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基于基因表达芯片和实验验证葛根素降低膀胱尿路上皮癌T24细胞IL6表达及抑制细胞增殖的作用: 2024年; 目的探讨葛根素抑制膀胱尿路上皮癌T24细胞增殖的作用机制及潜在作用靶点。方法CCK8实验验证葛根素对T24细胞的增殖抑制作用。火山图和热图对芯片数据进行质量控制。对基因表达芯片实验得到的差异表达基因列表进行KEGG、GO通路富集分析、蛋白质相互作用(PPI)和上游转录因子预测,得到关键作用靶点及通路并进行相关验证。结果葛根素抑制T24细胞的增殖活力,这种抑制作用和浓度成正比,半数抑制浓度为218μmol·L^(-1)。KEGG通路富集分析显示差异基因主要富集在细胞生长和增殖相关通路,GO通路富集分析显示差异基因主要富集在蛋白质折叠、DNA复制和肿瘤细胞坏死相关通路。PPI分析得到关键作用靶点IL6。IL6在病理分期Ⅲ、Ⅳ期的表达明显高于Ⅱ期,并且PCR实验证明葛根素可降低T24细胞中IL6的表达。GSEA分析显示IL6与上皮细胞增殖相关。上游转录因子预测得到CENPA,分子对接结果显示葛根素和CENPA之间对接良好。结论葛根素能抑制T24细胞的增殖活力,其作用机制可能是葛根素和CENPA结合,降低IL6的表达进而影响蛋白质折叠、DNA复制、肿瘤细胞坏死和增殖相关通路,最终抑制T24细胞增殖。; 马雨阳许浩潘登王海跞徐鹏王靖凯庞昆庞昆; 关键词：膀胱尿路上皮癌葛根素 IL6 T24细胞细胞增殖

采用主成分分析方法处理基因表达芯片的教学探讨: 2022年; 多元统计分析是解决实际问题的一种非常重要的处理数据的方法。其理论基础是由多维随机向量及相应的多元统计量、多维正态随机向量及相应的多元统计量组成的。常见的多元统计分析方法有主成分分析、因子分析等方法。本文研究通过主成分分析考虑基因间的调控关系,从而发现基因组间起决定作用的基因。基于此,进行教学探讨,并讨论提高教学效果的途径。; 张燕; 关键词：主成分分析基因教学

基于R语言的基因表达芯片注释流程被引量：1: 2021年; 基于R语言,将R程序包Rsubread、Rsamtools、refGenome和GenomicRanges整合为一个完整的流程,实现了基因表达芯片探针序列的自主注释。以应用范围最广的GPL570,GPL10558和曾使用的GPL21163芯片平台为测试数据进行重注释,并将GPL570的新注释与现存的注释做比较;对较新的长链非编码RNA表达芯片GPL16956进行自主注释,以测试流程的实用性。结果表明:GPL570的自主注释覆盖到了89.58%的探针,GPL10558、GPL21163和GPL16956的自主注释分别覆盖到了81.54%、84.68%和76.15%的探针。在GPL570新注释单独比对到的7107个基因中,有411个编码蛋白的基因能够富集到GO条目,而另外两种注释未能比对到这些基因,证明了本流程的可靠性和先进性。因此,本流程实用、有效,为数据挖掘工作提供了新的有力工具。; 孙小洁郑方强曾健明; 关键词：数据挖掘 R语言

基于类风湿关节炎的基因表达芯片的差异分析: 2021年; [目的]寻找类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)新的特异性表达标记物,探索RA的发病机制。[方法]从NCBI上的GEO数据库下载GSE55235数据集,然后通过预处理以及R语言limma分析后得出表达差异基因。通过cluster Profile包对表达差异基因进行基因本体论(GO)和京东基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。最后对表达差异的基因进行蛋白互作网络分析。[结果]通过对10个正常样本和10个疾病样本进行比较,共筛选出876个可能与RA发病机制有关且表达差异有统计学意义的基因(差异倍数>1,P<0.01),其中536个表达上调,340个表达下调。差异基因主要富集在T cell activation、Leukocyte migrate、Leukocyte cell-cell adhesion、Regulation of lymphocyte activation、Antigen receptor-mediated signaling pathway、External side of plasma membrane、Tertiary granule、Membrane region、Membrane raft、Membrane microdomain、Glycosaminoglycan binding、MHC protein complex binding、Cytokine receptor activity、Cytokine binding、Heparin binding等GO分类以及Osteoclast differentiation、Leishmaniasis、B cell receptor signaling pathway、Primary immunodeficiency、Hematopoietic cell lineage、Rheumatoid arthritis、Th17 cell differentiation、Epstein-Barr virus infection、T cell receptor signaling pathway等信号通路。类风湿关节炎RA的关键基因为EGFR、CD8A、CCR7、RAC2、EGR1、PPARG、CDKN1A、CD4、ZAP70和JUN,关键基因之间存在复杂的相互作用。[结论]关键基因EGFR、CD8A、CCR7、RAC2、EGR1、PPARG、CDKN1A、CD4、ZAP70和JUN在RA患者中异常表达,可能参与了RA的发生发展。; 陈璞; 关键词：类风湿关节炎蛋白质互作网络

狼疮肾炎中基因表达芯片的生物信息学分析: 2020年; 目的采用生物信息学方法探讨狼疮肾炎(lupus nephritis,LN)发生的潜在机制。方法通过GEO数据库获得正常肾组织和LN肾组织的基因表达谱,分析二者基因表达情况,寻找差异基因,利用DAVID数据库对LN发生发展过程中的差异基因进行富集分析,使用STRING数据库和Cytoscape对差异基因进行可视化分析。结果筛选出146个上调基因和28个下调基因。在细胞通路方面,差异基因主要参与Ⅰ型干扰素信号通路等;在细胞定位方面,差异基因主要分布在胞外体等;在分子功能方面,差异基因主要与MHCⅡ类受体活性等相关。KEGG分析结果表明,差异基因与甲型流感病毒感染、金黄色葡萄球菌感染、单纯疱疹病毒感染、利什曼病和哮喘等通路有关。筛选发现IFI35、MX2、OAS3、IFI6、IRF7、OAS2、IFIT2、RSAD2、OAS1、MX1是LN发生风险相关蛋白相互作用网络中的核心基因。结论通过对数据集的分析,利用生物信息学方法找出了LN发生过程中的关键基因,为寻找有价值的LN标志物提供了依据。; 姜秋竹杨会周晓霜; 关键词：狼疮肾炎生物信息学基因

利用基因表达芯片探索多发性硬化的关键基因和通路: 2019年; 目的以GEO数据库中GSE21942系列芯片数据为分析对象,分析多发性硬化(MS)中的高通量基因表达来获得差异表达的基因,筛选出与多发性硬化相关的关键基因和通路。方法利用R语言与DAVID、STRING等方法对差异表达的基因进行GO和KEGG富集分析,构建和分析蛋白质-蛋白质相互作用网络。结果 88个基因被鉴定为差异表达的基因,其中76个基因(86.4%)上调,12个基因(13.6%)下调。Pathway通路分析显示,差异表达基因主要与造血细胞谱系、B细胞受体信号通路、破骨细胞分化、氮代谢等有关,进一步分析筛选出ALAS2、CA1、SNCA、HBB、IL8等核心基因,这些基因在血红素生物合成、突触传递、神经退行性疾病、血脑屏障破坏等生物功能中起重要作用。结论与健康人相比,多发性硬化样本中相关靶基因表达有较大差异,这些数据可能为多发性硬化相关的发病机制和临床治疗提供新思路。; 黄帆唐玉兰廖韦静邝慧敏蓝岚; 关键词：多发性硬化基因芯片差异表达基因生物标志物

基因表达芯片技术筛选转移性卵巢癌相关性基因被引量：2: 2018年; 目的:利用基因表达谱芯片筛选转移性卵巢癌相关性基因,对卵巢癌转移过程中可能参与的基因间的信号转导通路进行分析。方法:选取6例不同病理类型的转移性卵巢癌组织和2例正常卵巢上皮组织,提取DNA。采用CytoScan HD芯片检测,筛选卵巢癌转移性相关性基因,并进行基因本体(GO)和信号通路分析,筛选出对转移过程可能具有重要作用的基因。结果:染色体定位分析6例转移性卵巢癌组织共同有216个基因发生微结构异常,分别位于8、12、16、17及X染色体,其中X染色体最多。对216个基因GO分析显示,92个基因编码与3个GO分类(生物学过程、分子功能、细胞组分)相关的蛋白,信号通路分析得到20个基因具有显著性的调节信号通路。进一步与正常卵巢上皮组织对比筛选出38个差异性基因,GO分析显示24个基因编码与3个GO分类相关的蛋白,B2M和CTDSPL、NOBOX等11个基因具有显著性的调节信号通路。结论:卵巢癌的转移与多个基因相关,8、12、17号染色体拷贝数的变异可能与卵巢癌的转移密切相关,差异性基因中B2M基因是卵巢癌转移的关键基因,通过TGF信号通路调节卵巢转移癌的转移,是一个转移性卵巢癌治疗的新靶点。; 刘贵芬孙蓬明阮冠宇; 关键词：卵巢癌基因表达谱基因本体信号转导

通过基因表达芯片数据库研究PRAM1基因表达特征及其临床意义: 2018年; 目的:研究PRAM1基因在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)中的临床表型及其预后价值。方法:以486例急性髓系白血病患者的基因表达芯片为研究平台,结合临床资料总结PRAM1基因在多种AML亚型中的表达特征。利用正常人干细胞表达芯片,研究PRAM1基因在各阶段血细胞分化过程中的表达规律。通过急性髓系白血病细胞系验证临床样本表达芯片结果,并找到可以上调PRAM1基因的药物。结果:首先发现PRAM1基因在inv(16)AML中表达最高,在t(15;17)M3中表达最低,在其他类型中表达基本一致。依据美国NCCN指南,利用基因突变分类,PRAM1基因在伴发CEBPAdm突变的AML(cytogenetically normal AML,CN-AML)中高表达,而且PRAM1基因的高低表达可以对CN-AML进一步分层,且无事件生存率(event-free survival,EFS)有统计学意义;其次PRAM1基因在成熟细胞和粒单祖细胞中表达较高。地西他滨和西达本胺可以上调PRAM1基因,其中西达本胺的效果较好。结论:PRAM1基因在急性髓系白血病中有一定表达规律,在t(15;17)M3中表达最低,PRAM1基因高表达是CN-AML预后较好的标志。PRAM1基因在成熟粒细胞中表达较高,而且西达本胺可以上调该基因的表达,因而可作为治疗靶点。; 吕娜钱坤刘静王莉莉李永辉于力; 关键词：急性髓系白血病西达本胺

基于基因表达芯片和连接网络技术筛选干预缺氧诱导视网膜血管内皮细胞模型的小分子化合物研究: 2016年; 目的利用基因表达芯片技术和连接网络（CMAP）技术筛选干预缺氧诱导视网膜血管内皮细胞模型的小分子化合物和药物.方法将前期研究获取的CoCl2诱导的缺氧人胚视网膜微血管内皮细胞模型中包括上调和下调的326个差异表达基因建立成查询签名格式文件,进入CMAP.通过疾病特征性差异基因谱与CMAP中的对照基因表达谱之间的逐一比对,获取正相关和负相关的小分子化合物和药物.进一步检索文献,了解其作用机制,对照早产儿视网膜病变（ROP）的发病机制,筛选与ROP正相关或负相关的化合物.结果差异表达基因CMAP检索发现,44种小分子化合物和药物与ROP存在正相关;18种小分子化合物和药物与ROP存在负相关.文献检索发现,环吡酮胺、CoCl2、棉酚和醉茄素A与ROP有正相关;环腺苷酸、去甲骆驼蓬碱、柚皮甙和丙磺舒与ROP有负相关.结论环吡酮胺、CoCl2、棉酚和醉茄素A与ROP有正相关;环腺苷酸、去甲骆驼蓬碱、柚皮甙和丙磺舒与ROP有负相关.; 聂川张亮王俊平王越张春一罗先琼; 关键词：基因表达计算生物学

利用基因表达芯片筛选与无功能垂体腺瘤侵袭性相关基因的研究被引量：3: 2015年; 目的探寻与无功能垂体腺瘤(NFPA)侵袭性相关基因。方法选择7例NFPA和3例正常垂体组织进行基因表达芯片分析。通过生物信息学和统计生物软件,筛选出与NFPA侵袭性相关的基因。进一步利用43例NFPA标本,通过QPCR和免疫组织化学方法验证筛选出的ENC1基因与侵袭性NFPA的相关性。结果在侵袭性NFPA、非侵袭NFPA和正常垂体组织三组之间,筛选出共表达发生变化的基因56个,其中在侵袭性NFPA中35个基因上调和21个基因下调。QPCR结果显示:ENC1在侵袭性NFPA表达低于非侵袭性NFPA表达(P=0.010)。免疫组化结果显示:ENC1在正常垂体组织呈强阳性,而在侵袭性NFPA呈弱阳性。结论 ENC1可能是侵袭性NFPA的一个重要生物标记。; 冯洁洪礼传李储忠于升远吴永刚何乐王红云李丹万虹张亚卓; 关键词：垂体肿瘤侵袭性基因

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