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微卫星SM7多态信息含量的测定与应用被引量:3
1999年
Ⅰ型常染色体显性遗传多囊肾病(autosomaldominantpolycystickidneydiseascⅠ,ADPKDⅠ)发病率约为1.1/1000[1],在需肾替代治疗的患者中约占10%,目前没有理想的早期诊治方法。我们应用微卫星SM7标记,...
王立明闵志廉朱有华齐隽缪为民陈建鹤焦炳华
关键词:微卫星囊性肾基因诊断
微卫星标记分析勒通绵羊的遗传多样性
2024年
为了对勒通绵羊这一资源群体的遗传多样性进行评价,本试验选择位于绵羊染色体上的30个微卫星标记,采用毛细管凝胶电泳的方法进行等位基因的分型。结果表明,30个微卫星标记共有262个等位基因,每个标记的等位基因数在3~18个之间,平均为8.73个;有效等位基因数为1.5636~9.5163个,平均为4.2384个;观察杂合度为0.3276~0.9138,平均为0.6563;期望杂合度为0.3636~0.9027,平均为0.7170;多态信息含量为0.330~0.886,平均为0.6764,属于高度多态性。揭示勒通绵羊具有丰富的多样性,有进一步挖掘利用的价值。
周明亮庞倩陈明华曾洁毛进彬杨平贵
关键词:微卫星标记多态信息含量杂合度
也迷里鸡微卫星遗传多样性分析被引量:1
2023年
【目的】研究也迷里鸡遗传多样性变化及世代间遗传分化,为也迷里鸡品种选育提供理论依据。【方法】利用15个微卫星位点对也迷里鸡2个世代共4个群体(G_(1):1世代公鸡、G_(2):2世代公鸡、M _(1):1世代母鸡、M _(2):2世代母鸡)进行遗传多样性分析。【结果】15个微卫星位点在120个个体中共检测到102个等位基因,每个位点平均等位基因数(Na)为6.8个。各位点的期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)平均值分别为0.708和0.660。平均多态信息含量(PIC)较高(0.661),表现为高度多态性。F-统计量中群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)和群体间遗传分化系数(Fst)平均值分别为0.051、0.070和0.020,也迷里鸡群体的近交程度低、遗传分化不明显。群体基因流MCW0216位点最大(29.689),LEI0166位点最小(6.192),各位点平均基因流(Nm)为15.091,4个群体间存在高度的基因交流。也迷里鸡4个群体按遗传距离被分为2类。【结论】也迷里鸡具有较大的选择潜力,拥有丰富的遗传多样性。
姚莹莹李家辉李海英吴盈萍赵晓钰周军赵全庄李宗福
关键词:微卫星标记多态信息含量
玛格绵羊资源群体的遗传多样性研究被引量:2
2022年
为了评价四川省得荣县玛格绵羊资源群体的遗传多样性,选择位于绵羊染色体上的30个微卫星标记,采用毛细管电泳进行等位基因分型,分析并评价玛格绵羊群体的遗传多样性。结果显示:玛格绵羊群体30个微卫星标记具有4~14个等位基因,平均为8.37个等位基因;观察杂合度(Ho)为0.217~0.850,平均为0.6055,期望杂合度(He)为0.333~0.897,平均为0.7018;多态信息含量(PIC)为0.310~0.879,平均为0.664。揭示玛格绵羊资源群体的遗传多样性丰富,为下一步开发利用奠定了基础。
吴亚姗杨平贵付华龙阿龙呷陈明华毛进彬庞倩周明亮
关键词:微卫星标记多态信息含量杂合度
基于二代测序平台的微单倍型位点的分型研究被引量:1
2021年
目的建立基于二代测序平台的微单倍型分型方案,调查其在中国南方汉族人群中的多态性,探讨其法医学应用价值。方法以20个微单倍型位点为研究对象,利用多重PCR构建靶向扩增子文库,以二代测序为检测手段,采用生物信息学方法构建个体微单倍型,最后进行多态性分析。结果总体测序量为2.12G,覆盖所有片段,平均覆盖深度为3353×。微单倍型内含72个SNP位点的观测杂合度范围为0.109~0.587,平均值为0.364;而20个微单倍型位点本身的观测杂合度范围为0.198~0.837,平均值为0.726,均高于SNP位点。20个微单倍型位点中仅一个位点未通过Hardy-Weinberg平衡检验,剩余19个位点的有效等位基因数值为3.119~7.170,多态信息含量为0.620~0.845,平均多态信息含量为0.711。19个有效微单倍型位点的匹配概率为0.044~0.181,累积匹配概率为3.132×10^(-19)。结论本次研究证实了19个微单倍型的参数效能与常用15个STR基因座相当,可独立应用于法医个体识别并具潜在混合物分析价值,该结果为法医遗传学实践提供更多选择。
陈肯武建楠王欢庞铂实周宇荀肖君华李凯
关键词:法医遗传学高通量测序单核苷酸多态性多态信息含量
鹌鹑GNAS基因的多态性与产蛋性能和蛋品质的关联分析被引量:1
2021年
为了分析GNAS基因与鹌鹑产蛋性能和蛋品质的关联性,试验采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)方法对不同羽色鹌鹑的GNAS基因进行多态性检测,并分析了GNAS基因与鹌鹑产蛋性能和蛋品质的关联性。结果表明:在GNAS基因中分别检测到TT、CT、CC这3种基因型。GNAS基因在中国黄羽鹌鹑、北京白羽鹌鹑、朝鲜鹌鹑中的TT基因型频率分别为0.7778,0.7755,0.8571;CT基因型频率分别为0.2222,0.1633,0.1429;GNAS基因在北京白羽鹌鹑中的CC基因型频率为0.0612,在另外两个鹌鹑品种中未检测到CC基因型个体。GNAS基因TT基因型和CT基因型的产蛋总重、产蛋率和开产体重显著高于CC基因型(P<0.05)。GNAS基因CC基因型的蛋黄指数显著高于CT基因型(P<0.05),TT和CT基因型的蛋壳厚度显著高于CC基因型(P<0.05)。说明GNAS基因与鹌鹑的产蛋总重、产蛋率、开产体重、蛋黄指数和蛋壳厚度有显著关联性。
陈宇白俊艳王亮陈梦柯范征宇李淦雷莹王新乐李静云董智豪王龙威冀祥贾小平贾小平庞有志王纪远任旭鸽张溢满赵郑歌
关键词:鹌鹑多态性检测多态信息含量产蛋性能
小尾寒羊生长激素(GH)基因的多态性分析
2020年
本研究利用PCR-SSCP与测序相结合的方法,分析了小尾寒羊GH基因第2外显子的多态性。为河南小尾寒羊分子标记辅助育种的开展和生产性能、生产效益和经济效益的提高提供基础资料和科学依据。结果表明,GH外显子2在小尾寒羊群体中检测到的3种基因型分别为AA、AB、BB,3种基因型频率分别为:0.2813、0.1875和0.5312,A、B等位基因频率分别为0.5469和0.4531。GH外显子2的杂合度为0.5312,有效等位基因数为2.1331,多态信息含量为0.3728,该位点表现为中度多态。AA和BB基因型测序结果发现,在第101位点和第145位点上,AA基因型为G和R(AG套峰),BB基因型为S(GC套峰)和A。
范征宇胡琦杭黄高想邵俊红时坤鹏张佳庆胡陆星白俊艳赵淑娟郑立毛世豪王亮张溢满任旭鸽郭泊瑶
关键词:小尾寒羊生长激素基因多态信息含量杂合度
布拖黑绵羊微卫星标记遗传多样性研究被引量:7
2018年
本文旨在研究布拖黑绵羊群体的遗传特性,选择了位于绵羊染色体上的30个微卫星标记,统计等位基因、多态信息含量、杂合度等,分析布拖黑绵羊群体的遗传多样性。结果表明,布拖黑绵羊群体30个微卫星标记具有4~13个等位基因,平均为7.27个等位基因;30个微卫星标记的观察杂合度为0.3269~0.8846,平均为0.6269;期望杂合度为0.3620~0.8865,平均为0.6769;多态信息含量为0.3338~0.8660,平均为0.6257,显示布拖黑绵羊群体具有丰富的遗传多样性。
周明亮陈明华庞倩杨平贵李燕
关键词:微卫星标记等位基因多态信息含量杂合度
惠阳胡须鸡微卫星多态性研究被引量:2
2017年
为进一步保护和利用惠阳胡须鸡遗传资源,监测保种场保种效果,随机采集96只惠阳胡须公鸡血样,提取总DNA,选用18对微卫星标记进行PCR扩增,并对其基因片段进行扫描,利用Pop Gen 32软件分析扫描结果,结果表明,18个微卫星标记在惠阳胡须鸡群中均表现出较高的多态性,平均等位基因数为10.61个,平均杂合度H为0.5963,平均多态信息含量PIC为0.74。说明惠阳胡须鸡保种群体具有丰富的遗传多样性,具有较大的选育潜力。
李红伟陈圆邓丹青刘家玲钟淡龙
关键词:微卫星标记等位基因杂合度多态信息含量
白花草木樨EST-SSR标记的开发与筛选被引量:7
2017年
草木樨(Melilotus)是重要的豆科牧草之一,然而草木樨分子标记匮乏,限制了草木樨种质资源的开发与利用。本研究以白花草木樨(M.albus)转录组数据为基础,设计了18 182对草木樨EST-SSR引物,并对所开发的EST-SSR引物进行筛选。通过PCR扩增从550对EST-SSR引物中筛选得到206对白花草木樨多态性引物,共检测出679个等位基因,平均每对引物检测出2.888个基因位点。多态信息含量PIC的分布范围为0.239~0.855,平均值为0.468。206对多态性引物Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)的平均值分别为0.169和0.239。本研究开发的EST-SSR丰富了草木樨属的分子标记,为研究种质资源的遗传多样性和分子辅助育种奠定了基础。
剡转转任艳吴凡骆凯张代玉闫启张宇飞赵玉凤张吉宇
关键词:草木樨EST-SSR多态信息含量

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苗永旺
作品数:261被引量:746H指数:15
供职机构:云南农业大学动物科学技术学院
研究主题:槟榔江水牛 水牛 奶水 微卫星标记 杂合度
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作品数:246被引量:531H指数:13
供职机构:云南农业大学动物科学技术学院
研究主题:生物信息学分析 生物信息学 基因克隆 近交系 微卫星标记
陈涛
作品数:17被引量:113H指数:8
供职机构:云南农业大学
研究主题:微卫星标记 多态信息含量 杂合度 微卫星标记分析 群体遗传变异
刘丽仙
作品数:173被引量:486H指数:12
供职机构:云南农业大学
研究主题:武定鸡 地方鸡 肉品质 生化标记 屠宰性能
高玉时
作品数:508被引量:1,706H指数:20
供职机构:中国农业科学院家禽研究所
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