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文学文本的系统发生分析:历史、现状和反思: 2024年; 系统发生分析是进化研究中的重要计算方法,被广泛用于确立物种谱系。20世纪80年代以来,该方法先被引入语言和文化谱系研究,继而被引入民间文学研究。在民间故事的系统发生分析中,文本的母题序列被视作遗传信息。对这些序列进行系统发生分析,最终可得到民间故事谱系,进而揭示故事所对应民族在历史上存在的联系。本文在考察文学文本系统发生分析的原理、历史和现状的基础上发现:首先,国内民间文学母题研究虽卓有大成,但仍停留在分类阶段,母题数据未被充分利用,而引入系统发生分析为国内民间文学母题研究开辟了新途径;其次,确定同源母题是近十年来母题研究的重点,但当前对同源母题的确定仍偏主观,而系统发生分析中的同源性算法可为同源母题确定提供更科学的依据;第三,系统发生分析目前主要用于民间文学研究,但鉴于母题分析同样适用于其他文学文本,本文主张系统发生分析可向更广泛的文本拓展,揭示其内在演变规律及其投射的思想文化变迁。; 程弋洋袁陈杰; 关键词：叙事母题同源性

长额负蝗和黄星蝗线粒体全基因组测定及蝗总科系统发生分析: 2024年; 【目的】对长额负蝗Atractomorpha lata和黄星蝗Aularches miliaris的线粒体全基因组进行测定和分析,从线粒体基因组水平探讨蝗总科(Acridoidea)内部尤其是锥头蝗科(Pyrgomorphidae)和瘤锥蝗科(Chrotogonidae)之间的系统发生关系。【方法】基于Illumina HiSeq 2500测序平台测定长额负蝗和黄星蝗线粒体基因组序列,对线粒体基因组结构、碱基组成、蛋白质编码基因(protein-coding genes,PCGs)密码子使用频率(relative synonymous codon usage,RSCU)、tRNA二级结构等进行分析。以已知的蝗总科34个物种的线粒体基因组为内群,以蜢总科(Eumastacoidea)2个物种的线粒体基因组为外群,构建13 PCGs+2 rRNA基因序列联合数据集,并分别采用最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯推断法(Bayesian inference,BI)构建蝗总科系统发生关系。【结果】长额负蝗和黄星蝗线粒体基因组全长分别为15561和15798 bp,均为闭合环状分子(GenBank登录号分别为OR544953和OR253923),均包含37个基因(13个PCGs、22个tRNA基因、2个rRNA基因)及1个控制区,且均存在KD基因重排现象(即trnK-trnD发生重排形成trnD-trnK),A+T含量分别为74.4%和75.8%,存在明显的AT偏好性,基因排序、碱基组成、氨基酸组成和RSCU均与锥头蝗科和瘤锥蝗科其他物种相似。22个tRNA基因中有21个均能形成三叶草结构,只有trnS AGN缺少DHU臂。ML和BI法构建的系统发生树具有相同的拓扑结构,癞蝗科(Pamphagidae)、斑腿蝗科(Catantopidae)、斑翅蝗科(Oedipodidae)、网翅蝗科(Arcypteridae)、槌角蝗科(Gomphoceridae)及剑角蝗科(Acrididae)聚为一支,且支持癞蝗科、斑翅蝗科和槌角蝗科的单系性;锥头蝗科和瘤锥蝗科物种聚为一支,并与蝗总科其他物种形成姐妹群关系;锥头蝗科负蝗亚科(Atractomorphinae)具有单系性,瘤锥蝗科因锥头蝗科物种的加入而不具有单系性。【结论】本研究首次对长额负蝗和黄星蝗线粒体全基因组进行了; 常会会刘玄增严可欣谢朝晖; 关键词：蝗总科锥头蝗科瘤锥蝗科

基于叶绿体基因组的红藻及囊泡藻类内共生系统发生分析: 本研究以采集和购买的红藻、定鞭藻、褐藻以及硅藻为实验材料,进行形态观察及rbc L序列测定,基于形态学特征观察和分子生物学分析进行物种鉴定。并对样本进行高通量测序,对叶绿体基因组进行组装、拼接和注释,得到完整的叶绿体基因...; 赵慧颖; 关键词：内共生叶绿体基因组系统发育分析

一株褐家鼠戊型肝炎病毒的发现鉴定及系统发生分析: 2023年; 对云南省大理市小型哺乳动物携带的戊型肝炎病毒(HEV)进行调查,用巢式RT-PCR对捕获的小型哺乳动物样品中的病毒进行检测,用高通量测序对阳性HEV样本进行毒株全基因组测序,用MEGA-X、BESTv1.10.4和Geneious软件进行生物信息学分析。本研究筛查了6属7种共114只小型哺乳动物样本,结果显示:HEV在褐家鼠中的阳性率为8.00%(2/25);高通量测序获得1株编号为DL147的HEV全基因组,经系统发生分析确定其为HEV-C1基因型,与香港1例戊型肝炎患者血清中发现的HEV同源性最高,核苷酸序列一致性达95.21%,两株病毒的最早分歧时间约为2003年。研究证实,云南省大理市褐家鼠存在HEV-C1感染,其与近期报道的人源新发HEV高度同源,有较近的系统发生关系,对戊型肝炎防控有指导作用。; 宗利东殷红敏杨银赵维玉徐粉慧韩培钰崔凤灵何明仙张云智; 关键词：戊型肝炎病毒人兽共患病啮齿动物高通量测序

德汉劳绵蟹(Lauridromia dehaani)线粒体基因组测定及短尾下目系统发生分析被引量：3: 2021年; 本研究使用高通量测序方法首次获得德汉劳绵蟹(Lauridromia dehaani)的线粒体基因组全序列,确定其线粒体基因组是一个环状DNA,全长15,755 bp,包含37条基因.通过分析比较德汉劳绵蟹线粒体基因组的tRNA二级结构、蛋白编码基因的碱基组成、起始/终止密码子和选择压力,发现trnS 1缺失DHU臂,这种现象在短尾类线粒体基因组中比较常见;不同功能的蛋白编码基因的碱基组成和选择压力不同;cox 1以不常见的ACG作为起始密码子;在多个基因重排断裂点处有长达32 bp以上的间隔序列(最长达130 bp),借此推断发生基因重排的路径.与短尾下目线粒体基因组的祖先排列顺序相比,德汉劳绵蟹呈现一种新的基因排列模式,涉及nad 6、cob、trnH、trnF、trnS 2和trnT等6条基因的重排.使用蛋白编码基因和rRNA基因的联合数据集进行系统发生分析,结果生成了强健的系统发生树,支持短尾下目的各派及亚派之间的关系:(绵蟹总科,人面蟹总科),(蛙蟹总科,真短尾派).另外,两种绵蟹共享短尾类的线粒体基因组中trnH易位特征,并在系统发生树与人面蟹总科的物种形成姐妹群关系,成为短尾下目的基部分支,再次证明绵蟹归置于短尾下目.; 邢雨辉周豪邹永梅姚文佳张晨岭印学晨邹修文陈建琴; 关键词：线粒体基因组

中国大陆多疣壁虎的种群结构及壁虎属系统发生分析: 壁虎属部分物种在形态上差异较小，单一形态分类可能混淆物种的正确区分。本研究利用DNA条形码技术结合形态特征对实验室初步鉴定为多疣壁虎的标本进行鉴定，探究广泛分布的多疣壁虎的遗传结构，并对部分壁虎属的系统发生关系进行探究。...; 蔡凤娜; 关键词：DNA条形码物种鉴定系统发育分析

豫西黑猪线粒体COXI基因的扩增和系统发生分析被引量：3: 2020年; 豫西黑猪作为一个极具发展潜力的地方品种,其种质资源面临着基因混杂的风险。通过对豫西黑猪的线粒体COXI基因进行PCR扩增、测序,并与其他22种不同猪种的COXI基因进行序列比对,采用最大似然法(ML法)和邻接法(NJ法)建立系统发育树,探究其与其他猪种之间的遗传变异及种系发育关系。结果表明,23个猪种该基因序列保守位点和变异位点分别占总位点的96.5%和3.5%,不同猪种间线粒体COXI基因的相似度均在96.5%以上。豫西黑猪线粒体COXI基因表现出明显A、T碱基偏好性。系统发育树和遗传距离结果显示,豫西黑猪种内遗传距离较近,并且与杜洛克猪的遗传距离较近,说明豫西黑猪与杜洛克猪之间存在基因混杂情况。; 周武杨又兵王阳阳王丽王丽邢沛和俊豪卞军平庞有志; 关键词：线粒体

地中海果蝇bHLH基因及昆虫ASC基因鉴定与系统发生分析: 碱性螺旋-环-螺旋(bHLH)蛋白组成了一个存在于真核生物中的转录因子超家族，在微小如酵母、大到如人类的生物中都有发现。它们在调控真核生物的神经发育、性别决定、肌肉生成、细胞命运决定以及响应环境信号等发育过程中发挥重要作...; Nana Adwoa Nkuma Johnson; 关键词：进化关系昆虫

吸虫类线粒体基因组的特征及系统发生分析被引量：1: 2019年; 本研究分析了吸虫纲下单殖亚纲的13个物种和复殖亚纲的37个物种,共50个物种的线粒体全基因组序列,旨在揭示吸虫类线粒体基因组的主要基本特征,探究吸虫纲物种的系统发生关系。吸虫类的线粒体基因组具有明显的A+T含量偏向性。吸虫类的12个蛋白质编码基因和两个核糖体RNA基因的变异程度很大,其变异比例在48.8%到92.0%之间。根据线粒体基因组的12个蛋白质编码基因和两个核糖体RNA基因的差异位点分析,建议采用ND5、CYTB和ND4基因作为16S、12S和COⅠ基因的辅助分子标记。吸虫类各物种的线粒体基因组出现了大量的基因重排现象,除鸮形目裂体科和多后盘目外,其余物种均遵循类似的基因排列顺序。线粒体基因组的系统发育结果强烈支持将单殖亚纲提升到单殖纲,并支持将目前分类地位未定的腹盘科野牛平腹吸虫归入斜睾目同盘总科。本研究将为吸虫类线粒体基因组的研究、分子进化和分子诊断等方面提供诸多信息,并在今后的实践应用中起到一定的指导作用。; 许姝歆聂宗恒白俊王一帆朱春潮卓玛央金王洪举刘彩马兵成石林波张小燕洪芬芳闵卫平汪雁汪雁邹节新; 关键词：吸虫线粒体基因组系统发育

三种蛾类线粒体基因组及双孔次目（鳞翅目：有喙亚目）相关类群的系统发生分析: 双孔次目是鳞翅目、有喙亚目下的一个全变态昆虫类群,全世界已知种类超过157 000多种,包括全部的蝶类和大多数的蛾类,占全部鳞翅目种类的99%左右。该类昆虫分布十分广泛,与人类的生产和生活活动密切相关,在自然生态系统中占...; 王子慧; 关键词：斑蛾总科夜蛾总科线粒体基因组系统发生关系

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