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- 全基因组扩增引物组合物、试剂盒和方法
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- 杨超凡海峰朱波风宗果
- 不同单细胞全基因组扩增体系扩增牛微量血液DNA效果评价
- 2024年
- 旨在通过二代测序技术评估不同单细胞全基因组扩增(single cell whole genome amplification,scWGA)体系对牛微量血液基因组DNA的扩增效果,建立微量DNA全基因组扩增体系。本研究分别采用MDA(multiple displacement amplification)和MALBAC(multiple annealing and looping-based amplification cycles)两种scWGA体系对华西牛1 ng血液基因组DNA进行全基因组扩增,随后基于两种体系的扩增产物以及原始未稀释血液DNA构建测序文库,利用DNBSEQ-T7RS测序平台进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),通过比较扩增产物片段大小、浓度、总质量评估扩增效率,通过分析GC含量、测序覆盖度、基因分型一致率、基因型检出率等评估两种体系的扩增效果。结果显示,MDA体系的扩增产物片段大于MALBAC体系(8 kb vs.0.2~2 kb),产物浓度和总质量显著高于MALBAC体系(P<0.05)。基于测序数据,1×和5×测序深度下,MDA体系的基因组覆盖度显著高于MALBAC体系(P<0.05),此外,MDA体系的分型一致率、检出率显著高于MALBAC体系,而等位基因缺失率、假阳性率显著低于MALBAC体系(P<0.05)。综上,本研究揭示了MDA和MALBAC两种扩增体系基于华西牛1 ng血液基因组DNA扩增的体系特点,为改进现有华西牛胚胎基因组选择中的关键扩增技术提供理论依据,促进华西牛遗传育种进展。
- 牛一凡李崇阳杨柏高张培培张航冯肖艺曹建华余洲马友记赵学明
- 关键词:全基因组扩增MDA
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- 山东、广西地区新型鹅细小病毒全基因组扩增及遗传进化分析被引量:1
- 2024年
- 为监测新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV)的流行和变异情况,研究采集了山东和广西部分地区的鸭短喙综合征病料进行病原检测、全基因组扩增及序列比对分析。结果显示:共分离两株NGPV,山东分离株命名为SD202304,广西分离株命名为GX202304,两株病毒与2021年NGPV分离株HNXY21亲缘关系最近,全基因组序列相似性为99.1%;GX202304株末端重复序列(Inverted terminal repeat,ITR)有一段未见报道的51 bp基因插入;VP3编码氨基酸序列比对显示,在第290位GX202304株和SD202304株有一个苏氨酸到丙氨酸的突变,这是NGPV近年来发生的新变异位点。研究表明,从山东、广西地区分离到的两株NGPV存在51 bp新的基因插入片段和VP3新的突变位点,结果为我国NGPV感染的防控提供科学依据。
- 乔丹丹刘婷隽陈全刚李德宝周婕董淑红胡安康
- 关键词:全基因组序列
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