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基于基因组关联分析基因组选择的高油酸高产花生选育的方法
本发明属于植物遗传育种领域,具体涉及一种基于基因组关联分析基因组选择的高油酸高产花生的选育方法。本发明利用基因组关联分析,获得控制油酸性状的位点,开发TagSNP,然后利用基因组选择构建参考群,对杂交后代分别进...
郭敏杰任丽邓丽苗建利殷君华李阳杨俊俊宋志平王培云李绍伟胡俊平刘文豪申卫国马骥姚潜梁卫红蔡君玲刘紫霞
鸡蛋血肉斑性状基因组关联分析
2025年
为深入了解血肉斑性状的遗传基础,试验选用1200只28周龄洛岛红母鸡作为试验素材,测定了主要生产性状指标和包括血肉斑性状在内的蛋品质性状,从中选出连续3 d产血肉斑蛋和产无血肉斑蛋的鸡各60只,采血提取DNA,利用10×基因组重测序,基于基因组重测序和血肉斑表型数据进行基因组关联分析。结果显示:产血肉斑蛋和不产血肉斑蛋的生产性状和蛋品质性状无显著差异(P>0.05);血肉斑性状遗传力为0.13;与血肉斑蛋性状相关的SNPs位点有303个,分布于1、2、3、4、5、7、9、10、11、12、13、14、16、19、25、26、31、33、40、41号染色体上,筛选到ATF4、CD47、FGF14、LSAMP、MAP4K4、PDGFB等重要候选基因。研究表明,血肉斑性状为中低遗传力,受微效多基因影响,其中ATF4、CD47、FGF14、LSAMP、MAP4K4、PDGFB为重要候选基因
杨梦园程雪郑传威宁中华
关键词:全基因组关联分析
玉米苞叶性状基因组关联分析
2025年
【目的】苞叶是影响玉米机械直收籽粒的重要性状之一,挖掘与玉米苞叶性状显著关联的遗传位点及候选基因,可为玉米苞叶性状的遗传改良提供理论依据。【方法】以251份玉米自交系为试验材料,在2个环境下鉴定玉米苞叶数目、长度和包裹度,借助覆盖基因组32853个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)标记,利用多位SNP随机效应混合线性模型(multi-locus random-SNP-effect mixed linear model,mrMLM)进行基因组关联分析,检测与3个苞叶性状显著关联的SNP位点,预测候选基因。【结果】3个苞叶性状在群体中表现出广泛的表型变异,变异系数为10.65%—40.60%;各性状在基因型、环境及基因型与环境互作均呈极显著差异,广义遗传率均大于80%。利用2个环境的表型数据及最佳线性无偏预测值,通过基因组关联分析,共检测到92个与3个玉米苞叶性状显著关联的SNP位点,其中,与苞叶数目显著关联的SNP位点35个,单个SNP位点可解释1.48%—10.53%的表型变异,与苞叶长度显著关联的SNP位点33个,单个SNP位点可解释1.61%—21.79%的表型变异,与苞叶包裹度显著关联的SNP位点24个,单个SNP位点可解释2.17%—20.86%的表型变异。此外,未鉴定到同时与2个性状显著关联的SNP。92个SNP位点中有5个可同时在2个环境和最佳线性无偏预测值下被检测到,被认为是稳定的SNP位点,与前期研究相比,这5个SNP是新的遗传位点。参考关联群体的连锁不平衡衰减距离,利用5个稳定SNP位点,结合17个玉米自交系苞叶织的qRT-PCR分析,筛选到3个玉米苞叶性状候选基因Zm00001d003850、Zm00001d033706和Zm00001d025612,分别编码BOI相关E3泛素蛋白连接酶、GeBP转录因子和未知功能蛋白。【结论】检测到92个与3个玉米苞叶性状显著关联的SNP位点,其中5个为稳定位点,预测了3个候选基因可能参与玉米苞叶性状的形态建成。
周广飞马亮马璐张舒钰章慧敏宋旭东张振良陆虎华郝德荣冒宇翔薛林陈国清
关键词:玉米全基因组关联分析候选基因
玉米苗期低温抗性基因组关联分析
2025年
低温冷害严重制约北方春玉米区玉米的产量和品质。为了丰富寒地玉米响应低温胁迫的遗传理论基础,选用296份国内外优良玉米自交系为材料,在苗期进行5℃低温胁迫,结合24 042个高质量的SNP标记对玉米苗期低温抗性进行基因组关联分析。结果表明,筛选出与玉米苗期低温胁迫级别显著相关的SNP标记8个,分别位于第1、3和4号染色体上,可解释的表型贡献率为5.14%~7.26%;挖掘到候选基因Zm00001d032382和Zm00001d039513,可能与苗期低温耐性相关。
于滔张建国张建国李树军曹靖生马雪娜李树军李昕蔡泉李云龙孙岩
关键词:玉米苗期全基因组关联分析
甘蓝型油菜苗期叶绿素含量的基因组关联分析
2025年
叶片的叶绿素含量与农作物的光合作用效率和产量潜力紧密相关。为探究影响甘蓝型油菜叶绿素含量的遗传机理,挖掘与甘蓝型油菜苗期叶绿素含量显著相关的单核苷酸多态性(SNP)位点及候选基因,本研究对278份来自世界各地的甘蓝型油菜核心种质苗期子叶中叶绿素的含量进行了测定,并利用rMVP软件的GLM、MLM和FarmCPU三种基因组关联分析模型对总叶绿素含量、叶绿素a含量、叶绿素b含量及叶绿素a与叶绿素b含量比值分别进行了基因组关联分析。研究结果显示:叶绿素a与叶绿素b含量比值的变异系数最小,为20%,叶绿素b含量的变异系数最大,达到了33%;上述四个叶绿素含量相关表型分别检测到了2、6、4和37个显著关联的SNP位点,这些SNP位点集中分布在A03、A04、C03、C05和C07等染色体上。进一步结合基因注释和同源比对共鉴定到70个候选基因,生育期表达谱分析发现其中12个候选基因在叶片和角果等绿色织中特异性高表达。实时荧光定量PCR(qRTPCR)结果显示,其中9个候选基因的表达量在高或低叶绿素含量品种中存在差异,暗示这些候选基因可能参与了叶绿素含量的调控。本研究结果有利于进一步揭示叶绿素含量调控的遗传基础,为甘蓝型油菜高光效育种提供了理论基础和种质资源。
邢佳妮张雅怡宋文健苏柯星孙醒醒孙羽佳江一舟赵晓波
关键词:叶绿素含量全基因组关联分析候选基因甘蓝型油菜
西瓜核心种质耐盐性的基因组关联分析
2025年
【目的】挖掘西瓜耐盐相关的关键候选基因,为探究西瓜应答盐胁迫的机制、培育耐盐西瓜新品种奠定重要基础。【方法】通过对121份西瓜核心种质材料的耐盐性相关指标进行测定,利用基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)定位与表型数据相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)变异位点,并对候选区间内的基因进行功能注释,最终利用耐盐材料和盐敏感材料的转录数据确定耐盐相关的关键候选基因。【结果】在根表面积指标下鉴定出1个显著SNP位点,在候选区间内获得23个基因;在根K^(+)含量指标下鉴定出25个显著SNP位点,在候选区间内获得25个基因;在根Na^(+)含量指标下鉴定出2个显著SNP位点,在候选区间内获得10个基因;在根可溶性糖含量指标下鉴定出1个显著SNP位点,在候选区间内获得18个基因。所有候选基因在150 mmol·L^(-1)Na Cl处理前后的耐盐和盐敏感材料中,Cla97C08G145130、Cla97C04G073300和Cla97C01G009540三个候选基因的表达量均受盐胁迫的诱导显著上调表达。【结论】推测Cla97C08G145130、Cla97C04G073300和Cla97C01G009540为西瓜耐盐相关的关键候选基因,为解析提高西瓜耐盐性的分子机制及开发分子标记用于辅助选择育种奠定了基础。
袁高鹏赵彦龙孙德玺高博文李卫华李卫华张靖宇朱迎春
关键词:西瓜耐盐性全基因组关联分析单核苷酸多态性基因挖掘
德州驴体尺性状的基因组关联分析
2025年
旨在探究德州驴体尺性状的遗传基础,本研究采集2~3周岁的健康德州驴母驴血液作为试验材料,共139头。测定试验群体的体尺性状,并进行描述性统计分析。利用“家驴一号”40K液相芯片对部个体进行基因分型。使用混合线性模型对11个体尺性状进行基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS),并对候选基因进行功能注释和通路富集分析。结合精细映射和连锁不平衡分析,识别体尺性状的潜在因果SNPs位点。通过GWAS鉴定到3个基因组显著和20个潜在显著的SNPs位点以及41个候选基因与体尺性状显著关联。GO和KEGG富集分析结果表明,候选基因显著富集在与成骨分化、骨骼肌发育和脂质代谢相关的生物学过程。综合精细映射和连锁不平衡分析,在16号染色体候选区域内检测到4个显著SNPs位点存在强连锁不平衡。本研究结果为德州驴体尺性状遗传机制的解析奠定了基础,为分子标记辅助选择在驴育种工作中的应用提供了参考依据。
李聪苏江天李一丹王朝飞于杰雷初朝党瑞华
关键词:德州驴体尺性状全基因组关联分析
镉胁迫下野生大豆苗期性状基因组关联分析及耐镉候选基因筛选
2025年
野生大豆是栽培大豆的近源种,具有丰富的耐逆等位基因。为筛选耐镉野生大豆种质资源并解析其耐镉分子机制,以冀东地区205份野生大豆品系作为研究材料,采用水培试验,设置镉胁迫和对照(不进行镉胁迫)2个处理以及2022年11月和2023年7月2个环境重复,测定苗期地上部鲜质量(SFW)、地下部鲜质量(RFW)、株高(PH)、根长(RL),计算鲜质量根冠比(RSR)、各性状对应的耐镉系数(CTC)及各个野生大豆材料的耐镉综合评价值(D值),同时进行基因组关联分析(GWAS),并对15号染色体上的显著单核苷酸多态性(SNP)进行单倍型分析。结果表明,除RSR外,镉胁迫处理幼苗性状平均值均低于对照;频率分析结果显示,2个环境下的CTC均表现为正态分布,呈现数量性状遗传特性;参照D值筛选出13份耐镉野生大豆种质。主成分分析显示,205份野生大豆材料可被分为3个类群;连锁不平衡(LD)分析发现,205份野生大豆自然群体在100 kb处出现衰减。GWAS分析共检测到195个与野生大豆耐镉性状显著相关的SNP,单个SNP可解释1.95%~25.43%的表型变异。根据SNP的物理位置共鉴定到591个候选基因,其中11个候选基因分别由多个SNP重复关联到,属于一因多效。更重要的是,根据功能注释发现了2个金属耐性蛋白(MTPs)基因和2个重金属相关蛋白(HIPPs)基因,分别是LOC114386540(MTP 10-like)、LOC114388453(MTP 10-like)、LOC114369981(HIPP 36-like)和LOC114381753(HIPP 37-like),这4个基因为阐明野生大豆耐镉性状遗传的分子机制奠定了基础。单倍型分析发现,15号染色体上的单倍型2的平均耐镉系数最大,属于优异单倍型。
车雅丽吴苏峻王坤杨王艳丽张锴乔亚科袁泉
关键词:镉胁迫
雪山草鸡蛋壳缺陷性状的基因组关联分析
2025年
产蛋性状是衡量家禽和种禽质量的首要指标,缺陷蛋(Defective Egg,DE)的产生会对商品蛋鸡和种鸡的生产造成很大的损失。为了更好地了解DE产生的遗传因素,本研究收集了20~60周龄的1600只雪山草鸡F系的DE生产数据以评估其遗传特征,包括畸形蛋(ME)、破壳蛋(BK)、软壳蛋(SS)和沙壳蛋(RS),并进行基因组关联分析(GWAS)揭示其遗传决定因素。结果表明:所研究性状的遗传力估计值均为低遗传力(0.0056~0.0300),这些性状间遗传相关性也在低遗传相关到高遗传相关间浮动,范围在0.01和0.76之间。ME性状检测到4个显著SNP位点,RPL14和ELAVL4可作为关键候选基因;1个SNP位点与SS性状相关,JAM2可作为关键候选基因;3个SNP位点与RS性状显著相关,ANKFN1可作为关键候选基因;16个显著SNP位点与DE性状显著相关,PCDH17和ROBO1可作为关键候选基因。本研究可作为鸡DE育种计划的参考,以提高蛋鸡的产蛋性能和种鸡的种蛋利用率,同时也增进了对DE遗传机理的理解。
胡进李东锋潘在续许盛海张康宁牛欣然陈国宏
关键词:雪山草鸡产蛋性状全基因组关联分析候选基因
玉米自交系穗部性状的基因组关联分析
2025年
玉米穗部性状显著影响产量,通过基因组关联分析(GWAS)挖掘与穗部性状紧密关联的遗传位点,不仅有助于理解这些性状的遗传基础,还可以开发分子标记,为分子标记辅助选择育种奠定基础。本研究选用350份玉米自交系构成的自然群体,利用玉米6H60K芯片鉴定自交系的基因型。采用混合线性模型(MLMM)对穗行数、穗轴粗、穗长、行粒数和穗粗等性状开展基因组关联分析,筛选与目标性状关联的SNP标记。研究结果显示,五个穗部性状在试验群体中均呈现正态分布特征,两个环境下各性状的变异系数均大于10%,5个性状的偏度和峰度值均在-1~1之间;以P<0.0001为标准,共获得32个与玉米穗部性状显著相关的SNP位点,分布于1~10号染色体上。结果表明,玉米自交系穗部性状作为典型的数量性状,主要受微效多基因控制,遗传基础复杂。
白奇艳南文智张雄杨宏霞刘婷婷
关键词:玉米自交系穗部性状SNP全基因组关联分析

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张学军
作品数:808被引量:2,860H指数:22
供职机构:安徽医科大学第一附属医院
研究主题:银屑病 遗传学 寻常型银屑病 家系 汉族人
李加纳
作品数:486被引量:2,394H指数:26
供职机构:西南大学
研究主题:甘蓝型油菜 油菜 甘蓝型黄籽油菜 甘蓝型 基因家族
杨森
作品数:788被引量:2,220H指数:20
供职机构:教育部
研究主题:银屑病 遗传学 汉族人 家系 寻常型银屑病
耿洪伟
作品数:102被引量:394H指数:11
供职机构:新疆农业大学农学院
研究主题:小麦 小麦籽粒 等位变异 分子标记 全基因组关联分析
王金玉
作品数:368被引量:1,898H指数:23
供职机构:扬州大学动物科学与技术学院
研究主题:京海黄鸡 多态性 PCR-SSCP 繁殖性状 体重