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七种半翅目昆虫线粒体基因组数据: 2025年; 昆虫是地球上物种多样性最高的类群,对特定昆虫类群的线粒体基因组研究还处于不断发展和积累的阶段。由于部分半翅目昆虫的线粒体基因组在GenBank数据库中缺失,阻碍了线粒体基因组在半翅目昆虫中的进一步应用。本研究报道了Maevius indecorus、Limnogonus cereiventris、尖长蝽(Oxycarenus laetus)、Hormaphis cornu、Melanaphis donacis、香蕉交脉蚜(Pentalonianigronervosa)、石榴囊毡蚧(Acanthococcuslagerstroemiae)等7种半翅目昆虫的线粒体基因组详尽信息,其中Maeviusindecorus和Pentalonianigronervosa线粒体基因组数据分别为锚蝽科和交脉蚜属(Pentalonia)首次报道。7种半翅目昆虫数据通过SRA数据库获得,来源于6个国家(澳大利亚、喀麦隆、中国、印度、肯尼亚、美国)的7个地区。本研究可为半翅目昆虫系统发育关系、生物多样性、种群分化格局等相关研究提供一定数据支持。; 林珍向家宝蔡何佳奕高贝杨金涛李俊毅周青松黄晓磊邓鋆; 关键词：半翅目线粒体基因组基因注释生物多样性

东江水系大刺鳅线粒体基因组研究: 2025年; 采用PCR和DNA基因测序技术对东江大刺鳅线粒体基因组(mtDNA)测序,使用DNAstar、MEGA 11.0、MITOS Webserver、tRNAscan SE 1.21、Clustal Omega等软件对所测得序列进行分析、比对,了解其mtDNA结构与组成等特征。结果表明:东江大刺鳅mtDNA总长度为16493 bp,具有明显的AT碱基偏好性(54.4%),共37个编码基因(蛋白编码基因13个、rRNA基因2个和tRNA基因22个)和2个非编码区(O_(L)区和D-loop区),9个编码基因分布在轻链(L链)上、28个编码基因位于重链(H链)上;存在9处不同长度的基因间隔区,间隔长度为1~5 bp不等;存在6处基因重叠,位于ATP8和ATP6间的基因重叠最大,长度为10 bp;O_(L)区位于tRNA^(Asn)和tRNA^(Cys)之间,长度为30 bp可以折叠成茎环二级结构,其茎区序列(5'-3')为TCCCCGCC/AGGGGCGG,环区长度为13 bp;D-loop区位于tRNA^(Pro)和tRNA^(Phe)基因之间,序列长度为871 bp,分为终止序列区(TAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)3个区域;13个蛋白编码基因中,COI的起始密码子为GTG,其他均为ATG,终止密码子包括TAG(COI)、TAA(ATP8、ND1、ND4L、ND5、ND6)和不完整终止密码子TA(COIII、ND2、ATP6)、T(COII、ND3、ND4、Cyt b)4种;22个tRNA基因中,除了tRNA^(Ser)(AGC)外其余都能折叠成典型的三叶草结构。系统发育分析表明,东江大刺鳅与北江大刺鳅亲缘关系较近。; 王凯丰陈锭娴刘兰苑林胜跃张杰铭梁巍骞李强桂林; 关键词：线粒体基因组全序列分析系统发育

苍山潜穴虻线粒体基因组全序列测定与分析: 2025年; 【目的】了解苍山潜穴虻(Vermiophis cangshanensis Li, Zhao&Wang, 2024)的线粒体基因组特征,进一步确立苍山潜穴虻的分类归属,探究苍山潜穴虻与穴虻科其他昆虫的系统发育关系。【方法】利用Illumina Novaseq 6000二代测序技术测定苍山潜穴虻线粒体全部基因组,对其进行注释和分析;选取线粒体细胞色素氧化酶I基因(cox1)序列,应用贝叶斯法(Bayesian inference, BI)构建系统发育树。【结果】苍山潜穴虻线粒体基因组(GenBank登录号:PP454204)全长为17 428 bp,其中非编码区(D-Loop区)和编码区共编码37个基因,编码区共包括蛋白质编码基因13个,rRNA基因2个和tRNA基因22个。平均测序深度为3076.48 X,GC含量为20.0%,碱基含量分别为A 39.0%、C 12.0%、G 8.0%、T 41.0%。除trnS1外,其余21个tRNA的二级结构均为典型的三叶草结构。【结论】本研究结果支持穴虻科和潜穴虻属的单系性,苍山潜穴虻确应置于潜穴虻属。; 李佳玲黄星颖王义琳王吉申; 关键词：线粒体基因组系统发育

线粒体基因组变异筛选暨自动化指南注释平台: 本发明公开了一种线粒体基因组变异筛选暨自动化指南注释平台，该平台处理器被配置为实现以下步骤：数据质控，对基因测序下机数据进行质控，以获得高质量序列；数据比对，将质控后获得高质量序列比对至人线粒体基因组；数据重比对，将比对...; 王晓黄国翔王佳伟李源

周氏啮小蜂线粒体基因组测定与分析: 2025年; 本文通过Illumina二代测序技术对周氏啮小蜂Chouioia cunea线粒体基因组进行测序、组装和注释,并分析其结构特点和碱基组成;使用最大似然法重建系统发育树,分析姬小蜂科Eulophidae内的系统发育关系。结果表明,周氏啮小蜂线粒体基因组序列全长14704 bp,包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因。基因组全序列的AT含量为85.0%,表现出明显的AT偏向性。13个蛋白质编码基因均以典型的ATN为起始密码子,以TAA为终止密码子。除trnS1和trnP基因外,其余20个tRNAs的二级结构均为典型的三叶草结构,二级结构中有U-U碱基错配现象。系统发育分析显示,姬小蜂科的所有物种聚在同一分支,支持该科的单系性;周氏啮小蜂与亮腹釉小蜂Tamarixia radiata聚为一支,在系统发育树上关系最近。本研究在线粒体基因组水平探讨周氏啮小蜂的线粒体基因组结构特征,分析其在姬小蜂科内的分类地位,为揭示姬小蜂科昆虫的系统发育和进化关系提供理论依据。; 饶何燕李响亮卫欣怡孙季豪王旭黄羿鑫; 关键词：线粒体基因组全序列测定系统发育关系

硬皮肿腿蜂属线粒体基因组特征及系统发育位置研究: 2025年; 【目的】硬皮肿腿蜂属Sclerodermus物种是我国林业蛀干害虫重要的天敌寄生蜂。本研究旨在明确硬皮肿腿蜂属在针尾部(Aculeata)中的分类地位,对4种硬皮肿腿蜂的线粒体基因组进行测序,分析其线粒体基因组结构和系统发育位置。【方法】利用Illumina HiSeq对硬皮肿腿蜂属4个种(松褐天牛肿腿蜂Sclerodermus alternatusi、白蜡吉丁肿腿蜂Sclerodermus pupariae、川硬皮肿腿蜂Sclerodermus sichuanensis和苹小吉丁肿腿蜂Sclerodermus sp.)线粒体基因组进行测序,然后对其进行组装和注释,分析其结构特点和碱基组成;在NCBI下载膜翅目(Hymenoptera)其他46个种的注释完整的线粒体基因组与本研究获得的4种硬皮肿腿蜂线粒体基因组,基于13个蛋白编码基因(protein-coding genes,PCGs)序列,利用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)和最大似然法(maximum likelihood,ML)构建系统发育树,分析肿腿蜂科(Bethylidae)在针尾部中的系统发育位置。【结果】4种硬皮肿腿蜂线粒体基因组全长为15000~16000 bp,由37个基因组成,包括13个PCGs、2个rRNA基因和22个tRNA基因及1个非编码控制区。13个PCGs中,使用频率较高的4种氨基酸为Ile,Leu,Phe和Met。22个tRNA基因中,仅trnS1缺失DHU臂,其余21个tRNA基因都能形成典型的三叶草结构。37个基因中共有17个基因发生基因重排,包括15个tRNA基因和2个PCGs。与其余细腰亚目(Apocrita)昆虫相比,4种硬皮肿腿蜂线粒体基因组中trnT-trnP发生基因洗牌的同时,trnT发生了基因倒置。系统发育分析结果表明,肿腿蜂科具有单系性,且硬皮肿腿蜂属和头甲肿腿蜂属Cephalonomia的亲缘关系最近。【结论】本研究提供了4种硬皮肿腿蜂的线粒体基因组特征,发现基因重排现象复杂;系统发育分析表明硬皮肿腿蜂属隶属于肿腿蜂科,支持传统形态学分类结果;肿腿蜂科具有单系性,与蚁蜂科(Mutillidae)互为姐妹群。本研究的结果为后续肿腿蜂科分�; 朱登辉程欢卢丰黄沙玲周操章冰川何树林李飞; 关键词：肿腿蜂科线粒体基因组基因重排系统发育关系

一种人线粒体基因组甲基化的检测方法及应用: 本发明提供一种人线粒体基因组甲基化的检测方法及应用。针对线粒体DNA双链CG位点进行双态设计，避开重复序列，确保捕获效率，依据探针序列热力学稳定性调整探针剂量；构建线粒体基因组重亚硫酸盐文库，基于热力学稳定性进行叠瓦式设...; 冀延春孟飞龙高应龙郑静

‘槠叶齐’叶绿体与线粒体基因组密码子偏好性分析: 2025年; 密码子使用偏好性作为基因表达调控与分子进化的重要驱动力,在植物细胞器基因组研究中具有特殊意义。‘槠叶齐’(Camellia sinensis cv.‘Zhuyeqi’)作为中国重要的茶树品种,其细胞器基因组密码子使用模式尚未见系统报道。本研究对‘槠叶齐’52个叶绿体编码基因和29个线粒体编码基因开展系统生物学分析。结果表明:(1)‘槠叶齐’叶绿体基因组(ENC=44.64±3.25)和线粒体基因组(ENC=51.98±3.47)均呈现弱密码子偏好性,其中叶绿体偏好性主要受自然选择驱动(GC3s与ENC相关性R2=0.482),而线粒体受自然选择与突变压力共同作用(R2=0.312);(2)相对同义密码子使用度(RSCU)分析揭示两个细胞器基因组均显著偏好以A/U结尾的同义密码子,其中叶绿体基因组高表达基因(rpoC2、psbA等)呈现更强的密码子偏好;(3)通过多参数筛选获得20个叶绿体最优密码子(GCA、GCU等)和23个线粒体最优密码子(GCC、AGG等)。本研究阐明了‘槠叶齐’细胞器基因组密码子使用特征及其进化驱动力,为茶树分子育种体系优化和外源基因高效表达提供了重要理论依据。; 曾文娟朱友鹏陈嘉欣李洪玉王双辉龚意辉陈致印; 关键词：叶绿体基因组线粒体基因组

光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)基因组Survey及线粒体基因组研究: 2025年; 光倒刺鲃(Spinibarbus hollandi)是我国南部重要经济鱼类,为了解其基因组特征及线粒体基因组结构,首次采用二代高通量测序技术对珠江和赣江水系光倒刺鲃基因组进行Survey分析,并在此基础上提取出两者的线粒体基因组。结果显示珠江和赣江水系光倒刺鲃基因组大小分别为1769.91 Mb和1846.46 Mb,均为简单杂合型基因组。珠江和赣江水系光倒刺鲃线粒体基因组长度分别为16543 bp和16546 bp,除16S rRNA、tRNA-Leu(UUA)和D-loop区外,两水系其他线粒体基因长度一致。光倒刺鲃线粒体蛋白编码基因中出现不完整的密码子T/TA。tRNA中除tRNA-Ser(GCT)外,其他均能折叠形成正常二级结构。利用线粒体基因组序列计算各水系个体间的遗传距离,使用邻接法和贝叶斯法构建系统进化树,结果表明赣江和桐江水系光倒刺鲃亲缘关系最近,台湾水系光倒刺鲃与大陆水系的亲缘关系较远,台湾种群光倒刺鲃可能是有效种。该研究旨在为研究光倒刺鲃群体遗传学和分子系统学提供基础信息,为今后其种质鉴定、保护和开发利用提供科学依据。; 赖洁叶树政黄文炜李斯迅邓彬华韩崇龚剑桂林李强; 关键词：光倒刺鲃线粒体基因组系统发育

基于同源性分析和区域加权的线粒体基因组重排量化方法: 本发明属于分子生物学和生物信息学技术领域，涉及一种基于同源性分析和区域加权的线粒体基因组重排量化方法。该方法先输入一条基准序列和n条待量化序列；手工多序列比对，将基准序列与n条待量化序列对齐；再对照基准序列，将n条待量化...; 牛耕耘杨帅石海鹤魏美才

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