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一种评估SKAP基因甲基化状态的焦磷酸测序的引物、试剂盒以及方法
本发明涉及一种评估SKAP基因甲基化状态的焦磷酸测序的引物、试剂盒以及方法,包括以下步骤:(1)DNA样本处理;(2)DNA样本亚硫酸盐处理;(3)SKAP基因PCR及焦磷酸测序引物设计;(4)PCR扩增;(5)焦磷酸测...
秦波王发展田美玲闫丹杨阳赵贤肖靖
基于术前IVIM影像组学预测老年胶质瘤MGMT甲基化状态
2025年
目的本研究采用机器学习算法,探讨体素内不相干运动(intravoxel incoherent motion,IVIM)对老年胶质瘤患者O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(O6-methylguanine-DNA methyltransferase,MGMT)启动子甲基化状态的预测价值。方法回顾性分析39例经病理确诊的老年胶质瘤病例。通过3D slicer软件在真实扩散系数(true diffusion coefficient,D)参数图上勾画肿瘤感兴趣区,使用Python从D、快扩散系数(pseudo-diffusion coefficient,D*)、灌注分数(perfusion fraction,f)图中分别提取影像组学特征,用F-test和最小绝对收缩和选择算子法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)对影像组学特征降维和筛选。分别采用8个机器学习算法构建单个弥散指标模型和联合模型,对老年胶质瘤MGMT启动子甲基化状态进行预测。使用留一验证法(leave-one-out cross-validation,LOOCV),通过平衡准确率(balanced accuracy,BA)、召回率(recall,REC)、精确率(precision,PRE)、F1分数(F1 score,F1)和受试者工作特征曲线下面积(area under the receiver operating characteristic curve,AUC)评价各模型的诊断效能。结果对于老年胶质瘤患者MGMT启动子甲基化状态的预测,性能最佳的机器学习算法为朴素贝叶斯(naive bayes,NB)(AUC均达0.850以上)。基于NB算法构建的IVIM预测模型中,D的预测效能最高(BA:0.841,REC:0.870;PRE:0.870;F1:0.870;AUC:0.902)。结论基于术前IVIM影像组学的机器学习模型可有效预测老年胶质瘤患者MGMT启动子甲基化状态
孙联稀杨一风李佳津杜宁芳阳丹萍方旭昊唐枫邓尧叶瑶毛仁玲傅彩霞李仕红林光武
关键词:老年胶质瘤O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶
一种能够识别单碱基甲基化状态的检测方法
本文提供了一种能够识别单碱基甲基化状态的检测方法,包括:1)利用所述样品中DNA分子构建DNA文库,经转化后获得甲基化文库;2)对所述甲基化文库进行杂交捕获,以构建靶向甲基化文库;以及3)对所述靶向甲基化文库进行测序,并...
余丽萍储俊东吴强
用于检测BRCA1基因启动子区域甲基化状态的组合物及其用途
本申请提供了一种用于体外检测BRCA1基因启动子区域甲基化状态或体外检测BRCA1基因启动子区域甲基化导致的癌症的组合物及其用途,所述组合物包括:用于检测BRCA1基因启动子区域甲基化状态的核酸。本申请还提供了包括所述组...
古双臻汪亚林吴振
用于检测前列腺癌EV DNA中GSTP1启动子甲基化状态的试剂组合、试剂盒
本发明涉及通过PCR检测GSTP1启动子甲基化程度,具体涉及一种用于检测前列腺癌EV DNA中GSTP1启动子甲基化程度的试剂组合、试剂盒,用于解决用于前列腺癌检测的PSA对前列腺癌组织特异性差,难以鉴别良性病变和肿瘤病...
丁汀刁艳君郝晓柯
同时检测SEPT9、SDC2、SFRP2和RNF180甲基化状态的试剂组合、试剂盒及方法
本发明提供了一种同时检测SEPT9、SDC2、SFRP2和RNF180甲基化状态的试剂组合、试剂盒及方法,属于生物检测技术领域。所述的试剂组合包括SEQ ID NO.1‑17所示的引物、SEQ ID NO.18‑30所示...
黄丽婷
一种检测MGMT甲基化状态的检测体系及其应用
本发明公开了一种检测MGMT甲基化状态的引物探针组,含有核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的MGMT‑ms‑F引物、SEQ ID NO:2所示的MGMT‑ms‑R引物和SEQ ID NO:3所示的MGMT‑ms‑P探...
张晓妮沈焕明许明炎林婵周仲春
循环肿瘤DNA甲基化状态在胃癌筛查和诊治中的研究进展
2024年
循环肿瘤DNA是由肿瘤或循环肿瘤细胞释放的游离DNA,含有大量的肿瘤特征信息,这些特征可作为癌症早筛、监测、预后及预测治疗反应的生物标记物。目前还没有优质的筛查、监测及预测方法的胃癌领域极具吸引力。胃癌具有极大的肿瘤异质性,不同的胃癌亚组遗传特征和表观遗传特征差异性大,甲基化循环肿瘤DNA的敏感性和特异性高,有助于明确肿瘤基因分型,便于制定精确的诊治策略。此外,大量研究也证实了甲基化DNA在预测治疗反应、辅助治疗及耐药性评估上具有独特优势,在未来可以用于增强化疗方案的疗效和改善患者的化疗反应,甚至治疗多药耐药等。但甲基化循环肿瘤DNA也面临着诸多问题,如在单靶点的敏感性和特异性不高,部分胃癌亚型与循环肿瘤DNA关联有限、有脱靶风险、大样本及高质量临床研究证据缺乏等不足。本综述主要总结了目前对胃癌循环肿瘤DNA甲基化状态的研究,并将这些发现与胃癌早筛、复发监测和潜在的治疗机会联系起来,随着技术的进步和医工交叉研究的深入,循环肿瘤DNA检测将揭示更多疾病信息,成为胃癌领域和精准医学治疗的重要基础。
曹钦兴严力侯能易陈锦锋余松陆河江旦真甲庞明辉
关键词:胃肿瘤DNA甲基化生物标志物早期筛查
MRI影像组学无创预测脑胶质母细胞瘤MGMT启动子甲基化状态的价值被引量:1
2024年
目的:探讨MRI影像组学模型术前预测脑胶质母细胞瘤(GBM)O 6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶启动子甲基化(MGMT-PM)状态的价值。方法:回顾性分析2018年1月-2021年10月在本院经病理证实的130例脑GBM患者的临床资料和MRI图像(ADC和对比增强3D-T 1WI)。其中,MGMT-PM阳性组(PM率≥8%)58例,MGMT-PM阴性组(PM率<8%)72例。按7:3的比例将所有患者随机分为训练集(91例)和验证集(39例)。由2位放射科医师独立在ADC和CE-3D-T 1WI图像上逐层勾画ROI,获得病灶的全域容积感兴趣区(VOI),分别提取851个组学特征。然后,采用最小绝对收缩和选择算法(LASSO)进行特征降维,将保留下来的特征与其对应的系数进行线性组合,构建影像组学模型并计算每例患者的影像组学评分(Radscore),得到Radscore ADC、Radscore CE-T 1WI和Radscore联合三组评分。采用ROC曲线评估各组学模型的诊断效能,将最优模型的Radscore和临床特征(年龄、性别)纳入logistic回归分析构建预测MGMT-PM状态的临床-组学综合模型,并绘制其诺模图。采用ROC曲线评价综合模型的预测效能,并采用校准曲线和决策曲线分别评估此模型的校准度和临床实用价值。结果:在训练集中,Radscore联合预测MGMT-PM状态的AUC为0.872,优于单一序列(Radscore ADC:AUC=0.798,P<0.05;Radscore CE-T 1WI:AUC=0.840,P<0.05);在验证集中得到了一致的结论。在影像组学模型中加入临床特征后,可提高预测效能,临床-组学综合模型的AUC、敏感度和特异度分别为0.904、92.50%和78.43%。校准曲线显示临床-组学综合预测模型在训练集和验证集中预测概率与实际概率之间的差异均无统计学意义(P=0.051、0.284)。决策曲线分析表明综合预测模型具有一定的临床实用价值。结论:MRI影像组学模型有助于术前无创性预测GBM的MGMT启动子甲基化状态,多序列结合及引入临床特征能提高模型的预测效能。
马千昂卢俊董亚锋曲金荣
关键词:胶质母细胞瘤
基于Septin9基因甲基化状态的结直肠腺瘤转录组分析及中医证型分布规律研究
目的:(1)对不同Septin9基因甲基化(mSEPT9)状态下的结直肠腺瘤(CRA)及瘤旁正常组织进行转录组测序,筛选出mSEPT9阴性CRA的潜在生物标志物,用于联合mSEPT9检测提高CRA的检出率。(2)对CRA...
郭家敏
关键词:结直肠腺瘤生物标志物中医证型

相关作者

郭炜
作品数:209被引量:524H指数:10
供职机构:中国石油天然气集团公司
研究主题:贲门腺癌 食管鳞状细胞癌 甲基化状态 甲基化 DNA甲基化
董稚明
作品数:186被引量:368H指数:8
供职机构:河北医科大学第四医院
研究主题:贲门腺癌 甲基化状态 食管鳞状细胞癌 甲基化 DNA甲基化
郭艳丽
作品数:104被引量:197H指数:6
供职机构:河北医科大学第四医院
研究主题:贲门腺癌 甲基化状态 食管鳞状细胞癌 甲基化 DNA甲基化
邝钢
作品数:103被引量:242H指数:8
供职机构:河北医科大学第四医院
研究主题:贲门腺癌 甲基化状态 食管鳞状细胞癌 甲基化 DNA甲基化
杨植彬
作品数:70被引量:119H指数:6
供职机构:河北医科大学第四医院
研究主题:贲门腺癌 甲基化状态 甲基化 DNA甲基化 食管鳞状细胞癌