结果均显示,Gsta1、Gsta3、Ptgs2、Gsta4、Aldh3b1、Aldh3b2表达上调,Gstt1、Gstm1、Gstm7、Gstp2表达下调,q-PCR法测得各基因表达变化均与转录组测序的趋势一致(P均<0.05)。结论PM_(2.5)可导致MLE-12细胞基因表达谱发生变化,差异基因主要富集在胆固醇代谢、谷胱甘肽转移酶活性等功能及化学致癌性、谷胱甘肽代谢等信号通路,PM_(2.5)导致细胞毒性的机制可能为通过减弱GST的解毒功能而影响化学致癌通路。; 吴秋秋刘兆宇李本殷威达杨志凯陈纪涛刘季芳; 关键词：转录组测序基因表达谱生物信息学

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