搜索到6109篇“ 全序列分析“的相关文章
- 黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组全序列分析及系统进化被引量:1
- 2024年
- 黄颈亚马逊鹦鹉(Amazona auropalliata)属于《濒危野生动植物种国际贸易公约》附录Ⅱ监管物种。为了更好地了解黄颈亚马逊鹦鹉的起源、进化以及在鹦形目中的系统发育地位,本研究使用一代直接测序法获得了黄颈亚马逊鹦鹉的线粒体基因组序列,全长18679 bp,并针对全序列进行了结构分析。结果表明,黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组中碱基含量具有明显的AT偏好性,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA编码基因和2个rRNA编码基因,除了nad6在L链上以外,其他的蛋白编码基因都在H链上。黄颈亚马逊鹦鹉线粒体基因组有基因重叠现象且排列紧密,重叠序列长度范围从1 bp到6 bp,总长度共17 bp,共计8处;基因间隔序列的长度范围从1 bp到40 bp,总长度共154 bp,共计24处,有7处基因排列无间隙。基于线粒体基因序列分析发现,除了tRNA中trnC、trnF、trnG和trnH缺少反密码子环,trnP和trnQ缺少TΨC环,trnL-Ⅰ、trnS-Ⅱ和trnW呈短棒状,其他tRNA具有经典的三叶草二级结构。采用最大似然法(maximum likelihood method,ML)和近邻相接法(neighbor-joining method,NJ)对40种鹦形目物种线粒体全基因组序列构建系统进化树,结果表明黄颈亚马逊鹦鹉与黄冠亚马逊鹦鹉(Amazona ochrocephala)的亲缘关系最近。
- 陈云霞黄娅琳侯森林周用武
- 关键词:线粒体基因组结构特征系统进化
- 貂熊线粒体基因组全序列分析及其系统进化
- 2023年
- 为了更好地了解貂熊(Gulo gulo)的起源、进化等生物学信息,采用PCR方法克隆貂熊的线粒体基因组全序列,利用测序技术等常规分子生物学手段对其进行分析。结果显示:貂熊基因组序列全长为16575 bp;同其他哺乳动物相同,含13种蛋白质、22种转运RNA(tRNA)、2种核糖体RNA(rRNA)和1个非编码控制区(D-loop)。4种碱基组成分别为:A=32.18%、G=14.26%、T=26.75%、C=26.81%;AT含量(58.93%)>CG含量(41.07%),存在显著的AT富集。基于基因组全序列数据,以棕熊(Ursus arctos)为外群,采用邻接法和最大似然法构建鼬科(Mustelidae)22种动物的进化树,结果显示貂熊同貂属(Martes)动物关系较近,貂熊同7种貂属动物聚成一支后,再同猪獾(Arctonyx collaris)和狗獾(Meles meles)聚成一支组成并系群,结果证实貂熊同渔貂(Martes pennanti)和黄喉貂(M.flavigula)的亲缘关系最近。
- 张士芳魏丹郭媛刘应竹路平刘凤春朱世兵
- 关键词:貂熊线粒体基因组系统进化
- 人胰岛素及其类似物UPLC-MS/MS全序列分析研究被引量:5
- 2022年
- 目的:建立采用超高效液相色谱-串联质谱法(UPLC-MS/MS)测定人胰岛素及其类似物全序列的方法。方法:该方法以人胰岛素为主要研究对象,首先对其进行还原烷基化前处理,后进行UPLC-MS/MS分析。采用ACQUITY UPLC peptide BEH C_(18)(100 mm×2.1 mm,1.7μm,300A)色谱柱,流动相A为0.1%甲酸/水溶液,流动相B为0.1%甲酸/乙腈溶液,梯度洗脱(0~10 min,3%B→60%B;10~10.5 min,60%B→95%B;10.5~14 min,95%B;14~14.5 min,95%B→3%B;14.5~20 min,3%B),流速0.3 mL·min^(-1),柱温50℃;采用电喷雾离子源正离子(ESI;)扫描,通过优化质谱参数,对人胰岛素及其类似物进行“top-town”全序列的测定分析,并对人胰岛素的序列测定方法进行了深入的研究,同时考察该方法对门冬胰岛素和赖脯胰岛素的适用性。结果:该方法能够较好地覆盖人胰岛素A和B链的全序列,通过b/y离子分析,5个高强度b/y离子的离子强度RSD在20%之内,A链与B链一级质量数准确,其精密度、准确度良好;该方法可区分与其他胰岛素类似物的序列的不同,专属性良好,且对门冬胰岛素和赖脯胰岛素具有良好的适用性。结论:该方法操作简便,准确性好,专属性强,为胰岛素及其类似物的全序列测定提供了数据支持。
- 胡馨月丁晓丽陈莹张慧李晶梁成罡
- 关键词:全序列测定
- 玉米小斑病菌中一种维多利亚病毒的分离及其基因组全序列分析被引量:1
- 2022年
- 从玉米小斑病菌(Bipolaris maydis)中检测发现一种dsRNA(double-stranded RNA)病毒,暂命名为Bipolaris maydis victorivirus 2(BmV2)。电子显微镜下观察到病毒粒子为二十面体球状,直径为40 nm左右、无包膜;病毒基因组为单条dsRNA核酸分子,长度为5222 bp,其基因组结构与其他维多利亚病毒相似,包含两个开放阅读框(ORFs)。序列BLASTx分析发现,BmV2的基因组核酸序列与Coniothyrium minitans RNA virus Illinois isolate(CmRV-IL)具有较高的同源性(78.15%),后者CmRV-IL是单分体病毒科(Totiviridae)维多利亚病毒属(Victorivirus)的暂定种,两者的外壳蛋白(CP)和RNA依赖性RNA聚合酶(RdRp)的氨基酸序列之间的同源性分别为88.02%和89.87%,说明BmV2、CmRV-IL是同一种病毒的不同分离物。基于BmV2和选择的单分体病毒的RdRp氨基酸序列的系统发育分析表明,BmV2与单分体病毒科维多利亚病毒属中的病毒形成了一个单系进化支。
- 聂三妹成慧柯婧安红柳邓清超方守国王浩然章松柏
- 关键词:玉米小斑病菌
- 黑龙江蜻蜓前殖吸虫囊蚴感染调查及成虫线粒体核糖体全序列分析
- 前殖吸虫(Prosthogonimus spp.)是家禽和野生鸟类常见的寄生虫,严重地影响着它们的健康。目前对于家禽前殖吸虫的研究主要集中在病例分析、疾病防治等方面,对前殖吸虫在中间宿主内的感染情况以及线粒体核糖体全序列...
- 果馨儒
- 关键词:囊蚴线粒体全基因组
- 塔里木兔线粒体基因组全序列分析与系统进化研究被引量:6
- 2021年
- 塔里木兔是我国新疆地区特有物种,已被列为国家Ⅱ级重点保护动物。本研究基于所测定的塔里木兔线粒体全基因组序列(全长17011 bp),进行了全序列的结构分析,结果表明塔里木兔线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个控制区。除了nad6在L链上以外,其他的蛋白质编码基因都在H链上。基于线粒体基因序列,通过生物信息学预测发现除了trnM和trnS1以外,其余tRNA都有经典的三叶草二级结构。线粒体全基因组具有AT偏好性,其结构与目前兔属其他物种线粒体基因组结构类似。并基于塔里木兔和GeneBank已有的12种兔属物种线粒体全基因组序列,分别用ML法和NJ法构建系统进化树,对其系统发生进行了探讨,结果表明塔里木兔与蒙古兔的亲缘关系较近。
- 黄娅琳黄捷时玉徐燕红周用武周用武
- 关键词:线粒体基因组
- 地龟线粒体基因组全序列分析及龟鳖类系统发生的探讨
- 早在两亿年前的三叠纪晚期,巨大的恐龙在陆地上横行的时候就已经出现了龟鳖类动物的影子。根据爬行动物数据库(reptile-database)的记录来看,己记载并被命名的龟鳖类动物共361种。龟鳖类动物的栖息地随着人类对环境...
- 王晗栋
- 关键词:系统发生树线粒体基因组基因重排
- 山羊地方性鼻内肿瘤病毒检测及华南流行株的全序列分析
- 山羊地方性鼻内腺瘤(Enzootic nasal adenocarcinoma of goat, ENAG)是由地方性鼻内肿瘤病毒2型(Enzootic nasal tumour virus 2, ENTV-2)感染山羊...
- 何融泽
- 沈阳花生上菜豆普通花叶病毒的鉴定与全序列分析
- 2020年
- 2017年9月在辽宁沈阳采集到表现明显斑驳褪绿症状的花生样品,怀疑为植物病毒侵染所致.透射电镜负染色观察到约15 nm×800 nm的线性病毒粒子.选取明显病症样品进行转录组测序,原始数据经过滤拼接后进行同源搜索,显示该病毒与菜豆普通花叶病毒(Bean common mosaic virus,BCMV)高度同源.基于转录组结果,设计6对特异引物扩增BCMV全基因组,确定其全长为10076bp核苷酸(MN786956).基于外壳蛋白基因(coat protein,CP)进行同源性比对,结果显示,其与BCMV中国武汉大豆分离物(BCMV-[CN:WH:Glycine max],KJ807813)的核苷酸同源性为99.4%,氨基酸同源性为99.7%.系统发育分析显示它聚类在BCMV花生分离物的分支上.这是辽宁地区有关BCMV自然侵染花生的首次报道.
- 王筠竹杨彩霞于美春侯秋实
- 关键词:花生转录组测序分子鉴定
- 1株鹅源基因Ⅻ型NDV全序列分析及生物学特性鉴定
- 新城疫(Newcastle disease,ND)是由新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)引起的一种烈性传染性疾病,通常以鸡、火鸡和许多其他鸟类为宿主。广东省处于中国陆地边境,气候温暖潮湿...
- 陈若瑾
- 关键词:NDV全序列分析生物学
相关作者
- 牛建新

- 作品数:217被引量:989H指数:19
- 供职机构:石河子大学农学院
- 研究主题:库尔勒香梨 核桃 葡萄 RT-PCR RT-PCR检测
- 晏立英

- 作品数:200被引量:688H指数:15
- 供职机构:中国农业科学院油料作物研究所
- 研究主题:花生 株系 花生品种 高油酸 花生白绢病
- 陈念

- 作品数:55被引量:177H指数:8
- 供职机构:中山火炬职业技术学院
- 研究主题:物种鉴定 线粒体基因组 线粒体DNA DNA条形码 系统发育
- 许泽永

- 作品数:113被引量:495H指数:13
- 供职机构:中国农业科学院油料作物研究所农业部油料作物生物学重点开放实验室
- 研究主题:花生 病毒病 株系 花生病毒病 花生矮化病毒
- 赵英

- 作品数:34被引量:159H指数:10
- 供职机构:石河子大学农学院园艺系
- 研究主题:苹果锈果类病毒 RT-PCR 库尔勒香梨 全序列分析 CDNA探针