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一种预测培养微生物个体代谢能力的方法和系统
本发明涉及生物信息技术领域,涉及一种预测培养微生物个体代谢能力的方法和系统,通过获取待分析物的宏基因组序列;从所述宏基因组序列中提取出培养微生物组装基因组;对所述培养微生物组装基因组进行系统发育分析,得到分析结果;...
邹伟闫裕峰申瑾夏瑶瑶郎繁繁杨凌凌
中国传统发酵食品发酵系统中的培养微生物研究进展被引量:6
2023年
中国传统发酵食品历史悠久,因其丰富的营养和独特的风味深受人们喜爱。在传统发酵食品的发酵过程中,微生物承担着重要角色,对发酵食品的风味和品质有重要影响。然而,中国传统发酵食品发酵系统中的大部分微生物仍处在尚不可培养或难培养状态。该文介绍了自然界中的培养微生物、传统发酵食品发酵系统中的培养微生物以及培养微生物的研究方法,展望了传统发酵食品发酵系统中培养微生物的开发利用途径。旨在更加全面地了解中国传统发酵食品发酵系统中的微生物多样性及其培养微生物,以期达到对培养微生物更好地开发利用,促进中国传统发酵食品发展。
王镓璇郝淑月任清
关键词:未培养微生物微生物多样性
深海冷泉培养微生物培养及一株海绵杆菌感光机制和代谢产物研究
深海是地球最大的独立生态系统,拥有着特殊的地质结构,比如冷泉环境的上涌烷烃渗漏现象等,这些独特的环境条件孕育了丰富的微生物和遗传的多样性。但是受限于采样和培养难度,不可培养的深海微生物高达99%以上,绝大多数的古菌和细菌...
单业奇
关键词:未培养微生物
环境培养微生物中新型抗生素的发掘研究进展被引量:3
2022年
抗生素耐药基因的快速扩散和传播导致现有抗生素对耐药致病菌的疗效降低甚至失效,因此迫切需要开发新型抗生素。然而,利用经典的筛选可培养微生物的方法已难以获得新型抗生素。同时,新型抗生素的发掘不仅能为对抗耐药致病菌提供解决方案,还能为挖掘其他天然产物并构建微生物细胞工厂提供理论依据和实践指导。微生物组学和合成生物学的发展为新型抗生素发现提供了新的思路。本文对应用微生物组学解析多种环境培养微生物及其抗生素合成基因,挖掘特定环境中的新型抗生素合成基因簇,利用合成生物学设计、构建、测试和学习的循环方法在模式微生物中表征新型抗生素合成基因簇等方面的研究进展进行了综述,并进一步展望了微生物组学和合成生物学在新型抗生素发掘方面的作用。
杜瑞王梦歌彭金金戢博阳纪晓俊魏勇军
关键词:合成生物学新型抗生素宏基因组学
口腔培养微生物分离培养策略的研究进展被引量:2
2021年
口腔微生物是人体微生物组的重要组成部分,其群落组成丰富且独特。现有研究显示,口腔微生物与龋病、牙周炎等口腔健康问题有直接的联系,因而具有重要的研究价值。随着高通量测序技术的发展,人们对口腔中培养微生物多样性的认识不断加深,这进一步催生对微生物分离培养技术需求的增加。为此,本文将围绕口腔培养微生物及其分离培养策略的研究进展,首先介绍口腔中培养微生物的研究现状;其次分析口腔微生物分离培养中可能的限制因素;最后综述微生物分离培养技术发展及其在口腔培养微生物研究中的应用。全文旨在为口腔培养微生物的分离培养提供思路和技术参考。
房凌旭李龙卢中一李猛
环境培养微生物中新型抗生素的发掘研究进展
抗生素耐药基因的快速扩散和传播导致现有抗生素对耐药致病菌的疗效降低甚至失效,因此迫切需要开 发新型抗生素。然而,利用经典的筛选可培养微生物的方法已难以获得新型抗生素。同时,新型抗生素的发掘不 仅能为对抗耐药致病菌提供解决...
杜瑞王梦歌彭金金戢博阳纪晓俊魏勇军
关键词:合成生物学新型抗生素宏基因组学
一种开发培养微生物功能基因的方法:以黄河兰州段西固工业区土壤微生物群落为例
目前,微生物功能基因已广泛应用于研究、医疗、工业领域,而这些基本都来自可培养微生物。环境中培养微生物超过99%,它们的基因资源尚得到有效开发。在本项研究中,我们开发了通过比较宏转录组学和基因组学来挖掘培养微生物功...
裴亚欣
关键词:未培养微生物功能基因基因挖掘
白酒酿造窖泥培养微生物菌群的可培养化策略被引量:8
2020年
窖泥是厌氧微生物的重要栖息地,厌氧微生物菌群的代谢活动对浓香型白酒的香气和风味形成起着重要作用。但大多数窖泥厌氧微生物能在人工实验室培养条件下培养,这严重阻碍了对窖泥厌氧菌群功能的解析。采用CGM、NBM和MCI三种营养成分丰富度不同的培养基,以典型窖泥作为菌群接种源,探索富集菌群的种类与动力学变化。扩增子测序分析表明,寡营养的MCI培养基对于富集窖泥主体菌群是较为有效的,可以同时富集得到产甲烷菌群和细菌菌群,主要包括古菌的广古菌门(Euyarchaeota)、细菌的拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)。使用基于MCI培养基的寡营养技术能有效富集窖泥中高丰度和低丰度厌氧菌,如普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)、理研菌科(Rikenellaceae)、Dysgonomonadaceae、太阳杆菌科(Heliobacteriaceae)、瘤胃菌科(Ruminococcaceae)和甲烷八叠球菌科(Methanosarcinaceae)等;同时对扩增子测序无法检测的稀有微生物,包括甲烷鬃菌科(Methanosaetaceae)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、Oligosphaeraceae、Cloacimonadaceae、纤维杆菌科(Fibrobacteraceae)和Pedosphaeraceae等也具有良好的富集作用。结合宏基因组学技术,寡培养技术展现出在解析窖泥微生物菌群的物种组成、菌群结构和代谢潜能等方面的重要价值,为深入剖析窖泥培养厌氧菌对窖泥依赖型白酒风味物质合成贡献起到重要作用。
卢萌萌任聪聂尧聂尧
关键词:浓香型白酒窖泥菌群宏基因组学
亚热带山区土壤培养微生物L-赖氨酸脱羧酶Ldc1E中关键氨基酸残基的功能鉴定
2020年
本研究旨在探讨L-赖氨酸脱羧酶Ldc1E关键氨基酸在底物识别和催化过程中的作用;通过生物信息学方法选择突变位点,并利用直接定点突变技术,完成了6个关键氨基酸残基突变和功能鉴定研究。突变酶D692N最适温度和pH值分别为40℃和6.5。突变酶D692N比野生型Ldc1E对高温具有更强的耐受性,在40℃~55℃温浴1 h后剩余酶活力达到35%以上,在60℃温浴1 h后仍然保留20%的酶活力;而野生型酶Ldc1E在50℃以上温浴1 h后几乎失活。此外,50 mmol/L DMSO、5 mmol/L Al3+和Ca2+对突变酶的酶活力有激活作用,而Al3+对野生型酶Ldc1E具有明显抑制作用。突变酶D692N的分子动力学常数Km升高了1.78倍,kcat下降了20.2倍。突变酶S221A、H245A、D330A、H366A、F607Y经检测酶催化活性丧失。研究结果表明氨基酸残基位点D692对酶与底物的结合具有重要影响;而S221、H245、D330、H366、F607是Ldc1E酶活性能够体现的关键氨基酸位点,不可替换。本研究为探究L-赖氨酸脱羧酶的结构与功能关系提供理论参考。
徐悦邓洁莫雪艳欧倩武波蒋承建
关键词:定点突变同源建模分子对接
培养微生物研究:方法、机遇与挑战被引量:12
2018年
自然界中绝大部分的微生物仍是培养的,称之为培养微生物微生物"暗物质"。对其进行研究不仅有助于认识微生物多样性及其代谢特征,加深对环境中微生物参与的生态学过程的理解,还有利于重构生命之树,揭示微生物的进化历程,具有重要的科学意义。同时培养微生物是发现新基因资源和新活性物质的巨大宝库。随着现代分子生物学研究方法和培养技术的成熟和完善,从环境中直接破译培养微生物的遗传信息,并实现培养逐渐成为可能。本文主要介绍了基于宏基因组技术和单细胞基因组技术或两者结合运用,研究环境中培养微生物的主要方法和挑战,总结分析了目前已经解析的培养微生物的主要类群,并对来研究的机遇进行了展望。
周恩民李文均
关键词:未培养微生物宏基因组

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肖亚中
作品数:208被引量:732H指数:15
供职机构:安徽大学
研究主题:漆酶 菌株 突变体 真菌漆酶 Β-葡萄糖苷酶
张学成
作品数:65被引量:36H指数:3
供职机构:安徽大学
研究主题:突变体 菌株 漆酶 灰盖鬼伞 Β-葡萄糖苷酶
冯家勋
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研究主题:氨基酸残基 编码基因 纤维素酶 基因 纤维素酶基因
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研究主题:漆酶 突变体 菌株 Β-葡萄糖苷酶 编码基因
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研究主题:纤维素酶 氨基酸残基 编码基因 纤维素 蛋白质