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序列特异性引物在ABO血型单链测序中的应用
本发明涉及血型基因测序技术领域,尤其涉及序列特异性引物在ABO血型单链测序中的应用,该序列特异性引物包括上游引物和下游引物,该应用包括序列特异性引物在对A型血基因片段、B型血基因片段和O型血基因片段进行PCR扩增得到相应...
解金辉吴丽娜马蕾李双玉安仕萍原辉
基于时空转录技术的异源目标序列特异性富集方法及应用
本发明涉及时空转录组技术领域,尤其涉及一种基于时空转录技术的异源目标序列特异性富集方法及应用。本发明提供了一种基于时空转录技术的异源目标序列特异性富集方法及应用。在进行时空转录组分析的反应过程中,利用本发明提供的方法,在...
郑洪坤刘敏张梦龙刘晨阳
用于识别引起序列特异性错误(SSE)的序列图案的基于深度学习的框架
所公开的技术提出一种识别引起序列特异性错误(SSE)的序列图案的基于深度学习的框架。系统和方法以大规模变体数据训练变体滤波器以学习序列图案和虚假变体识别之间的因果相关性。所述变体滤波器具有分层结构,所述分层结构构建于深度...
D·卡什夫哈吉A·起亚K-H·法尔
用于识别引起序列特异性错误(SSE)的序列图案的基于深度学习的框架
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D·卡什夫哈吉A·起亚K-H·法尔
具有减少的序列特异性错误的工程化聚合酶
本文提供了古细菌聚合酶的工程化变体,相对于野生型聚合酶,所述工程化变体表现出核酸外切酶<Sup>‑</Sup>活性(exonuclease‑minus activity)、增强的热稳定性、增强的3'修饰的核苷酸的掺入、改...
J·布斯比-亨舍尔 T·洛佩兹 M·克莱因 V·萨德 M·克林格尔 M·阿姆布罗索
外泌体相关序列特异性DNA结合相关基因在肝细胞癌中的功能及差异表达分析
2024年
探究外泌体相关序列特异性DNA结合相关基因在肝细胞癌中的功能及其表达差异的原因。方法 在建立肝细胞癌小鼠模型后,采用RNA测序技术对肿瘤组织和健康对照组织进行了基因差异表达分析。基于NCBI核酸数据库中的外泌体相关基因,筛选出在两个样本组织中差异表达的外泌体相关序列特异性DNA结合相关基因。GO和KEGG富集分析其在肝细胞癌中的可能作用,并AS和SNV / INDEL分析其差异表达的原因。结果 在两类样本中,共有大量差异表达的外泌体相关基因,其中序列特异性DNA结合相关基因69个,它们参与了10个生物学程序,包括4个细胞组分和20个分子功能,同时还涉及3条KEGG通路。这些功能包括调节转录因子的活性、转录因子与DNA的结合、特异性DNA序列的识别、核心启动子附近序列特异性结合以及RNA聚合酶II启动子的转录调控。在调控RNA聚合酶II启动子转录和癌症转录失调过程中,起着至关重要的作用。在69个基因中,Myc和Klf4两个基因有AS事件,61个基因中发生了667个SNV/INDE事件,其中突变往往主要发生在外显子中。53个基因的SNV/INDE频率与其基因表达呈正相关。结论 大量外泌体相关基因在肝细胞癌中差异表达,且序列特异性DNA结合相关基因在肝细胞癌中可能转录因子活性,调控RNA聚合酶II启动子转录正调控等多种生物学过程。异常激活DNA转录,导致基因转录失调,从而促进肝细胞癌的发生和发展。AS和SNV/INDEL事件可能负责差异基因表达和转录调控。
唐丽珠李岳勇杨成亮唐玉莲李根亮
关键词:外泌体肝细胞癌
核酸序列特异性的靶标切割再连接滚环扩增方法
本发明公开了用于待测核酸环化或扩增或检测的试剂盒和应用。该试剂盒包括前端向导DNA、后端向导DNA、模板连接引物、Tth argonaute核酸内切酶和DNA连接酶。该试剂盒可用于ssDNA、dsDNA类型的样本核酸切割...
陈燕旌张岩边素莹张诚董镇赫李光辉周志雄
核酸序列特异性的靶标切割等温指数扩增方法
本发明公开了用于靶核酸片段扩增的试剂盒及其应用。该试剂盒包括正向gDNA、反向gDNA、正向扩增引物、反向扩增引物、Tthargonaute核酸内切酶和聚合酶,所述正向gDNA和所述反向gDNA特异性结合于靶核酸片段的相...
陈燕旌张岩边素莹张诚董镇赫李光辉周志雄
对乙肝病毒基因组中的识别序列特异性的工程化大范围核酸酶
本发明包括工程化大范围核酸酶,其识别并切割至少两种基因型的乙肝病毒(HBV)的基因组的开放阅读框(ORF)内的识别序列。本发明还包括在药物组合物中和用于治疗或减轻HBV感染症状或者治疗肝细胞癌(HCC)的方法中使用这些工...
D·扬茨J·J·史密斯
环状RNA AT富集序列特异性结合蛋白2对前列腺癌细胞恶性进展的影响
2024年
目的:探讨前列腺癌组织中环状RNA(circRNA)AT富集序列特异性结合蛋白2(SATB2)表达变化及其对前列腺癌细胞增殖、迁移和上皮-间充质转化的影响。方法:选取2020年6月到2023年河南大学第一附属医院收治的123例前列腺癌组织和对应的癌旁组织作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析前列腺癌和癌旁组织circRNA SATB2的表达水平。采用慢病毒感染人前列腺癌细胞PC-3构建circRNA SATB2敲低和对照稳定细胞系,采用克隆形成实验和噻唑蓝(MTT)实验分析两组细胞活力;采用划痕实验和Transwell实验分析两组细胞迁移和侵袭能力。生物信息学和双荧光素酶报告基因分析circRNA SATB2的靶基因;采用荧光定量PCR和蛋白质免疫印迹分析circRNA SATB2靶基因或蛋白表达水平。组间计量数据比较采用t检验。结果:癌旁组织中环状RNA SATB2表达水平(0.74±0.15)明显低于前列腺癌组织表达水平(1.57±0.26),差异有统计学意义(t=30.660,P<0.05)。环状RNA对照组细胞吸光度值(2.08±0.11)明显高于环状RNA SATB2 KD组细胞(1.64±0.09),差异有统计学意义(t=7.289,P<0.05)。环状RNA对照组细胞克隆形成率[(85.40±5.27)%]明显高于环状RNA SATB2 KD组细胞[(85.40±5.27)%],差异有统计学意义(t=10.370,P<0.05)。环状RNA对照组细胞克隆形成率[(85.40±5.27)%]明显高于环状RNA SATB2 KD组细胞[(55.48±4.71)%],差异有统计学意义(t=10.370,P<0.05)。环状RNA对照组细胞划痕愈合率[(84.94±3.67)%]明显高于环状RNA SATB2 KD组细胞[(60.70±12.32)%],差异有统计学意义(t=4.662,P<0.05)。环状RNA对照组细胞迁移率[(66.26±7.96)%]明显高于环状RNA SATB2 KD组细胞[(30.92±5.24)%],差异有统计学意义(t=9.083,P<0.05)。miR-760是环状RNA SATB2的靶基因。环状RNA对照组细胞miR-760表达水平(0.94±0.12)明显低于环状RNA SATB2 KD组细胞(1.93±0.12),差异有统计学意义(t=14.560,P<0.05)。环状RNA对照组细胞KIF2A和PHLPP2表达水平
焦志灵刘棚越李路鹏王连渠
关键词:前列腺癌微小RNA

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研究主题:引物 组合物 稻瘟病菌 环介导等温扩增 靶标
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