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搜索到902篇“ 基因注释“的相关文章

一种染色体级的基因注释方法及装置: 本发明公开了一种染色体级的基因注释方法及装置，包括步骤1，得到染色体版本基因组和contig版本基因组的位置对应关系文件；步骤2，通过更新得到染色体版本基因组的基因结构注释gff文件及对应的基因集序列ID，以及得到染色体...; 孙亚民王龙

一种包含高质量基因注释信息的植物线粒体基因组完成图的构建方法及装置: 本发明公开了一种包含高质量基因注释信息的植物线粒体基因组完成图的构建方法及装置。本发明的方法基于Illumina HiSeq二代测序数据的评估，使用HiFi(PACBIO CCS模式)或Nanopore的三代测序技术对谷...; 张杰伟

一种基于GPL文件的基因注释文件生成和处理方法: 本申请提供了一种基于GPL文件的基因注释文件生成和处理方法，其中，该方法包括：响应于用户在输入网页上所输入的GPL编号，获取GPL编号和与所述GPL编号对应的GPL文件，所述输入网页为基于flask python包形成的...; 黄泰刘格良莫状于琦贺培风

苹果源云南链核盘菌近染色体水平基因组图谱构建与基因注释: 2024年; 褐腐病是核果和仁果等水果作物上的重要真菌病害,可导致采前和采后果实腐烂给生产带来重大损失。褐腐病由链核盘菌属真菌侵染引起,在我国有多个病原种,其中云南链核盘菌Moniliniayunnanensis是地理分布和寄主范围均较广的一个优势种,然而其基因组资源国内外尚未见报道。本研究利用三代PacBioHiFi测序技术,组装了一株苹果源云南链核盘菌的高完整度基因组,并对基因组编码基因进行了注释分析。云南链核盘菌组装基因组大小为43.27Mb,共包含16个scaffolds,N50值为2.61Mb。16个scaffolds中有6个两端均有端粒特征重复序列,9个一端有端粒重复序列,表明组装达到近染色体水平。基因组注释共预测到9569个蛋白编码基因,其中68.7%可被PFAM数据库注释。对云南链核盘菌和其他子囊菌基因组的碳水化合物活性酶(CAZYs)进行了比较分析,发现核盘菌科中半纤维素(木聚糖)水解有关的CAZYs家族(CE4、GH2、GH43)呈现收缩进化特征,果胶利用相关的果胶裂解酶(PLs)呈现收缩进化特征,而多聚半乳糖醛酸酶(果胶水解酶,GH28)呈现扩张进化特征,推测这些基因家族的收缩扩张特征与该类真菌的果胶利用适应性进化有关。交配型位点基因分析支持云南链核盘菌为异宗配合真菌,其基因组还编码一个neosartorin同源的次级代谢物基因簇,推测参与致病或子座休眠过程中微生物间的生态位竞争。本研究首次构建云南链核盘菌的近染色体水平基因组图谱,可为后续深入研究该物种的生物学特征、致病机制及群体遗传多样性奠定重要基础。; 戴承凤谭颖李幸运吴若坤孙广宇梁晓飞; 关键词：基因组适应进化

水稻骨干亲本主效功能基因注释和育种应用: 随着水稻功能基因组学的快速发展,已有4000多个与农艺性状相关的主效功能基因被克隆,同时水稻种质资源群体的大规模测序也为功能基因的挖掘和利用提供了大量信息,充分利用不同水稻品种中的有利等位基因是培育优质水稻品种的有效途径...; 毛健权; 关键词：功能位点基因组育种基因分型

一种基于隐马尔可夫模型的嗅觉受体基因注释方法和系统: 本发明属于生物信息学技术领域，公开了一种基于隐马尔可夫模型的嗅觉受体基因注释方法和系统，旨在注释脊索动物基因组中的嗅觉受体基因，包括功能性嗅觉受体基因和嗅觉受体假基因。嗅觉受体是一类数量庞大的超基因家族，具有数量众多且差...; 韩伟赵素文黄行许

基于数据增强和半监督学习的基因注释应用研究: 近年来,代谢工程通过基因重组和代谢调控,来改造细胞代谢途径,并构建细胞工厂生产生物燃料、药物、香料等。对于代谢工程来说,只有正确的基因注释才能设计出更佳合理的代谢途径,进而提高细胞生产化学物质的效率。但是,传统注释方式存...; 廖文斌; 关键词：基因注释数据生成

光臀八齿小蠹共生微生物群落组成及其功能基因注释被引量：1: 2023年; 【目的】揭示光臀八齿小蠹Ips nitidus共生微生物群落组成和功能特征。【方法】对来自中国西北部青海省麦秀自然保护区的光臀八齿小蠹进行肠道和其他组织共生真菌和细菌宏基因组学和相关性网络分析,比较光臀八齿小蠹肠道和其他组织共生真菌及细菌群落组成,分析微生物群落间的相互关系,并采用非冗余蛋白序列比对方法注释共生微生物功能基因。【结果】共发现光臀八齿小蠹肠道和其他组织共生微生物3520种,真菌和细菌的物种数最高,分别占全部物种数的23.21%和69.01%,平均相对丰度分别为9.69%和13.79%。其他组织中共生真菌白粉菌目(Erysiphales)相对丰度和物种多样性较肠道中的高,而其他组织中酵母目(Saccharomycetales)相对丰度和物种多样性较肠道中的低;其他组织中长喙壳类真菌(ophiostomatoid fungi)多样性(6属16种)较在肠道中的(5属13种)高,在其他组织和肠道中的平均相对丰度分别为0.016%和0.013%。其他组织中肠杆菌目(Enterobacterales)相对丰度和物种多样性高于肠道中的。肠杆菌属Enterobacter、白粉菌属Erysiphe、丛枝菌根属Rhizophagus和沃尔巴克氏菌属Wolbachia均为肠道和其他组织的核心菌属。真菌和细菌的某些群落在肠道和其他组织间表现出相反的相互关系,表明光臀八齿小蠹共生菌间可能存在复杂的相互作用。分别鉴定到共生真菌和细菌功能基因7010和6483个,细菌中异源性物质生物降解和代谢相关功能基因数量远高于真菌的;mRNA监测通路、丙酸代谢和泛素介导的蛋白质水解等11条通路在肠道中较在其他组织中具有更多的差异基因;对于柠檬烯降解和甾醇合成相关功能基因的注释结果表明,细菌对柠檬烯较真菌具有明显的降解能力,而真菌在甾醇生物合成中较细菌发挥更重要的促进作用;74个长喙壳类真菌功能基因主要参与到氧化磷酸化、代谢通路和氨基酸代�; 刘彩霞李刚梁玲瑜韩富忠王正王慧敏吕全; 关键词：共生菌功能基因相互作用

一种用于确认IVD基因注释数据库更新频率的方法及系统: 本申请涉及生物信息学技术领域，具体公开一种用于确认IVD基因注释数据库的更新频率的方法，该方法能够为IVD基因注释相关软件的基因数据库更新频率提供理论依据。; 果海池杨鹏程曹彦东周洋杨颖马懿宓开拓; 文献传递

一种用于确认IVD基因注释数据库更新频率的方法及系统: 本申请涉及生物信息学技术领域，具体公开一种用于确认IVD基因注释数据库的更新频率的方法，该方法能够为IVD基因注释相关软件的基因数据库更新频率提供理论依据。; 果海池杨鹏程曹彦东周洋杨颖马懿宓开拓; 文献传递

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