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一种RNA-seq差异表达基因的判定方法及应用: 本发明公开了一种RNA‑seq差异表达基因的判定方法及应用，涉及单细胞生物技术领域，该判定方法包括步骤为：随机噪声干扰基因去除，使用t‑test对每一个基因进行差异性检测以找出非差异表达基因作为阴性对照，使用PLS对分类...; 王蕊

热应激条件下猪睾丸支持细胞的差异表达基因及筛选方法: 本发明公开了热应激条件下猪睾丸支持细胞的差异表达基因及筛选方法，生物技术领域。包括上调表达基因HSP90AA1，如SEQ ID No.1所示；HSPA6，如SEQ ID No.2所示；HSPH1，如SEQ ID No.3...; 冯越李亚赛张宇徐忠梅书棋彭先文吴俊静乔木周佳伟李梓芃孙华李良华赵海忠宋忠旭

一种单细胞测序保守表达基因与差异表达基因计算工具: 本发明公开了一种单细胞测序保守表达基因与差异表达基因计算工具，涉及单细胞测序技术领域。本发明包括如下计算步骤：步骤1：通过`scCEGs`函数识别单细胞RNA测序数据集中不同簇之间的保守表达基因、计算并生成列表；步骤2：...; 王刚孟令章韦所苏黎洪棉赵净洁宋健杨明月林文贤毛秀丽张霞敏谢姚屹

基于转录组测序向日葵低温胁迫差异表达基因分析及WRKY基因筛选: 2025年; 为了丰富向日葵转录组数据信息,研究向日葵响应低温胁迫的机制,在分子水平上探究向日葵低温胁迫下差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),本试验对向日葵进行了4℃低温处理,分别在0、8、24和48 h采集向日葵叶片,通过Illumina高通量测序平台对其进行转录组测序,对差异表达的基因进行GO及KEGG分析。对参与其中的WRKY基因进行了挖掘,筛选出最有可能参与低温胁迫过程的10个WRKY基因,采用RT-qPCR的方法,对转录组测序的结果进行了验证。测序共获得589238022条高质量reads(Q30>97%)。样品间共筛选出19515个差异表达基因,其中上调表达11473个,下调表达8042个。这些差异表达基因的功能归类于生物过程、细胞组分及分子功能3大类50个GO条目,并显著富集在20条KEGG代谢通路中。同时,在低温胁迫下,不同比较组间共发现了75个WRKY差异表达基因,其中,上调表达69个,下调表达6个。研究结果为向日葵低温响应的分子机制提供了理论依据。; 陈夏昀宋阳路妍景岚; 关键词：向日葵低温胁迫转录组测序

高温和低盐胁迫下刺参体壁转录组及差异表达基因: 2025年; 【目的】研究刺参(Apostichopus japonicus)在高温和低盐胁迫下的分子响应机制,为刺参抗逆品系的选育提供理论依据。【方法】将体质量(48.0±6.7)g刺参分为对照组(16℃,盐度30)、高温组(30℃,盐度30)、低盐组(16℃,盐度20)和高温低盐组(30℃,盐度20)进行2 d的实验,通过转录组测序技术对刺参体壁进行差异表达基因(DEGs)分析,然后对DEGs进行富集分析。随机挑选6个差异表达基因,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)对其进行验证。【结果】刺参体壁转录组测序获得高质量数据(clean reads)共616880106,各样品Q30碱基占比均不低于94.91%;高温低盐组在胁迫前后筛选出4089个差异基因,高温组胁迫前后筛选出1907个差异基因,低盐组在胁迫前后筛选出1275个差异基因。热休克蛋白家族中的多个蛋白(HSP90、HSP70)在高温胁迫下相较于对照组均显著上调(P<0.05)。京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集结果显示,3个实验组与对照组的差异基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、细胞外基质与细胞表面受体的相互作用、细胞焦点黏附等抗凋亡及免疫防御相关的通路;低盐组与对照组差异基因主要富集在脂肪酸代谢、信号传导等相关通路。qRT-PCR结果与转录组结果相一致。【结论】高温、低盐等会引起刺参的脂肪酸代谢紊乱、引发炎症反应,甚至死亡。抗凋亡蛋白基因、热休克蛋白家族基因的上调对缓解高温与低盐胁迫下的应激反应有积极作用。; 王琦赵斌胡炜姚琳琳韩莎李成林时迪; 关键词：刺参生态环境高温胁迫差异基因

机器学习筛选肺癌和新型冠状病毒感染的交叉差异表达基因并对应筛选肺癌预后基因的方法: 本发明属于生物信息学技术领域，公开了一种机器学习筛选肺癌和新型冠状病毒感染的交叉差异表达基因并对应筛选肺癌预后基因的方法。包括肺癌和新型冠状病毒的交叉差异表达基因的获取、筛选肺癌和新型冠状病毒感染的交叉差异表达基因、利用...; 张树彪赵轶男符星星武滋晖张燕

碱地番茄果实品质差异性及差异表达基因分析: 2025年; 为深入研究碱性土壤下不同碱地番茄品种果实的生理指标相对正常土壤的变化,选择5个不同的碱地番茄品种,测定其果实的11个农艺性状,通过进行相关性分析和主成分分析,筛选最适宜碱性土壤中种植的品种。通过主成分分析提取到3个主成分,累计贡献率为86.622%。5个碱地番茄品种综合得分从高到低排序为草莓2号>京采6号>京采8号>鲜阳>鑫圣。通过转录组GO功能和KEEP功能分析不同土壤栽培条件下与碱地番茄果实品质相关的差异表达基因。结果表明,共有787个差异表达基因,其中386个基因的表达量上调,401个基因的表达量下调。在果实品质方面,半乳糖代谢(sly00052)、类胡萝卜素生物合成(sly00906)、维生素B_(6)代谢(sly00750)、己糖基转移酶(Solyc02g089440.3)、糖基转移酶(Solyc04g080010.4)等基因较为活跃,能够提升碱地番茄果实的品质。在果实生长激素方面,生长素反应因子(Solyc05g047460.3)、脱落酸(Solyc08g005610.3)、9-顺式-环氧类胡萝卜素双加氧酶(Solyc08g016720.1)等基因与植物的耐逆性有关。; 郝鹏王紫李海安利; 关键词：碱地番茄主成分分析转录组差异表达基因

4种柳属植物叶片差异表达基因分析: 2025年; 为探究腹毛柳(Salix delavayana)、坡柳(Salix myrtillacea)、康定柳(Salix paraplesia)和乌柳(Salix cheilophila)叶片的关键代谢途径和差异表达基因。该研究提取了以上4种柳属植物叶片总RNA后构建cD-NA文库,采用转录组测序技术进行测序,基于NR、GO和KEGG等数据库进行注释和功能富集分析,并探讨4种柳属植物间的差异表达基因和主要代谢途径。结果发现,在4种柳属植物种共检测到245994个Unigene,NR数据库注释结果表明,与小垫柳(Salix brachista)的同源性最高;GO和KEGG数据库注释结果发现,4种柳属植物主要参与细胞过程、代谢过程、细胞结构体、结合以及与信号转导功能和与代谢相关的功能;腹毛柳与坡柳、康定柳和乌柳的差异基因数量分别为34436条、49756条、87442条,坡柳与康定柳和乌柳的差异基因数量分别为51686条和89806条,康定柳和乌柳的差异基因数量为100423条;差异基因显著富集于植物病原体相互作用、植物昼夜节律、光合作用、蛋白水解、ABC转运蛋白和植物激素信号转导等二级代谢途径。研究结果可为进一步探究柳属植物的适应性机制提供理论参考。; 杜少波姜迪鄂崇毅谢惠春; 关键词：差异表达基因代谢途径

基于GEO数据库的阿尔茨海默病差异表达基因分析及治疗中药预测: 2025年; 目的:通过生物信息学方法获得阿尔茨海默病(AD)的差异基因,预测治疗AD的潜在中药、成分及靶点。方法:从GEO数据库下载AD的基因芯片数据GSE129055,筛选数据集中的差异表达基因并对差异表达的mRNA进行基因本体功能(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;通过TargetScan数据库预测miRNA的靶基因并构建miRNA-mRNA网络;将miRNA-mRNA网络中Degree值前50%的mRNA导入Coremine Medical平台筛选潜在治疗中药;TCMSP平台筛选潜在中药作用于差异表达mRNA的成分和靶点,二者结合构建中药治疗AD的药物-成分-mRNA-miRNA共表达网络并进行分子对接验证。结果:在GSE129055数据集中共筛选出178个差异表达mRNA,96个差异表达miRNA;通过筛选发现作用于差异表达mRNA的常用中药有人参、丹参、黄芩、冬虫夏草、五味子等,关键活性成分为左旋山槐素和β-谷甾醇,关键靶点为μ阿片受体基因(OPRM1)和5-羟色胺受体亚基3A阳性抑制性神经元(HTR3A),关键miRNA为miR-9-3p和miR-3607-3p;分子对接结果显示,关键活性成分能够分别与关键靶点结合并展现出较好的亲和力。结论:AD大鼠海马组织多种基因差异性表达,同时中药治疗AD具有多成分、多靶点的特点,可以通过影响神经肽、生物胺及减轻神经炎症等发挥神经保护作用。; 刘艳云唐晓伟汪洋曹明刚周爱民张娟; 关键词：阿尔茨海默病 GEO

基于转录组测序的不同辣度辣椒差异表达基因分析: 2025年; 为了研究不同辣度辣椒的基因表达差异,探究参与或调控辣椒素生物合成的基因或转录因子。试验以2种不同辣度的辣椒B1-2(高辣)、D50(微辣)为材料,通过高通量RNA测序(RNA-seq)对35 d胎座进行转录组分析,共筛选出1570个差异表达基因(DEG),包括673个上调基因、897个下调基因。经GO富集分析,DEG主要集中在氧化还原反应、光合作用、光反应等生物过程;经KEGG富集分析,DEG主要富集在光合作用-天线蛋白、次级代谢产物的生物合成、代谢途径等信号通路。鉴定出7个CapCyc模型基因、8个MYB转录因子在2份辣椒材料中的差异表达;在果实不同发育时期进一步利用qRT-PCR进行分析,发现4CL、COMT、KAS可能具有调控辣椒素合成的作用。研究结果可为探索辣椒素生物合成的调控网络提供更多的候选基因,期待可为下一步关键基因的功能分析和辣椒育种提供理论基础。; 庞欣陈军李林芝刘佳黄文娟; 关键词：辣椒转录组测序差异表达基因辣椒素类物质生物合成

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