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靶向性修饰植物基因组序列的方法
提供了一种通过向导RNA指导的核酸酶‑逆转录酶融合蛋白将植物基因组中的特定序列靶向性修改为感兴趣的目的序列的方法,以及通过该方法产生的经遗传修饰的植物及其后代。
高彩霞林秋鹏宗媛靳帅薛郴销
目标病原特异性核心基因组序列的筛选方法及模型
本申请涉及生物信息学技术领域,具体公开一种目标病原特异性核心基因组序列的筛选方法及其模型。本申请针对不同目标病原,基于基因组序列通过与选定参考基因组序列直接比对,统计基因组不同区域覆盖深度和覆盖基因组数目等,筛选目标病原...
饶冠华韩朋贾雪峰蒋智
一种在单细胞微生物基因组基因组序列的方法
本发明提供了一种在单细胞微生物基因组基因组序列的方法。该方法可以1)自动计算装轮数,且全流程仅需要一次任务提交;2)控制bin的污染度在较低水平,以便后续分析;3)采用分的方式计算相似度矩阵,减少高SAG数时的...
巢杉
一种在单细胞微生物基因组基因组序列的方法
本发明提供了一种在单细胞微生物基因组基因组序列的方法。该方法可以1)自动计算装轮数,且全流程仅需要一次任务提交;2)控制bin的污染度在较低水平,以便后续分析;3)采用分的方式计算相似度矩阵,减少高SAG数时的...
巢杉
云南省某鹅场鹅细小病毒检测与全基因组序列分析
2025年
2023年12月,云南省腾冲市某地鹅场雏鹅突然发病死亡,怀疑为鹅细小病毒(GPV)感染。为确定致病原,通过荧光定量PCR对临床病料样品进行了GPV核酸检测,并通过宏基因组测序对阳性样品全基因组进行了序列分析。结果显示;临床样品中检出GPV阳性核酸,将阳性样品命名为YN-2024;经测序,YN-2024基因组全长5049 bp,与GPV强毒株Virulent B和疫苗株SYG61v相比,有4段14 bp的基因缺失;进化树分析显示,YN-2024与鹅源分离株SQ0412、DY16、RC16、BD、DX的亲缘关系较近,与强毒株和鸭源细小病毒分离株的遗传关系较远。结果说明;该鹅场存在GPV弱毒株流行,流行毒株存在部分基因缺失,这可能会对病毒毒力和致病性产生影响。
董路杜润何依蓉相德才赵珍曾邦权杨丽珠林尊诚段博芳
关键词:鹅细小病毒小鹅瘟全基因组荧光定量PCR
基因组序列溯源预训练大模型构建和微调方法
一种宏基因组序列溯源预训练大模型构建和微调方法,在预训练模型基础上,通过构建基于HyenaDNA架构的宏基因组生物学分类(Taxonomic Classification)深度学习模型,以不同序列长度的DNA数据作为样本...
鲁洪中彭驿博
2022年山东省鼠类汉坦病毒携带情况调查及其全基因组序列分析
2025年
目的分析2022年山东省淄博市鼠类携带汉坦病毒情况及病毒的遗传进化特征,为肾综合征出血热的科学防控提供参考依据。方法采用实时荧光定量RT-PCR检测试剂盒(Real-Time PCR Method)检测鼠肺中汉坦病毒核酸并鉴定汉坦病毒种类。设计引物,分节段扩增各基因片段,采用二代测序法对PCR扩增产物进行汉坦病毒全基因组测序。序列拼接采用DNA Star的子软件Seq Man 7.1.0.44进行,应用MEGA 7.0和Bioedit软件进行序列比对和进化分析。结果本次调查共捕获宿主动物270只,经检测共13份鼠肺样本为汉坦病毒阳性,带毒率为4.8%。成功获得4株汉坦病毒全基因组序列,均为汉城(SEOV)型。4份汉坦病毒阳性样本M基因核苷酸同源性较高,属于SEOV的S3亚型分离株,与河北、辽宁和北京的毒株具有高度相似性。核蛋白和糖蛋白免疫表位氨基酸序列与疫苗株Z37一致。结论本研究成功测定了山东省淄博市4株汉坦病毒的全基因组序列,其基因型以SEOV型为主,亚型为S3亚型,同亚型病毒基因同源性高,无明显变异。关键蛋白的免疫表位比对表明目前疫苗可能对当地流行株具有保护潜力,但仍需要进一步深入研究。
刘昱薇姚明晓张金艳段青逄博翟文济李仁鹏寇增强
关键词:汉坦病毒鼠类全基因组
绿海龟丙肝病毒全基因组序列及其检测方法
本发明提供了绿海龟丙肝病毒的全基因组序列及其检测方法,病毒全基因组序列全长为9430bp,GC含量为45%,此病毒基因组含有一个长的ORF,核苷酸位置在517‑9048,该ORF编码的前体多聚蛋白全长2843aa。绿海龟...
吴山楠周宏史卫峰
一种基于结缕草基因组序列开发的SSR标记引物及其应用
本发明属于分子生物学技术领域,具体涉及一种基于结缕草基因组序列开发的SSR标记引物及其应用。采用本发明提供的SSR标记合对36份结缕草材料鉴定后可以确定它们之间的亲缘关系,对不同材料进行区分,可以为未知新品种与已知品种...
郭海林刘梦娇孔维一刘恬沈泽宇李书桐李建建
2018-2024年上海市人腺病毒B亚属全基因组序列特征分析
2025年
为了解上海市人腺病毒B亚属(Human adenovirus species B,HAdV-B)基因序列及遗传进化特征,为人腺病毒(Human adenovirus,HAdV)相关疾病防控及疫苗研发提供科学依据,本研究选取了13例2018-2024年上海市HAdV-B感染病例样本进行全基因组序列测定并获得全基因组序列,利用生物信息学软件分析基因序列特征,解析HAdV-B基因突变情况及进化规律。基于主要抗原蛋白六邻体(Hexon)、五邻体(Penton)、纤维突蛋白(Fiber)基因及全基因组的进化关系树显示,13株HAdV-B中9株为HAdV-3型,4株为HAdV-7型,HAdV-3型与HAdV-7型型别内核苷酸相似度均高达99.9%。系统发育进化树显示本研究中9株HAdV-3型上海株与国内的参考毒株聚集于同一分支;4株HAdV-7型上海株与国内流行的HAdV-7d属于同一亚分支。选取代表株进行核苷酸相似度及重分析,其中HAdV-3型与2018年北京株(MW748657)相似度最高为99.97%,HAdV-7型与2019年广州株(MT350344)相似度最高为99.95%,代表株中均未发现有明显重现象。应对HAdV-B的进化和变异进行持续性监测研究。
刘嘉婧张万菊崔晓青张靖翊房方皓陈敏滕峥
关键词:全基因组序列分子特征

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谭琦
作品数:542被引量:1,837H指数:22
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研究主题:香菇 香菇菌种 菌种 指纹图谱 带型
张丹
作品数:111被引量:162H指数:9
供职机构:上海市农业科学院
研究主题:香菇 香菇菌种 菌种 金针菇 带型
尚晓冬
作品数:424被引量:949H指数:15
供职机构:上海市农业科学院
研究主题:香菇 香菇菌种 菌种 指纹图谱 金针菇
章炉军
作品数:232被引量:375H指数:12
供职机构:上海市农业科学院
研究主题:香菇 香菇菌种 指纹图谱 菌种 带型
杨慧
作品数:79被引量:131H指数:7
供职机构:上海市农业科学院
研究主题:菌种 香菇 带型 香菇菌种 金针菇