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2022—2023年新疆甲型H3N2流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因特征分析: 2024年; 目的分析新疆2022—2023年甲型H3N2流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因进化特征,为流感防控提供科学依据。方法从新疆15家国家级流感监测网络实验室分离上送的甲型H3N2流感毒株中随机选取15株,用二代测序技术进行HA和NA基因组序列测定,用Mega X和BioEdit软件进行基因序列特征及同源性分析。结果15株甲型H3N2流感病毒HA和NA基因序列与世界卫生组织推荐疫苗株A/Darwin/9/2021相比,核苷酸同源性为98.2%~98.4%、99.3%~99.4%,氨基酸同源性为97.8%~98.0%、99.3%~99.5%;系统进化树分析表明,甲型H3N2流感毒株与疫苗株有较高的亲缘关系,共同归属于3C.2al分支。所有分离株HA基因共涉及8个氨基酸突变位点,仅I156K(15/15)涉及HA蛋白的B区,N138D(12/15)发生在受体结合位点130环,其余6个均为非关键位点的改变;NA基因共发生3个氨基酸位点突变,但均不属于已报道的与耐药相关的关键性突变位点。结论2022—2023年新疆甲型H3N2流感病毒株的HA和NA基因与世界卫生组织当年推荐的疫苗株亲缘关系较近,未出现抗原漂移和耐药毒株。; 陈媛张璇李泉希尼格德力·阿力腾赛尔米日扎提·努尔买买提马鑫; 关键词：血凝素神经氨酸酶基因

西安市2019—2023年分离的乙型Victoria系流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因特征分析: 2024年; 目的了解西安市2019—2023年分离的乙型Victoria系流感病毒(BV)血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)的基因特性和遗传进化特征。方法收集西安市流感监测网络实验室2019—2023年分离的BV毒株25株,利用MiniSeq高通量测序平台对HA和NA基因进行测序;利用生物信息学软件构建进化树,分析同源性及变异位点,在线预测N-糖基化位点;通过血凝抑制试验分析毒株的抗原性。结果西安市2019—2023年BV型流感呈季节性传播,流行高峰集中在冬春季。HA基因进化分析结果显示,西安市2019年毒株属于V1A.3分支,2021—2023年毒株属于V1A.3a.2分支。抗原位点分析显示,2021—2022年BV毒株HA蛋白与2019年相比有3个抗原决定簇的6个位点发生变异,2023年HA蛋白与2021—2022年相比变化了1个抗原决定簇的2个位点。2019年西安市BV毒株NA基因进化上属于A.1.1分支,到2021和2022年进化为A.1.2分支,2023年又进化为B分支及其衍生株,所有毒株均未发生NA抑制剂相关耐药位点变异。抗原分析结果显示西安市BV毒株多为疫苗组分株的类似株。糖基化分析结果显示2021—2023年毒株HA蛋白潜在糖基化位点比2019年毒株少1个,而NA蛋白的潜在糖基化位点仅有2023年个别毒株发生改变。结论2019—2023年西安市BV毒株HA和NA基因在不断发生变异,进化成新的分支。自2021年起V1A.3a.2成为HA基因优势进化分支,而2019—2023年NA基因进化分支不断改变。; 邓杨妮张鹏杨玉捷韩月雯段媛媛李淑玲黄银娟魏嘉宁张晔吴瑞陈海龙; 关键词：乙型流感病毒血凝素神经氨酸酶遗传进化分析

云南省2022年3株H5N6禽流感病毒的分离鉴定及其血凝素和神经氨酸酶基因特征分析: 2024年; 目的对活禽市场环境中检出的3份H5N6亚型禽流感病毒(avian influenza virus,AIV)标本进行测序鉴定和基因特征分析,为预防人感染H5N6亚型AIV提供依据。方法通过实时荧光定量PCR确定病毒型别,采用二代测序方法对病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因序列进行测序。使用NCBI中BLAST模块进行比对,用Mega7.0软件构建进化树并进行基因特征分析。结果3份H5亚型阳性标本经测序鉴定为H5N6亚型AIV,属于Clade2.3.4.4支系。病毒的HA蛋白存在6个连续碱性氨基酸(LRERRRKRGL,其中R,K为碱性氨基酸);病毒HA蛋白的受体结合位点238~240位氨基酸是QRG(氨基酸排序以H3-HA为准),受体特征为禽源;NA蛋白第69~73位点氨基酸未出现茎缺失。结论环境中3份H5亚型AIV核酸阳性病毒鉴定为新型H5N6亚型AIV,属于高致病AIV,但具有不容易感染人的受体结合特征。活禽市场中持续存在H5N6病毒,对人类健康和公共卫生存在威胁,需要继续加强监测。; 刘照生周洁楠伏晓庆赵晓南陈瑶瑶孙艳红韩晓宇叶芯妤张美玲; 关键词：活禽市场禽流感病毒

云南省2019年人感染H9N2禽流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因序列分析被引量：2: 2023年; 目的了解云南省2019年人感染H9N2禽流感病毒(avian influenza virus, AIV)分子特征,为云南省人禽流感防控提供科学依据。方法通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription polymerase chain reaction, real-time RT-PCR)方法对2例流感样病例标本进行流感病毒分型检测,应用Illumina Miseq高通量测序仪进行病毒基因组序列测定,使用Mega7.0软件进行血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因序列比对和进化树构建。结果 Real-time RT-PCR检测结果显示2例流感样病例标本为H9N2亚型阳性,通过基因组序列测定,获得2份标本的HA和NA全长。序列系统进化分析表明2株AIV HA和NA均与A/Chicken/Zhejiang/HJ/2007在同一进化分支中,属于G57型。2株AIV HA核苷酸和氨基酸同源性分别为93.92%和95.00%,NA核苷酸和氨基酸同源性分别为93.31%和82.03%,与2015—2020年国内获得的人感染H9N2流行株的HA核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.29%~96.94%(93.77%~98.43%)、92.84%~94.92%(94.18%~96.23%),NA核苷酸(氨基酸)同源性分别为91.81%~97.60%(77.82%~94.83%)、94.38%~97.22%(85.47%~94.55%)。2株AIV HA蛋白裂解位点序均为PSRSSR↓GLF,符合低致病性禽流感的特征,HA蛋白受体结合位点分析显示,109、161、163、191、202、203、234位氨基酸与参考株保持一致,而198位氨基酸突变为T。HA蛋白上还发现N166D和168N突变,两株AIV均具有7个潜在糖基化位点。NA基因红细胞结合位点分析发现369、402、403、432处存在氨基酸变异,NA基因均表现为63~65位氨基酸缺失,2株AIV分别存在4个和5个潜在糖基化位点,未发现耐药位点突变。结论云南省H9N2 AIV的HA和NA基因上受体结合位点、红细胞结合位点和糖基化位点都有不同程度的变异,应加强监测与防控。; 陈瑶瑶杨映芳孙艳红刘照生周洁楠; 关键词：血凝素神经氨酸酶

河南省急性呼吸道感染病例人副流感病毒3型血凝素-神经氨酸酶基因特征分析: 2023年; 目的了解河南省急性呼吸道感染(ARI)病例中人副流感病毒3型(HPIV3)血凝素-神经氨酸酶(HN)的基因特征。方法对河南省漯河市采集的严重急性呼吸道感染(SARI)病例标本和郑州市采集的流感样病例(ILI)标本进行人副流感病毒(HPIVs)核酸检测, HPIV3检测阳性标本使用RT-PCR法进行HN基因扩增并测序, 使用CExpress以及MEGA7.0软件进行序列编辑、进化树构建和基因特征分析。结果漯河市和郑州市共采集ARI咽拭子标本374份, 其中HPIV3核酸检测阳性标本20份(5.3%), 对阳性标本进行靶基因扩增后获得18条序列, 经分析全部为C3亚群, 其中有16条序列为C3f基因型, 有2条序列为C3a基因型。18株HPIV3的HN基因序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~100.0%和99.3%~100.0%, 与原株型Wash/47885/57相比差异较大, 发生了12处共同的氨基酸突变, 其中H295Y、I391V、D556N和I53T是功能相关突变位点。与流行株China/BCH4210A/2014相比同源性较高, 未发生共同的氨基酸突变, 未发现新的功能相关突变位点。结论河南省近年流行的HPIV3为C3亚型的C3f和C3a分支, 可能建立了本土循环流行。应对HPIV3的C3亚型进行持续深入的监测, 为防控HPIV3相关疾病提供科学依据。; 僧明华赵升杨凯朝胡乃月张智博徐瑾郭永豪; 关键词：急性呼吸道感染基因特征

济宁市2017-2020年流感流行季甲型H3N2流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因特征被引量：11: 2022年; 目的了解济宁市甲型H3N2流感病毒流行株血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因特征。方法于2017-2020年流感流行季在济宁市2家流感监测哨点医院和流感聚集疫情中选取流感样疾病(ILI)病例咽拭子标本中分离获得的19株甲型H3N2流感病毒,分析HA和NA基因序列同源性、HA基因进化特征、HA和NA基因位点的氨基酸差异。结果济宁市2017-2020年流感流行季ILI病例中甲型H3N2流感病毒检测阳性率为4.77%(218/4575),检测阳性数占流感病毒检测总阳性数的25.89%(218/842)。19株甲型H3N2流感病毒之间HA和NA氨基酸同源性分别为97.7%-100%和98.6%-99.5%,平均遗传距离分别为0.009和0.008。HA基因进化树显示,19株分离株均属3C.2a1b分支,与疫苗代表株A/Kansas/14/2017的亲缘性较远。与该疫苗代表株相比,分离株HA的33个位点存在氨基酸差异,包括10个抗原表位位点、4个受体结合位点、3个糖基化位点、1个潜在类泛素蛋白修饰分子化修饰位点和1个潜在泛素化修饰位点;NA的27个位点存在氨基酸差异,但NA的酶活性催化位点、耐药位点和糖基化位点均无氨基酸差异。结论济宁市2017-2020年流感流行季甲型H3N2流感病毒可能发生了抗原漂移;需加强甲型H3N2流感监测,为疫苗株筛选提供依据。; 韩淑琪王胜男王玉宁江亚娟焦伯延; 关键词：血凝素神经氨酸酶基因特征

青岛市急性呼吸道感染儿童中人副流感病毒3型血凝素-神经氨酸酶基因特征分析被引量：6: 2022年; 探讨山东省青岛市地区急性呼吸道感染患儿人副流感病毒3型(HPIV-3)的感染情况,并分析HPIV-3血凝素-神经氨酸酶蛋白(HN)基因特征。本研究为横断面研究,青岛市妇女儿童医院、青岛大学附属医院西海岸院区及崂山院区在2018年1月至2019年12月期间,每月随机采集急性呼吸道感染(ARTI)儿科患者的咽拭子样本,总共1674份,采用多重实时荧光逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,筛查HPIV-3阳性样本。采用巢式PCR方法扩增HPIV-3阳性样本HN全长基因并进行序列测定,序列结果与GenBank中HPIV-3的代表株进行对比分析,建立系统进化树。结果显示,1674份咽拭子样本中,HPIV-3阳性有90份,检出率为5.37%,其中,6岁以下儿童占97.78%(88份)。HPIV-3阳性病例主要分布在春季和夏季。通过巢式PCR方法扩增得到44株HPIV-3 HN基因全长序列,序列比对及进化分析表明,HPIV-3 HN基因属于C3基因亚型的C3a和C3b分支,其中,C3a亚型有30株,C3b亚型有14株。44株青岛分离株之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.0%~100.0%和98.5%~100.0%。综上,2018至2019年间,HPIV-3 C3基因型的C3a和C3b分支在山东省青岛市地区循环流行,其HN基因型变异较小,进化上具有一定的地域特征。; 郝康宇刘子然宫金伶孙睿张凤王文静高嘉禾汪照国; 关键词：呼吸道感染系统进化分析

宁夏H3N2流感病毒神经氨酸酶基因变异和耐药分析被引量：1: 2021年; 目的了解宁夏2020年流感病原学检测情况,分析H3N2流感病毒神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因特征及对奥斯他韦和扎那米韦的药物敏感性。方法采集2020年宁夏9家国家级流感监测哨点医院流感样病例标本,采用real time RT-PCR方法进行核酸检测,阳性标本用狗肾细胞(MDCK)进行病毒分离;分离的H3N2流感毒株进行NA基因序列测定,利用生物信息软件对测序结果进行比对,分析变异和耐药位点;通过神经氨酸酶抑制(NAI)实验,分析H3N2流感病毒耐药情况。结果2020年宁夏采集咽拭子标本共6479份,核酸检测阳性数为273份,阳性率为4.21%,其中H3N2流感阳性数为178份,占总阳性数的65.20%,分离H3N2流感毒株26株。H3N2流感毒株NA蛋白酶活性中心及周围相关位点未发生变异;与疫苗株A/Kansas/14/2017(H3N2)比较,A/Ningxia-Yuanzhou/1116/2020(H3N2)和A/Ningxia-Yuanzhou/133/2020(H3N2)毒株发生T329N、N339D变异,增加1个潜在糖基化位点NDS329~331;其余24株NA蛋白抗原决定簇位点发生T329S变异,潜在糖基化位点与疫苗株一致共有8个;二硫键未发生变异。26株H3N2流感毒株间的NA基因核苷酸同源性为98.7%~100%,与疫苗株A/Kansas/14/2017(H3N2)的核苷酸同源性为98.1%~98.9%,宁夏毒株属3C.2a.1分支。26株H3N2流感毒株NA蛋白耐药位点未发生变异。26株对奥斯他韦敏的IC50值均<13.05;对扎那米韦的IC50值均<2.488。结论宁夏2020年流感优势毒株为H3N2流感毒株。NA蛋白序列发生了不同程度的变异。宁夏H3N2流感病毒对奥斯他韦和扎那米韦均敏感,可以继续使用此类药物进行H3N2流感病毒感染患者的临床治疗。; 孙晓强张薇温秋芳马学旻杨东智曹慜; 关键词：H3N2 流感病毒神经氨酸酶基因变异耐药分析

河南省2019~2020年H3N2亚型流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因特征分析被引量：5: 2021年; 目的:分析河南省2019~2020年H3N2亚型流感病毒的血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子进化特征,为流感防控提供科学依据。方法:对河南省2019~2020年H3N2亚型流感病毒核酸检测阳性的流感样病例(ILI)咽拭子标本进行病毒分离,对分离到的22株H3N2型流感病毒株进行HA和NA基因测序,使用生物信息学软件分析其分子特征。结果:河南省H3N2亚型流感病毒分离株的HA基因和NA基因与当年度推荐疫苗株的核苷酸同源性分别为96.6%~96.8%、98.1%~98.6%。HA和NA进化树分析显示,22株分离株属于3C.2a1b分支,虽与当年推荐疫苗株同属于3C.2a分支,但差异较大。HA基因共发生32处氨基酸突变,涉及A、B、E共3个抗原决定簇的4个氨基酸位点变异和2个病毒特异性识别受体结合位点变异。NA基因共发生21处氨基酸突变,其中共同突变8处,未发现耐药位点突变。潜在N-糖基化位点预测结果显示,HA基因在142NWT、149NGT、174NYT位点存在缺失或增加,NA基因在329NDS位点存在缺失。结论:2019~2020年河南省H3N2亚型流感病毒株的HA基因和NA基因与当年推荐的疫苗株存在较大差异,出现了抗原漂移。; 僧明华杨凯朝王文慧赵升徐瑾; 关键词：血凝素神经氨酸酶

中国大陆地区2013-2019年H7N9禽流感病毒神经氨酸酶基因特征分析: 2020年; 分析中国大陆地区2013-2019年H7N9禽流感神经氨酸酶(NA)基因分子流行和遗传规律,为人感染H7N9禽流感防治提供科学依据。本研究从全球共享禽流感数据倡议组织(GISAID)数据库获得2013-2019年中国大陆地区人感染H7N9禽流感NA全长核苷酸序列。用MEGA7.0软件构建进化树,对NA基因同源性、糖基化位点和耐药位点变异进行分析,共获得1172条序列,其主要分布于五波疫情的毒株中。其中第五波疫情毒株数最多,占总数的34.27%,分布于大陆地区26个省份(自治区,直辖市)。1172份毒株NA基因在系统发育树上聚集为长江三角洲谱系和珠江三角洲谱系。同源性分析显示,2013年疫苗株与随后几年流行株匹配度越来越低,而2016年疫苗株匹配度也呈下降趋势。1167份毒株NA基因均缺失69~73 QISNT序列;与疫苗株相比,NA 5个糖基化位点因突变而消失;在6个耐药位点中均能检测到突变毒株。耐药位点中R292K替换频率最高,这种突变在第一至三波疫情中已出现,而在第五波疫情中数量增加明显。与前四波相比,在第五波疫情毒株中NA有更多的糖基化位点和耐药位点发生突变,这表明我国第五波H7N9病毒NA遗传多样性更广,变异频率更高,可能是第五波疫情感染人数增加、药物治疗效果降低的原因之一。; 范云燕欧嵩凤汤洪洋陈敏玫康宁; 关键词：神经氨酸酶基因

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