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胎儿弯曲菌龟亚种中国分离株的种群结构、毒力基因及耐药性分析: 2023年; 目的:了解胎儿弯曲菌龟亚种( Campylobacter fetus subsp. testudinum, Cft)的分子流行病学特征。方法:对本实验室2010—2022年收集的15株胎儿弯曲菌龟亚种进行全基因组测序,结合GenBank公布的全球 Cft基因组数据进行流行病学分析;MLST-GrapeTree分析 Cft的群体遗传结构;核心基因组单核苷酸多态性位点(cgSNP)构建 Cft的系统发育树,rhierBAPS确定其种群结构;CARD、ResFinder及VFDB注释 Cft的耐药及毒力基因;E-test法进行药敏试验,并参考CLSI-M45空肠/大肠弯曲菌药敏标准进行结果解释。结果:基于基因组平均核苷酸一致性(ANI)分析,共纳入全球41株 Cft基因组信息,其中人类来源24株,动物来源13株,未知来源4株。流行病学资料显示,24株人类来源菌株中,20株感染对象为黄种人,1例为白种人(配偶是亚裔),其余未知,差异分布具有统计学意义。13株动物来源菌株均分离自爬行动物,包括龟类6株、蛇类4株、蜥蜴类3株。MLST分型显示,中国分离株以ST46为主要序列型,美国则以ST15为主要序列型;Grapetree显示,中国分离株的遗传多态性高于美国分离株;通过cgSNP及BAPS重建的系统发育发现全球 Cft构成6个种群,中国分离株呈散在分布且与动物源菌株亲缘关系密切;美国分离株相对较集中(SC3),且以ST15克隆传播为主;毒力基因分析显示,与鞭毛、糖基化系统及黏附素相关的毒力基因在 Cft中携带率为100.00%,而与侵袭性相关的Ⅳ型分泌系统 virB4、 virB9、 virD4因子及 tetO外排泵基因均存在于新发现的ST74中;15株中国分离株的体外药物敏感性试验结果表明, Cft对环丙沙星耐药率为46.67%,对红霉素敏感性为100.00%。结论:全球 Cft的群体结构呈现出较高的遗传多态性且感染人群多伴有基础免疫性疾病,其感染可能与食入或接触爬行类动物有关;本次研究发现的中国临床分离株主要流行型为ST46及新发现ST74型别,应引起我们的关注。; 陈富陈燕陈晓慰李启伟许振杰陈茶李顺光屈平华李松; 关键词：分子流行病学毒力基因

侵袭型沙门菌中国分离株全基因组测序分析与耐药性检测: 沙门菌属是一类革兰氏阴性、杆状兼性厌氧菌，是一类重要的人兽共患病病原微生物。沙门菌感染一般导致两种结果：自限性肠胃炎或系统侵袭性感染。该疾病的结果与沙门菌的血清型有关。沙门菌疾按病型可分为两类：侵袭型沙门菌和非侵袭型沙门...; 李芳; 关键词：毒力因子耐药性

水貂冠状病毒中国分离株全基因序列测定及分析被引量：7: 2017年; 为分析水貂冠状病毒中国分离株的遗传特征,采用高通量测序方法测定从山东省青岛市某养殖场分离的水貂冠状病毒基因组,首次报道了水貂冠状病毒中国分离株的全基因序列,并对其进行特性分析与比较基因组研究。结果显示:该病毒全基因组大小为28924 bp,具有与其他冠状病毒相似的基因组结构和基因顺序;5′端具有帽子结构,3′端具有poly(A)尾。该分离株与19株代表性毒株的全基因组和N基因进化和同源性分析都证实,该分离株与美国分离株的同源性较高,与其余2株水貂冠状病毒和2株雪貂冠状病毒同属于冠状病毒的一个新种。; 王楷宬庄青叶邱源侯广宇; 关键词：中国分离株基因组分析高通量测序

猪瘟病毒中国分离株的系统发生和抗原性分析: 猪瘟是由猪瘟病毒引起的严重危害全球养猪业的重大传染病.猪瘟病毒为黄病毒科瘟病毒属成员,病毒基因组是一大小为12.3kb的单股正链RNA,由基因组两端非编码区和一个大的开放阅读框组成,后者翻译产生一个多聚蛋白,其在宿主和病...; 米士江龚文杰王力华李红卫包菲Rachel Madera史喜菊史记暑涂长春; 关键词：猪瘟病毒分离毒株抗原性分析

禽戊型肝炎病毒中国分离株致病性及跨种系感染研究: 戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus，HEV)感染宿主范围广，种类多，变异快。目前已在猪、鸡、兔、骆驼、牛、羊等动物中获得了不同动物HEV分离株。其中禽HEV在患有鸡大肝大脾病(Big liver and s...; 刘宝元; 关键词：分离株

牛支原体中国分离株的基因型分布及其与其它国家的菌株进化关系分析: 牛支原体是一种广泛感染牛的重要病原，主要引起牛肺炎、乳腺炎、关节炎等病症。牛支原体肺炎在中国于2008年首次发现，此后在全国普遍流行。该病在临床上经化学药物治疗难以控制，因此接种疫苗可能是最理想的解决途径。对牛支原体遗传...; HARISH MENGHWAR; 关键词：牛支原体分子流行病学多位点序列分型脉冲场凝胶电泳

兔病毒性出血症病毒YM株衣壳蛋白基因的克隆和中国分离株的遗传变异分析被引量：2: 2017年; 应用RT-PCR的方法从某兔场病死兔肝脏组织中分离到RHDV,命名YM株。克隆出衣壳蛋白VP60并测序,测序结果显示VP60全长1 740 bp,编码579个氨基酸。从Gen Bank下载包括EBHSV、RCV、RHDV共45条序列,运用生物信息学软件分析,构建系统进化树和氨基酸同源性比较,世界不同地区RHDV分离株氨基酸保守性较高,可达94.1%~99.7%,EBHSV与RHDV氨基酸同源性约为75%,而RCV与RHDV的同源性>90%。系统进化树分析显示,所选的RHDV可分为两个基因群,一组是包括WX-84的经典RHDV群,另一组是抗原变异RHDVa群,包括了除WX/84其余所有的中国分离株。总的来说RHDVa已经替代经典的RHDV在中国流行。; 张祎孙凯; 关键词：RHDV VP60 系统进化树

EV68中国分离株VP1基因高变区的特征分析被引量：1: 2016年; 目的了解肠道病毒68（EV68）中国流行株VP1基因序列的特征。方法通过Clustal W法与多个国家EV68的VP1核酸序列进行比对，邻接法（Neighbor-Joining）构建系统进化树，与标准株Fermon相比，对该段区域编码的氨基酸序列进行分析。结果截至2015年底，中国已经分离出80株EV68。在进化上，突变主要发生在BC和DE环中，中国分离株VP1突变位置在83、89、91、94、96、97、98、102、109、139、141、142、143、144、147。并且大多数分离株VP1编码的氨基酸序列在140位置发生缺失。由进化树可以得出位于B、C进化分支的中国分离株分别为53株和21株。结论与标准株Fermon相比，发现在BC-loop和DE-loop发生了很大变化，然而BC-loop和DE-loop这两个区域与病毒的抗原性和毒力有关。中国EV68分离株位于B和C分支上。; 王艳翠李嘉琪王晶晶郭磊宋杰宁若彤郑惠文王辉刘龙丁; 关键词：VP1基因系统进化树

5株猫杯状病毒中国分离株的细胞适应性及遗传进化分析被引量：2: 2016年; 将CH-JL1、CH-JL2、CH-JL3、CH-JL4、CH-SH 5株猫杯状病毒中国分离株分别在F81细胞上连续传至15代。细胞传代前,测定病毒的细胞半数感染量(TCID_(50)),再以0.1 MOI的感染复数接种细胞。采用RTPCR方法扩增FCV各代次的ORF2基因片段并测序,用DNASTAR和MEGA软件分析其氨基酸变异和遗传进化特点。试验结果显示,细胞适应传代后,FCV各代次毒株滴度逐渐稳定,均位于10^(-9)TCID_(50)/mL^10^(-10)。TCID_(50)/mL之间。ORF2基因测序表明,FCV传代后氨基酸变异位点包括CH—JL1的P57S和G494R、CH-JL3的S440L和N519D、CH—JL4的V614I、CH—SH的K448R。遗传进化分析表明CH—JL2和CH-JL3处于同一进化分支上,同源性为95.9%;CH-JL1和国内FB-NJ-13株、CH-SH和国内GD株分别在一个进化分支,CH-JL4和国外F65株遗传关系较近。5株猫杯状病毒在F81细胞传代后滴度较高,稳定性良好,为将来FCV疫苗株的研发奠定了基础。; 应瑛王一鸣马剑钢曹东梅李响高玉伟杨松涛胡桂学

鸭源鸡杆菌中国分离株F17样菌毛基因的鉴定及其敲除株的构建: 鸭源鸡杆菌(Gallibacterium anatis，G.anatis)是巴氏杆菌科鸡杆菌属的革兰氏阴性菌，主要感染鸡、火鸡、鸭、鹅等禽类。目前越来越多的研究证明，G.anatis作为一种条件性致病菌，不仅是构成鸡上呼...; 卢彩景; 关键词：鸭源鸡杆菌菌毛基因鉴定

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